Bonjour à tous!
J'écris mon premier message sur ce forum pour demander de l'aide sur un problème de développement d'outils microsatellites.
Pour la petite histoire, le laboratoire pour lequel je travaille a décidé de développer des outils microsatellites pour 10 espèces d'invertébrés marins non-modèle par une approche "New Generation Sequencing". A partir d'un échantillon unique d'ADN pour chaque espèce, ils ont screener le génome entier à la recherche de séquences microsatellites pour ensuite designer des primers. Le soucis, c'est qu'il en est sorti environ 40 000 primers potentiels pour chaque espèce... La compagnie qui s'est occupée du travail de séquençage n'a pas spécifié les conditions de sélection qu'elle a choisi pour designer ces primers (j'imagine par défaut sous Primer3).
Nous avons donc maintenant en notre possession pour chaque espèce, un fichier général contenant les séquences enrichies en SSR (FASTA), un fichier contenant les séquences uniques (FASTA) et un dernier contenant les primers designers par défaut (FASTA).
Je voudrais maintenant jouer avec ces données:
_faire le tri parmi tous les primers reçus pour garder les 30 ou 40 primers les meilleurs
_designer ces primers pour pouvoir avoir recours à du multiplexing
_trouver un logiciel pour pouvoir faire cela (je ne suis pas familier avec Primer3 et j'ai télécharger FAST PCR pour jouer un peu)
Vos conseils, suggestions et questions sont les bienvenues!
Merci d'avance!
-----