Bonjour! Je suis débutante en biologie et j'ai du mal à comprendre comment on forme une puce à ADN et quelle est son utilité? Dans mon cours, on parle de "contrôle" et de "test" ainsi que de ratio entre le rouge et le vert. J'ai vu que c'était expliqué dans un message précédent mais je ne comprends vraiment pas comment ça se met en place et à quoi servent ces tests de couleur...
Merci d'avance
Les puces sont fabriqués par des ordinateurs, des sondes simple brin de séquences connu sont fixées sur une puce. ça permet une étude massive du transcriptome(alors qu'un northern peut mettre en évidence un seul transcrit).
Pour tes histoires de couleurs, c'est qu'on peut marqué les ARN que l'on veut étudier.
Par exemple, tu veux étudier les gènes transcrits dans une pétale et dans une fleure(la même espèce). Tu prélèves les ARN du pétale et de la fleur, tu marques par exemples les ARN de pétale en vert, et la fleur en rouge. Ensuite tu fais une hybridation sur la puce, et ainsi tu peux faire une comparaison du profil d'expression.
L'utilité et que tu peux étudier tout le transcriptome en une seule manip', ce qui peut être pratiquer en recherche et en diagnostic.
J'espère être clair...
Bonsoir,
Voici de quoi vous éclairer : Analyse des données d'expression issues des puces à ADNEnvoyé par annedeh
Les couleurs rouge et verte correspondent aux résultats de la comparaison des profils d'expression. Dans un cas, le ou les gènes sont surexprimés, dans l'autre ils sont sous-exprimés. Quand c'est orange (vert+rouge), les profils d'expression sont comparables.
H u m a n i t y
OK, je comprends bien mieux je pense. Merci!
Dans mon cas, on veut tester l'effet d'un traitement. Donc, on marque en vert l'ADNc non traité (contrôle) et l'ADNc avec le traitement en rouge (test). Après hybridation avec la sonde, si expression contrôle=expression test: le traitement n'a rien changé, si expression contrôle<expression test: sur-expression du gène étudié donc le traitement a eu un effet positif, si expression contrôle>expression test: sous-expression. Ai-je bien compris? Et je ne comprends pas ce que veut dire concretement la sous-expression? Est-ce que le traitement a eu un effet négatif? Mais ça veut dire quoi?
Merci d'avance
Pas forcément. Certaines maladies sont dues à des sous-expressions de gènes ou au contraire à des sur-expressions pour de multiples raisons diverses et variées. L'interprétation doit se faire en fonction de ce que l'on sait de la maladie. Si on suit l'effet d'un traitement, il faut savoir si la maladie est due à une sur-expression (par exemple de certains oncogènes dans des cancers) ou inversement, afin d'avoir un "niveau de base" pour suivre l'évolution sous traitement.
H u m a n i t y
Pour compléter Edelweiss, globalement on n'utilisera pas les puces à ADN pour savoir si un traitement est efficace ou non.
On l'utilisera pour savoir ce qu'implique une drogue sur l'expression de l'ensemble des gènes d'une population cellulaire ou d'un tissu donnée, dans le but de détecter de nouveaux gènes d'intérêts.
Par exemple, tu peux prendre deux populations de cellules tumorales : une qui résiste à un traitement et une qui ne résiste pas, et détecter les gènes différentiellement exprimés dans les deux lignées de cellules, dans le but de rechercher pourquoi telle tumeur est resistante au traitement.
Merci à tous, j'ai compris cette fois!
