[biologie moléculaire] Swissprot

[invite67f7fb87]

Bonjour,

je dois travailler avec un fichier provenant de la banque swissprot, cependant je ne comprends pas la nomenclature utilisée. Celle ci est expliquée dans la banque de données mais seulement ern anglais, or mon anglais ne suffit pas pour tout comprendre:


ID Identification Once; starts the entry
AC Accession number(s) Once or more
DT Date Three times
DE Description Once or more
GN Gene name(s) Optional
OS Organism species Once or more
OG Organelle Optional
OC Organism classification Once or more
OX Taxonomy cross-reference(s) Once or more
RN Reference number Once or more
RP Reference position Once or more
RC Reference comment(s) Optional
RX Reference cross-reference(s) Optional
RA Reference authors Once or more
RT Reference title Optional
RL Reference location Once or more
CC Comments or notes Optional
DR Database cross-references Optional
KW Keywords Optional
FT Feature table data Optional
SQ Sequence header Once
(blanks) sequence data Once or more
// Termination line Once; ends the entry



Que signifie les différentes abréviations??? ID, AC, DT etc.....
Merci pour votre aide.

Antoine
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[Yoyo]

Bonjour,
Alors rapidement.


>ID Identification Once; starts the entry
ici est mis le terme (le nombre?) identifiant la proteine concernee.

>AC Accession number(s) Once or more
Ici c'est son numero d'accesion dans les bases de donnees. Lors de la soumission de la sequence la banque donne un numero automatique a la sequence. ce numero est unique et permet de retrouver ta sequence. Si plusieurs morceaux de proteines ont ete sequencees independament tu peux avoir plusieurs numeros (a toi de trouver celui qui correspond a la proteine entiere)

>DT Date Three times
date de la soumission de la sequence dans la base de donees

>DE Description Once or more
descirption fonction de la proteine

>GN Gene name(s) Optional
Nom du gene, il n'est pas obligatoire de remplir ce champs

>OS Organism species Once or more
Nom de l'organisme a partir du quel la proteine a ete obtenue

>OG Organelle Optional
Nom de l'organelle (i.e mitochondrie, chloroplaste ...)

>OC Organism classification Once or more
claissification de ton organisme, son regne sa classe (eucaryote, procaryote, mammifere etc...)

>OX Taxonomy cross-reference(s) Once or more
la taxonomie et les references croisees

>RN Reference number Once or more
un numero de reference (ce n'est pas l'accesion number, je vois aps tropa quoi ca sert?)

RP Reference position Once or more
RC Reference comment(s) Optional
RX Reference cross-reference(s) Optional

>RA Reference authors Once or more
Noms des auteurs ayant soumis la sequenced e la proteine dans la banque de donnee

RT Reference title Optional
>RL Reference location Once or more
Citation de la revue dans laquelle la sequence a ete publiee

CC Comments or notes Optional
DR Database cross-references Optional

>KW Keywords Optional
les mots clefs associes a cette proteine

>SQ Sequence header Once
(blanks) sequence data Once or more
// Termination line Once; ends the entry
entete et pied de la sequence

Voila j'espere que ca t'aidera.

Yoyo

[John78]

Salut


ID : nom générique du gène
AC : code d'acces de la séquence
DT : date de publication initiale, de la dernière mise à jour de la séquence et de la description de la fiche.
DE : description sommaire de la protéïne.
GN : nom des gènes homologues au gène présenté.
OS : nom de l'espèce d'ou vient le gène
OG : origine mitochondriale, chloroplastique etc...
OC : classification de l'espèce (espèce, genre, famille etc...)
OX : code de l'espèce (ca doit provenir de la banque Taxonomy du NCBI, mais pas sur, à vérifier)

RN : Reference number Once or more
RP Reference position Once or more
=> aucune idée

RC : commentaire divers (ex: provenance de la souche bactérienne, type de tissu chez les métazoaires)
RX : code de la publication initiale (ex: PubMed du NCBI)
RA : noms des auteurs de la publication
RT : titre de la publication
RL : nom du journal, date, page, volume etc etc...
CC : commentaires divers sur la protéïne (fonction, expression, régulation)
DR : lien dans des bases de données diverses (structures, séquences, fonction etc etc...)
KW : mot clé sur la protéïne (type d'activité enzymatique, processus cellulaire impliqué)
FT : J'en suis pas sur mais celà doit donner des informations sur la séquences primaire tel que le site actif, site de fixation d'un ligand, zone d'épissage alternatif potentiel etc etc...). A vérifier.
SQ : la séquence en elle même plus le nombre d'acide aminé, le poids moléculaire théorique etc etc....


A+
John

[John78]

Je perds mon temps......

A+
John

[A voir en vidéo sur Futura]

[Yoyo]

T'as fait ca mieux que moi
ca tombe bien que ca soit identique quand meme

Yoyo

[John78]

T'as fait ca mieux que moi
ca tombe bien que ca soit identique quand meme

Yoyo

Celà prouve que l'on ne raconte pas que des c*ies...

J'ai trouvé pour RN

RN : au cas ou le gène auraient été séquencé plusieur fois (ex: projet génome) c'est le numéros pour chaques publications impliquées avec a chaque fois RL, RA, RX.

A+
John

[invite67f7fb87]

Merci beaucoup beaucoup pour votre aide!! Heureusement que ce type de forum existe!

Antoine

[invite7ca7e8ff]

bonjour, j'aimerais savoir à quoi sert exeactement swissprot, quelle est la différence avec blast?
j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise? merci pour votre réponse.
P.S: si vous avez de bons sites qui expliquent toutes les notions de phylogénie, je suis preneuse!!!!enfin comment surtout utiliser tous les programmes de bioinformatique, ce serait extra cool

[MaliciaR]

bonjour, j'aimerais savoir à quoi sert exeactement swissprot, quelle est la différence avec blast?

Salut,

Il n'y a pas grand-chose de commun entre SwissProt et BLAST
SwissProt est une banque de données généralistes de protéines, très fiable si l'on croit ce qu'y disent les mecs Càd que les séquences publiées dans SwissProt sont contrôlées et passent par une annotation manuelle (regarde dans une fiche, tu verras les champs commençant par CC : se sont les commentaires des gens qui ont fait les annotations manuelles).
BLAST (Basic Local Alignement Sequence Tool, si je ne m'abuse) est un outil d'alignement local de séquences. Càd qu'il te servira si tu souhaites par exemple rechercher une similarité entre ta séquence d'intérêt et toutes les séquences contenues dans une banque de données.

j'aimerais pouvoir avoir la séquence d'acides aminés d'une protéine lequel de ces programmes est ce que j'utilise?

Alors, tu utiliseras lequel de ces deux outils?

P.S: si vous avez de bons sites qui expliquent toutes les notions de phylogénie, je suis preneuse!!!!enfin comment surtout utiliser tous les programmes de bioinformatique, ce serait extra cool

Sur chaque site proposant des outils, tu as une partie Tutorials.
En ce qui concerne "tous les programmes de bioinformatique", comme tu dis, il est impossible (et inutile) que tu saches te servir de tous, cela dépendra de l'utilisation que tu en feras.
Personnellement, je te conseillerais de voir s'il n'y a pas quelqu'un dans ton labo pour t'expliquer les bases d'utilisation. Ce n'est pas "bête et méchant", comme on peut croire parfois

Si tu as d'autres questions, n'hésite pas.

Cordialement,

[invite7ca7e8ff]

salut maliciar,
merci pour ta réponse, ensuite je pense que j'utiliserai swissprot pour chercher la séquence d'acides aminés. c'est un bon choix, non? merci. bye