Arbre Phylogénétique non raciné

[mwa1]

Bonjour,

Malgré tout ce que j'ai pu lire, je ne comprend pas grand chose aux arbres non racinés...

j'aurais besoin qu'on m'explique les principes de base en prenant pour exemple cet exercice :

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L’objectif de ce sujet est de discuter de la position phylogénétique du groupe des euglènes et
de proposer un scénario évolutif quant à l’acquisition de leurs chloroplastes.
Afin d’établir la position phylogénétique de l’euglène au sein des eucaryotes, une phylogénie
moléculaire a été réalisée. Le gène nucléaire de l’ADN codant pour l’ARN de la petite sousunité
du ribosome (18S) a été séquencé chez une euglène (Euglena gracilis), une algue verte
(Chlamydomonas gracilis), une algue rouge (Palmaria palmata), un trypanosome (Trypanosoma
brucei ; les trypanosomes sont des organismes unicellulaires parasites et responsables de
maladies humaines, telle que la maladie du sommeil), un champignon basidiomycète (Agaricus
bisporus ou champignon de Paris), un animal (le chat - Felix catus), une algue brune (Fucus
vesiculosus), un oomycète (Plasmopara viticola, un parasite de la vigne) et une archée
(Thermophylus aquaticus). La méthode cladistique a été utilisée pour reconstruire un arbre et
le résultat de l’analyse vous est présentée en figure 1.

Question 1. L’arbre obtenu est non raciné. En fonction de l’objectif de l’analyse déduire
quel est le groupe externe choisi parmi les neufs taxons inclus dans l’analyse. Justifier
votre réponse.

Question 2. Redessiner l’arbre en racinant sur l’extra-groupe déduit en question 1.

Pour le groupe externe, je pense au Felix Catus mais je saurais même pas dire pourquoi...


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[Gunkan_Jima]

Bonsoir bonsoir,

La phylogénie, c'est retrouver l'histoire évolutive d'entités (séquences ou organismes).
Comment lire un arbre, on part d'une base (une séquence ancestrale par exemple, cette séquence accumule des mutations (ça c'est la branche horizontale dans une représentation classique) et à un moment cette séquence "en devient" deux génétiquement indépendantes (duplication/spéciation...) ce qui est représenté par une barre verticale, puis les deux entités changent au cours du temps, peuvent à leur tour se diviser etc etc...
Bref, c'est simpliste, mais ça peut aider à comprendre la représentation...

Donc une phylogénie montre l'histoire au cours du temps, mais malheureusement la plupart des méthodes bien que trouvant les connexions entre les séquences sont incapables de les orienter temporellement. Une méthode consiste à orienter manuellement sont arbre en ajoutant un groupe extérieur à son groupe d'étude (qui logiquement à aussi divergé avant les séquences d'intérêt...) c'est ce qu'on appelle l’enracinement!
Maintenant, dans ton énoncé quelle est pour toi le groupe extérieur? qui va te permettre de comparer tous les autres??

Gunkan

[mwa1]

Bonsoir,

J'ai fait un arbre en raçinnant sur le felix catus :

j'ai lu quelque part qu'il fallait prendre pour groupe externe un taxon éloigné mais assez proche pour être comparé au groupe d'étude...

Maintenant, sachant que :

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Les euglènes possèdent des chloroplastes qui contiennent de la chlorophylle a et b, comme les
chlorobiontes (algues vertes et plantes). Cependant, alors que les chlorobiontes ont des
chloroplastes à 2 membranes, les euglènes ont des chloroplastes à 3 membranes. De plus une
étude ultrastructurale a mis en évidence que les euglènes et les trypanosomes, partagent un
flagelle très particulier unique chez les Eucaryotes

je dois répondre à ces questions :

- Discuter la position phylogénétique d’Euglena dans l’arbre obtenu.
- Dans cet arbre, les organismes photosynthétiques forment-ils un groupe
monophylétique ? Justifier votre réponse en précisant les organismes photosynthétiques

mais je n'arrive pas à faire le lien entre les infos de l'énoncé et l'arbre...

[Gunkan_Jima]

Bon d'accord... tu n'as pas "pris en compte" ce que je t'ai dit.

Tu penses vraiment qu'un chat (qui est un eucaryote!) est le groupe extérieur lorsque tu as une archée (procaryote et seul représentant d'un autre règne du vivant!) au plein milieu de ton arbre d'eucaryotes??
Tu sais interpréter les arbres (je l'ai vu sur un autre post) donc refais le correctement et tires-en les conclusions qui s'imposent...


Gunkan

[A voir en vidéo sur Futura]

[mwa1]

j'en ai fait un autre et j'ai essayé de placer les informations sur l'arbre :




c'est mieux ?

En passant, c'est quoi un " pas évolutif " ?

[Gunkan_Jima]

Bonjour,

L'arbre est bien mieux! Par contre, je ne suis pas sur que l'ancêtre des eucaryotes avait de la chlorophylle...
Un pas évolutif, c'est acquérir un un caractère dérivé.

Gunkan

[mwa1]

Alors la chlorophylle serait une homoplasie ?