Au secours la RMN va finir par m'achever...

[invite9d1c3eae]

Je suis en pleine période de révisions, exams obligent et j'ai beaucoup de mal à trouver des renseignements sur la technique RMN STD pour l'étude de la structure des protéines, qui consiste à saturer un signal pour mettre en évidence la fixation d'un ligand et sur quel site il se fixe (transfert d'irradiation et tout le blabla...) Mais concrètement je vois pas du tout comment c'est exploitable.
Quelqu'un pourrait il m'éclairer
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[Guillmot]

Salut,

En RMN-STD, tu vas pouvoir caractériser l'interaction d'un ligand avec une protéine:

En irradiant la protéine, il y a transfert de saturation vers le ligand impliqué dans l'interaction P+L; au fur et à mesure du temps de saturation, l'échange P+L <=> PL va augmenter le nombre de ligands saturés; ceci va permettre d'obtenir un spectre RMN particulier à la fréquence de résonnance de la protéine (on-résonnance).

Concrètement, cette méthode a été développée par Meyer & Mayer (1999), sur l'agglutinine, et permet de comparer les spectres suivants:

Supposons que l'on souhaite prouver qu'un ligand L dans un lot de ligands potentiels peut intéragir avec une protéine P:

A: spectre RMN de la protéine P pour filtrage

B: spectre RMN du ligand L suspecté

C: spectre RMN-STD protéine P + coctail de ligands

Le spectre (C-A), et sur une comparaison des pics du spectre C, doivent donner un signal comparable à notre ligand L en spectre B si notre hypothèse est vérifiée !

Voilà un exemple d'utilisation; si tu le souhaites j'ai toujours en magasin les publications de Mayer & Meyer, 1999 et Meyer & Peters, 2003, qui sont des références sur le sujet

Bon courage à toi !

GuiL

[invite9d1c3eae]

Merci beaucoup pour tes explications Guil, elles ont éclairées ma lanterne.
Plus que quelques jours de boulot et je verrai la fin de mes révisions.
Merci encore.

[invite9d1c3eae]

guil,juste une petite précision... pourrais tu me dire si à partir de ces spectres, on peut identifier le site de fixation du ligand sur la protéine?Je précise: en cours, on nous a montré 2 spectres, 1 de la protéine et un protéine + ligand saturés, et on voit effectivement certains pics correspondant à la protéine seule et donc par déduction les autres pics observés sont ceux du ligand, mais peut on à partir de ces deux enregistrements préciser le site de fixation du ligand sur la protéine?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Guillmot]

Salut !

Non par contre, on ne peut pas identifier le site de fixation sur la protéines; pour celà il faut passer en cristallographie par exemple

Par contre le % de saturation des noyaux du ligand varie, selon son interaction avec la protéine, le transfert de saturation va être plus ou moins fort. Tu peux ainsi avoir une idée quel motif du ligand est au contact avec la protéine, mais pas d'informations spatiales sur le site de fixation protéique

Un exemple avec sialoadhésine (rapport de lecture perso); si ça t'intéresse Et là encore si besoin je peux t'envoyer des articles abordant ce sujet !

Bon courage !

GuiL

[invite9d1c3eae]

Merci Guil pour tes explications, si besoin est je te demanderai les articles que tu as.
A plus.

[invitee11e0e37]

Bonjour,
Moi ca m'interesse franchement. Je suis en train de verifier que mes fragments se lient bien en utilisant cette experience. Comment determines-tu a partir des spectres que telle ou telle partie du ligand est en contact avec la protein, simplement en integrant les pics et en regardant lesquels presentent la plus grande difference de valeur avec le spectre du ligand seul ? Mes fragments sont vraiment petits, un poids moleculaire inferieur a 250 Da, ca marche aussi a ton avis ?