bonsoir,
je travaille actuellement sur une publication traitant de l'étude des phénomènes de dégradation des hydrocarbures en milieu marin par les microorganismes mais j'ai du mal à comprendre les deux dernières expériences de l'étude.
pour vous résumer le problème les chercheurs cherche à suivre l'évolution de la microflore totale et active ( qui dégrade les hydrocarbures) d'un échantillon d'eau de mer :
-en présence ou non d'un fertilisant (l'inipol)
-de la source de carbone ( diesel ou brut)
-de la température ( 5, 10, 25°c)
pour cela ils décident non pas de faire ce suivi uniquement en extrayant l'adn 16s mais aussi l'arn 16s
tout d'abord au vu de la 1ère expérience il semble que la température ne soit pas un frein à la croissance des microorganismes de la microflore mais que l'inipol permette de favoriser la croissance des microorganisme spécifiques de la dégradation des hydrocarbures par rapport à ceux qui n'utilisent pas les hydrocarbures comme source de carbone. Cet effet est constaté à toutes les températures.
la deuxième expérience met en avant le rôle des bactéries dans la dégradation ( ce n'est pas l'inipol qui permet de dégrader seul les nappes d'hydrocarbures)
la troisième expérience permet de mettre en avant le fait que la dégradation est naturellement plus efficace aux fortes températures mais que l'inipol permet d'améliorer celle-ci à toutes les températures (ils disent que le fertilisant permettrait aux bactéries d'avoir un meilleur accès aux molécules en limitant les émulsions entre huile et eau) mais que cette amélioration de la dégradation est aussi à mettre en corrélation avec l'augmentation de la population bactérienne spécifique de la dégradation des hydrocarbures.
c'est ensuite que j'ai plus de mal à comprendre, apparemment les chercheurs cherchent à mettre en évidence les profils phylogénétiques de la microflore en effectuant une électrophorèse par capilarité et une sscp.
ils effectuent une extraction des adn et arn totaux puis amplifient les régions spécifiques v3 de l'ARNr et de l'ADNr 16s. Après amplification par pcr et rt pcr, ils effectuent un sequençage et on arrive à la figure 4 et 5 de la publication où on observe deux dendrogramme.
Je ne sais pas comment les interpréter, je suppose qu'on doit mettre en évidence une processus de différenciation de la communauté bactérienne en fonction de l'ajout du fertilisant mais je n'en suis pas certaine.
De plus j'ai un doute sur le principe de l'expérience : je suppose que l'on réalise une profil phylogénétique à partir de l'ADNr car toutes les bactéries en possède mais aussi qu'on fait la même expérience avec l'ARNr car seules les bactéries actives vont synthétiser des ribosomes ( pour la synthèse des protéines ), qu'en pensez vous ?
on suit aussi la variation de la diversité de copies d'ADNr et d'ARNr au cours de 12 semaines d'incubation en présence des hydrocarbures. On se rend compte que cette diversité à tendance à rester faible chez les bactéries actives ? qu'est ce que cela veut dire ?
je sais que la publication est en anglais et que c'est assez long et contraignant à lire, j'ai essayé de vous résumer de la manière la plus courte le problème, mais si vous avez une idée de la façon dont on peut interpréter les trois dernières figures ou même si selon vous mes interprétations ne sont pas bonnes je serai ravi d'obtenir un avis. Si quelqu'un est intéressé par le problème je serai ravi de lui envoyer la publication entière par mail
En vous remerciant d'avance, bonne soirée
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