Bonjour á toutes et á tous,
je commence un stage en laboratoire de cherche sur l'évolution des plantes mais je n'ai jamais fait concretement de la bionfomartique; étant issu d'une formation L3 préparant au CAPES et non á la recherche fondamentale. je vais essayer de vous expliquer clairement et le plus lisiblement mon problème et sujet.
Je dois vérifier la divergence de différentes espèces au sein dúne grande famille de plantes, et ce au niveau génétique. On m'a expliqué que pour ce faire je dois réaliser différents arbres phylogénétiques á l'aide de divers gènes (certains gènes connus comme ayant une forte conservation au cours de l'évolution et d'autre étant connus pour évoluer rapidement) et ensuite comparer ces arbres pour voir si on retrouve globalement les meme "classifications" / "groupes" au sein de cette grande famille de plantes.
Mon problème est le suivant: j'ai la sequence nucléotidique de certains gènes qui vont servir de cible (ex: le gène chloroplastique ndhf, le gène WUS, ou encore de l'ubiquitine). Il s'agit de séquences génomiques et non pas de l'ADNc. première question devrais je travailler sur les sequences génomiques ou seulement sur les exons? (sachant que la plus part des données que je vais trouver dans NCBI sont issues d'approches transcriptomic et non génomique; si ne me concentre que sur les espèces séquencées il n´y a pas assez d'espèces pour avoir une vision globale de l'ensemble de la grande famille de plantes que je dois étudier).
Deuxième question quel programme de BLAST dois je utiliser sur NCBI pour obtenir les sequences homologues? (vaut il mieux que je travail avec un blastn ou megablast ou encore avec le tblastx?
en vous remerciant d'avance pour vos premieres reponses et je risque de revenir par la suite pour des questions de techniques aussi ( comme entre les allignements clustalW et MUSCLE)...
Cordialement
-----