Articles importants dans Nature, Science ou Cell

[invite03faafc6]

Bonjour,

J'avoue n'avoir pas lu tout le fil de cette discussion mais j'ai trouvé l'idée marrante. Pour rendre le tout plus amusant je vous propose un article qui a défrayé la chronique de l'époque. Il s'agit du fameux clonage de Dolly (il est probablement cité dans ce fil, je ne sais pas). Mais surtout je vous convie à trouver l'énorme erreur (ou étourderie) de ce fameux article (cf Figure 1). Vous trouverez en pièce jointe uniquement cette figure de l'article de Wilmut&al, 1997, Nature.
A vous de jouer,
Michel
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[inviteb3a6feac]

La photo B, des fibroblastes : OK
La photo C, de nouveau des fibroblastes ! Bon dieu c'est la même photo !!!! Et ça publie dans Nature !!!! Ah ben reste plus qu'a prendre une photo de mes cultures et leur dire qu'on voit la structure 3D des protéines de membrane, ça devrait passer !

Incroyable ouais !

[invitec9f0f895]

Bonsoir,

L'erreur a été corrigée:
Erratum:

Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells
I. WILMUT, A. E. SCHNIEKE, J. MCWHIR, A. J. KIND & K. H. S. CAMPBELL
doi:10.1038/386200a0
Nature 1997 Mar 13;386(6621):200.

Yoyo

[invite4ff72fd5]

Faut être indulgent, des coquilles ça arrive souvent... A l'époque les moyens informatiques étaient moins performant et simple d'utilisation.

[invite43cccb18]

Salut,

je voudrais ajouter un article dans Nature que je ne crois pas avoir vu cité ici, et je pense que c'est quand même une grande découverte pour le domaine des interactions plante-microorganismes (autant que les strigolactones), malgré une approche scientifique assez affligeante (bon...ça a donné un résultat...):

Fungal lipochitooligosaccharide symbiotic signals in arbuscular mycorrhiza
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21209659

Maillet F, Poinsot V, André O, Puech-Pagès V, Haouy A, Gueunier M, Cromer L, Giraudet D, Formey D, Niebel A, Martinez EA, Driguez H, Bécard G, Dénarié J.

Arbuscular mycorrhiza (AM) is a root endosymbiosis between plants and glomeromycete fungi. It is the most widespread terrestrial plant symbiosis, improving plant uptake of water and mineral nutrients. Yet, despite its crucial role in land ecosystems, molecular mechanisms leading to its formation are just beginning to be unravelled. Recent evidence suggests that AM fungi produce diffusible symbiotic signals. Here we show that Glomus intraradices secretes symbiotic signals that are a mixture of sulphated and non-sulphated simple lipochitooligosaccharides (LCOs), which stimulate formation of AM in plant species of diverse families (Fabaceae, Asteraceae and Umbelliferae). In the legume Medicago truncatula these signals stimulate root growth and branching by the symbiotic DMI signalling pathway. These findings provide a better understanding of the evolution of signalling mechanisms involved in plant root endosymbioses and will greatly facilitate their molecular dissection. They also open the way to using these natural and very active molecules in agriculture.

[invite71f23525]

Je crois d'ailleurs que c'est le même labo Toulousain qui a identifié les strigolactones?...

[inviteab824ce2]

C'est même certain, je reconnais le nom d'un MdC de l'équipe, intarissable pendant ses cours sur les strigo.
En quoi l'approche est-elle affligeante ?!

[invite43cccb18]

Salut,

Oui c'est bien le même labo, et les mêmes personnes...

Et bien c'est à dire qu'ils ont été ont très grosse concurrence avec beaucoup de monde étant donné le sujet... D’ailleurs, je fais noter que leur article sur les strigo est publié juste la page en face de celui des japonais (soumissions au même moment, Nature à publié les deux).

Ici, ils ont eu une approche très orienté. La réflexion est la suivante:
Les rhizobiums ont des chitines synthases. Or elles se situent sur un plasmide et pas dans leur génome. Elles ont très probablement assimilé cette fonction d'une autre espèce. Or les CHS sont très représentées dans les champignons en particulier. Donc les champignons doivent produire des facteurs Nod...
Donc:
Utilisons la méthode d'extraction des facteurs Nod et les mêmes tests pour révéler des LCO chez les mycorhizes.

Vous noterez qu'il n'y a pas d’expérience très extraordinaire ni innovante dans ce papier. Il consiste pour l'essentiel à cultiver Glomus, extraire le milieu avec la même méthode qui est utilisée pour les facteurs Nod, des comptages de déformations de poils absorbants (qui n'est franchement pas évident), et des analyses de MassSpec (pour lesquelles, finalement, on ne trouve que ce que l'on cherche déjà).
Ca reste une approche avec un très gros a priori. Attention, je ne dis pas que le travail réalisé est nul, ils ont quand même bien bossé, et ils ont eu raison. Néanmoins, pour travailler moi même sur des aspects "perception des fragments de chitine" (si je peux faire ce raccourci), je ne suis pas convaincu que ces Myc-LCO soient vraiment la réponse à la question concernant la perception de la mycorhize. Il se pourrait bien même que ces LCO soient sécrété par des pathogènes (pour peu que quelqu'un se casse la tête à les chercher).

Bref, à mon humble avis, cet article n'est pas dans Nature pour sa qualité de travail, mais plutôt pour la popularité du résultat.

Bob

[invite86aad8f6]

Je suis curieux de savoir qui se cache derrière ce bob )

Pour avoir fait ma thèse dans l'equipe sus-mentionnée je t'assure que ce résultat n'et pas trivial.
Il suffit "juste" de faire pousser du glomus, hum as tu idée de la difficulté de la chose? Ce champignon est biotrophe obligatoire, il faut donc le faire pousser en association avec la plante. Les quantité de spores produites pour cette étude ont été astronomiques.
L'approcha avec a priori est un partie pris clair. L'hypothèse de la présence de tel facteur chez les champignons endomycorrhiziens a été proposé il y a presque 15 ans et soutenue par des arguments génétiques très fort depuis (même voie de signalisation impliquée dans les deux types de symbiose).
Si ce résultat été "attendu" cela n'enlève en rien la qualité du travail. Je trouve ta dernière remarque quelque peu limite. Plus de 10 personnes ont travaillé sur ce projet pendant plus de 5 ans pour en arriver la, avec une concurence internationnale très importante.

Pour ce qui est de la présence de LCOs chez des pathogènes, c'est une hypothèse qui ressort assez souvent également. Pour le moment il n'y a aucun arguments solides, ni biochimique ni génétique. On en trouvera peut-etre un jour, mais ça ne semble pas "attendu" pour le coup

Cela dit, d'un point de vue plus général, pourrais tu m'expliquer la notion de "travail de qualité" ? Quelques millions de dollars en -omics divers ?
Et pour finir, pour publier dans Nature, oui il faut un résultat "populaire".

[invite43cccb18]

Salut pimd,

Je me permet de continuer la polémique, mais restons sur un ton cordial si tu veux bien.

Relis bien mon message, et tu observeras que je n'ai pas écrit "il suffit juste de" ni "ce n'est pas un travail de qualité". Car sachant le travail que cela a demandé, je ne me permettrais pas de tels insultes. Si je ne pensais pas le résultat de ce travail malgré tout remarquable, ou serait l'intérêt de le partager sur un forum...?

Toutefois je persiste à penser que l'approche scientifique est quelque peu dommage. Beaucoup de mécanismes biologiques passent par les même voies de transduction (tout du moins d'un point de vu génétique) sans pour autant avoir des signaux communs il me semble. Je ne prétends pas détenir la Vérité, mais comment aurait on pu s'attendre que des créatures aussi différentes qu'un bactérie et un champignon partagent une même molécule de signalisation pour des mécanismes aussi complexes, mais aussi communs que différents?
Tu ne m'en voudras pas non plus de dire que souvent les chercheurs posent une hypothèse, puis cherchent les preuves qui vont dans la même direction (parfois même en faisant de leur mieux pour écarter les résultats déplaisants)... Personnellement j'en ai assez fait l’expérience.

D'autre part tu auras surement remarqué dans pas mal de journaux, en faisant ta biblio, qu'il existe beaucoup de publication de qualité qui n'ont pas la reconnaissance qu'elles méritent, l'inverse existant aussi. Et tu auras aussi noté que régulièrement des journaux comme Nature publient des erratum et des corrigés (je pense en particulier à une publi ou toutes les figures étaient fausses, comme des photos juste retournées, et des gels trafiqués même pas proprement).
Quand un journal comme Nature reçoit des publi globalement de très bonne qualité, il se voit en droit et même dans l'obligation de choisir les plus populaires, au risque de voir sa popularité diminuer (IF), non? Et bien je pense simplement que tout le monde était impatient de "voir" le facteur MYC.

Pour ce qui est des pathogènes, disons que c'est une possibilité qui demanderais que quelqu'un y passe un peu plus de temps...

Bref, je m’arrête la, je pense être assez clair sur ma position.

Bob

ps: c'est marrant de te retrouver ici PM ^^

[invite43cccb18]

Deux articles d'interet dans Nature (d'hier) à propos de l'interprétation d’artéfacts dans le domaine de la génétique/génomique:

"Error prone"
(de l'éditeur)
Nature, vol. 487, p. 406, 26 July 2012

"Face up to false positives"
Daniel MacArthur
Nature, vol. 487, pp. 427-428


Bob

[invite43cccb18]

Pour vos vacances à la plage, voici un petit article dans Nature qui devrait vous donner des idées

http://www.nature.com/srep/2012/1208...srep00549.html

(Y aurait-il une section pour les publi sérieusement drôles?)

Bob

[invite71f23525]

Malgré l'aspect ludique intéressant de la publication que tu cites, elle est hors-sujet ici puisqu'on est dans le forum biologie, et non physique.

[invite655208fb]

Salut à tous,

Ai-je le droit de poster l'article de Séralini sur les OGM? il serait intéressant dans discuter tous ensemble,

[invite71f23525]

Si c'est un article scientifique que tu veux poster, il n'y a aucun problème. En revanche, pas d'articles de type journal grand public.

[piwi]

Bonsoir,

Nous parlons de l'article de Séralini en parle ici et là.

Merci de poser vos questions là bas afin d'éviter que l'on se disperse encore un peu plus et que l'on ressasse à l'envie les mêmes arguments déjà développés par ailleurs.

pour la modération,
piwi

[invitee863e61a]

Un article qui répond de façon très vive aux papiers du projet ENCODE (qui argumentait que le "junk DNA" avait très probablement une fonction puisqu'ils détectaient des transcrits de cette région).
http://gbe.oxfordjournals.org/conten....full.pdf+html

[invite54839f53]

Salut,

J'ai pas vu de discussion sur la sujet pourtant ca a fait du bruit en sortant... article de la semaine derniere dans Nature (2 articles paru en meme temps par la meme equipe d'ailleurs) ca traite de la reprogrammation cellulaire par stimulis sub-lethaux, c'est pour moi et j'imagine pour d'autre biologiste cellulaire du forum aussi une petite revolution....:


http://www.nature.com/nature/journal...ture12968.html

Obokata H, Wakayama T, Sasai Y, Kojima K, Vacanti MP, Niwa H, Yamato M,
Vacanti CA. Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into
pluripotency. Nature. 2014 Jan 30;505(7485):641-7. doi: 10.1038/nature12968.
PubMed PMID: 24476887.

Edit : correction du lien que tu as posté avec bibliovie / biblioinserm

[Pfhoryan]

C'est une révolution pour tout le monde et qui bizarrement n'a pas beaucoup d'échos.
A mon avis, c'est largement aussi important qu'une découverte du type identification d'une particule de matière noire!
Les implications sont immenses car d'après ce que j'ai compris il est possible de faire des cellules totipotentes avec un simple passage de n'importe quel type de cellule dans une solution légèrement acide (pH 5.7)!
C'est énorme car avec ça, il doit par exemple être possible de faire un clone à partir d'une goutte de sang!

[invite54839f53]

Y'a deux grandes avancée dans ces deux papier d'abord la reprogrammation en cellules pluripotentes de cellules somatique juste avec un bain de 25 min a ph acide ( ce qui rend les IPS caduque selon moi...) ensuite dans le deuxieme article la preuve qu'ils peuvent obtenir des cellule totipotente et donc les annexe extra embryonnaire ce qui n'est pas possible avec les ES uo les IPS... donc oui comme tu dis un pas vers le clonage avec une goutte de sng mais surtout une avancé majeur vers la thérapie cellulaire personnalisé...

[mh34]

Ce n'est pas la même chose que ce dont on parle ici?
http://forums.futura-sciences.com/co...fabriquer.html

[invite513ac0a6]

C'est une révolution pour tout le monde et qui bizarrement n'a pas beaucoup d'échos.

Wat? Il y a des articles là dessus dans plein de journaux grand public.

C'est en effet potentiellement révolutionnaire, mais je reste douteux tant que ca a pas été répété et confirmé plusieurs fois tellement ca me semble invraisemblable. L'avantage, c'est que c'est tellement simple que la majorité des labos orientés stem cells, et particulièrement ceux possédant déjà les souris Oct4-Gfp, doivent être en train de tenter de répéter le protocole.

Pour aller un peu plus loin sur le sujet, quelques liens (en anglais):
la discussion PubPeer: https://pubpeer.com/publications/8B7...0A848A44B70F7D

Un article de blog intéressant, notamment les questions à résoudre qu'il pose à la fin:
http://www.ipscell.com/2014/01/revie...nature-papers/

[Pfhoryan]

Wat? Il y a des articles là dessus dans plein de journaux grand public.

Oui, bien sûr, mais je voulais dire qu'il n'y a pas eu autant de battage médiatique que pour (par exemple) le Boson de Higgs. Alors que si cette découverte est confirmée, l'impact à court terme sera plus important pour le quidam que ne peut être le boson.

Merci pour les liens vers la discussion, ils mettent bien en avant les réserves qu'il faut avoir face à ce genre de découverte. J'adore l'idée du site où tous les chercheurs testant la méthode indiquent leur résultat. Pour l'instant, c'est pas top
Il y a peut être un truc intéressant mais pas forcément ce à quoi pensaient les auteurs.

[invite513ac0a6]

OK je vois ce que tu veux dire, l'histoire est quand même assez différente pour le boson de higgs, vu que c'est une théorie majeure vieille de quasiment 50 ans qui est confirmée par l'experimentation, là le coup des stap cells c'est un peu un truc miraculeux qui sort de nulle part. D'ailleurs je sais plus où j'ai lu ca, mais certains spécialistes des cellules souches ont comparé ca à de l'alchimie

En tout cas, j'espère qu'on sera vite fixés, mais je crains un peu que les divers journaux scientifiques majeurs privilégient la publication de confirmations mais soient plus hésitants pour publier des études infirmant l'existence des stap cells.

L'effort de crowd sourcing sur le blog que j'ai mis en lien est en effet louable, mais l'auteur le dit lui même, ceux qui seront capables de répéter les résultats publieront plutôt dans un "vrai" journal, ce qui créé aussi le biais inverse.

Et il faut aussi noter que pour l'instant, les tentatives pour obtenir des stap cells ne suivent pas exactement le même protocole que celui décrit dans les papiers dans Nature, donc on ne peut pas les considérer comme de vraies études de réplication. D'ailleurs, ce serait bien que les auteurs mettent à disposition un protocole détaillé étape par étape, même si ca à l'air très simple, parfois de légères variations dans un protocole peuvent grandement influencer les résultats.

[invite513ac0a6]

Petit update sur ces papiers après 3 semaines, pour l'instant c'est pas fameux.

Résultats peu encourageants sur le blog de crowd sourcing sur les tentatives de faire des STAP cells: http://www.ipscell.com/stap-new-data/

Apparement, Nature a aussi contacté une dizaine de labos "stem cells" majeurs, aucun n'a réussi à reproduire la méthode du papier. Plus troublant, un des auteurs de l'étude admet que depuis qu'il a changé de labo, il ne parviens plus à reproduire la méthode:
http://www.nature.com/news/acid-bath...gation-1.14738

A noter également (cf la news de Nature) qu'une enquête a été ouverte sur des problèmes de duplication/altérations d'images dans les papiers. Un papier de 2011 de la première auteure (Obokata) est aussi très très suspect, avec quelques duplications de blots assez évidentes à mon sens.

Mais bon, il est trop tôt pour se prononcer, je suis le premier à ésperer que les datas des papiers dans Nature soient corrects et reproductibles, mais rien n'incite à l'optimisme pour l'instant

[invite513ac0a6]

Bon bah ca sent de plus en plus mauvais pour cette découverte "révolutionnaire" qui risque bien de se tranformer en scandale scientifique assez majeur.

Dernier dévelopement en date, un des co-auteurs (senior, pas juste un thésard ou postdoc) demande à ses collègues de rétracter les papiers en considérant les nombreuses irrégularités et erreurs qui s'y trouvent.

http://online.wsj.com/news/articles/...241800532.html

http://retractionwatch.com/2014/03/1...action-report/

Pour suivre toute l'histoire, le blog qui avait déjà été linké ici:
http://www.ipscell.com/2014/03/begin...ible-outcomes/

[Cendres]

Une suite aux stap cells : http://quebec.huffingtonpost.ca/2014...=Canada+Quebec

[invite513ac0a6]

Sans surprise, quelques mois plus tard, les 2 papiers sur les STAP cells sont rétractés:

http://retractionwatch.com/2014/07/0...atal-problems/

[vpharmaco]

Cette triste histoire se termine malheureusement tragiquement http://www.japantimes.co.jp/news/201.../#.U-P3IWP07uw

[invite99446987]

Bonjour à toutes et tous,

je ne sais pas si ce forum sur les publis importantes dans Nature, etc... est toujours d'actualité. Ceci dit, je me disais que cet article sur le lien sucres artificiels/diabète et autres troubles métaboliques liés au glucose est un tournant important dans les recherches de ces 15 dernières années sur les risques liés à la consommation des édulcorants. En effet, cela fait un moment maintenant que ces molécules sont utilisées en remplacement du glucose dans de nombreuses boissons et autres produits "light". Or il semblerait 'après les résultats de ces 2 dernières années que les effets soient inverses aux effets recherchés: obésité, diabète type II, etc... Vous voyez le souci... Dans cette étude d'un laboratoire israélien, le lien entre la consommation de ces édulcorants (aspartame, saccharine notamment) et des modifications métaboliques et de dysbiose de la microflore intestinale semble avéré sur les souris (et sur 7 êtres humains?). Résumé de l'article publié le 17 septembre 2014: http://www.nature.com/nature/journal...ture13793.html. (encart LeMonde: http://www.lemonde.fr/medecine/artic...2_1650718.html et ScienceAlert: http://www.sciencealert.com.au/news/20141809-26197.html)

Bonne lecture et j'attends vos avis!

Clioglucose

(P.S.: je sais que c'est de l'agro-alimentaire et que donc bcp d'entre vous ne trouveront pas çà révolutionnaire mais à mon sens aujourd'hui tout ce qu'on peut découvrir sur la microflore intestinale est révolutionnaire. Merci. )