Les peptides et leurs pHi

[Le Génie de la Lampe]

Salut,

Je suis en train de réviser pour mes rattrapages et je me demandais comment déterminer quelle fonction porte quel pKa dans un peptide.

Par exemple :
J'ai un peptide tyr-ala-asp-lys avec 5 fonctions ionisables dont les pKa sont les suivants : 2.2; 3.9; 9.1; 10.1; 10.5
Je souhaite savoir comment déterminer quel pKa va sur quelle fonction, y a t-il une méthode quelconque pour y parvenir ou faut-il connaître par coeur les pKa de chacun ?


Correction :
NH3+ de tyr (N-term) : 9.1
Fonction OH de tyr : 10.1
COOH de Asp : 3.9
NH3+ (latéral) de Lys : 10.5
COOH de lys (C-term) : 2.2


Merci d'avance
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[Svenn]

A priori, il faut effectivement se contenter d'apprendre betement par coeur et de restituer l'information non digérée. Si c'est des oraux de niveau mastère, n'hésite pas à dire que le pKa d'un résidu dépend de son environnement et que pour des valeurs aussi proches que 10,1 et 10,5, c'est un peu osé de se contenter de la structure primaire. Dans des cas un peu extrêmes, on observe des aa avec des pKa décalés de 6 ou 7 unités par rapport à leur valeur en solution donc 0,4 de différence, c'est rien.

[Le Génie de la Lampe]

Merci de cette réponse rapide ! Je vais donc continuer à apprendre bêtement ces chiffres...
En revanche pour ce qui est de ces pKa décalés je ne savais pas, je vais me pencher dessus juste après. Merci bien

[Svenn]

Ne t'occupe pas de ces histoires de pKa décalés si tu es au niveau bac ou licence, ça t'embrouillera plus qu'autre chose.

Un exemple classique de protéine avec des aa avec pKa décalé est la PDI (protein disulfide isomerase) dont le rôle est d'assurer l'appariement correct des cystéines pour former des ponts disulfures. Le site actif contient une cystéine dont le pKa n'est pas de 8,5 comme d'habitude mais plutot de 3 ou 4 suivant les isoformes. La conséquence est que dans les conditions physiologiques cette cystéine n'est pas sous la forme habituelle - SH mais sous la forme - S(-) qui est très réactive.

[A voir en vidéo sur Futura]

[noir_ecaille]

J'adore tous ces petits détails

Merci pour ma culture personnelle, Svenn