kcat et Km exprimés en k...

[mailaure]

Bonjour à tous,

Je ne comprends pas comment on détermine les paramètres cinétiques (réponse plus loin) de:

E + S <=>(k+1 et k-1) ES -> (k2) ES* -> (k3) E+P

où E représente l’enzyme, S l’antibiotique, ES un complexe non covalent de Henri-
Michaelis, ES* un complexe acyl-enzyme covalent et P le(s) produit(s) inactif(s) issu(s)
de la dégradation de l’antibiotique. k+2 et k+3 sont les constantes de vitesse de premier
ordre, respectivement des processus d’acylation et de désacylation. Les paramètres
cinétiques caractéristiques sont (ce que je ne comprend pas comment on fait...):

kcat = (k+2 ・ k+3) / (k+2 + k+3),
Km = [k+3 / (k+2 + k+3)] ・ K’, avec K’ = (k+2 + k-1) / k+1 et
kcat / Km = k+2 / K’

Merci!
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[mailaure]

J'avoue que je n'ai jamais eu de cours de cinétique donc à la base je ne comprend pas bien Km et kcat.
Le truc que j'ai compris c'est que Km est la concentration en substrat associé à Vmax/2 (exprimé en M?) et que parfois il peut être interprété comme l'affinité de l'enzyme pour le substrat (exemple de cas où pas interprété comme l'affinité???). Et pour kcat je sais juste qu'il peut être interprété comme le turnover de l'enzyme (s-1?)...
Mais quand on exprime en constante de vitesse je suis perdue

[Pfhoryan]

Bonjour à tous,

Je ne comprends pas comment on détermine les paramètres cinétiques (réponse plus loin) de:

E + S <=>(k+1 et k-1) ES -> (k2) ES* -> (k3) E+P

Bonjour,

Il faut commencer par écrire, les vitesses pour chaque espèce.
Par exemple:
d[E]/dt = -k₊₁[E][S]+k_-1[ES]+k₃[ES*]
d[ES*]/dt = k₂[ES]-k₃[ES*]
...

Ensuite on se place à l'état stationnaire, c'est à dire que d[E]/dt=0, d[ES*]/dt=0... ce qui permet d'avoir la concentration de chaque espèce en fonction des autres.
Puis on sait que [E₀]=[E]+[ES]... et vi=k₃[ES*]
On cherche à exprimer vi en fonction de [E₀], k₊₁, k_-1... et [S]
Ce qui permet d'identifier k_cat et K_M

[mailaure]

Merci!

[A voir en vidéo sur Futura]