CGHarray Anomalie en mosaïque

[osyre]

Bonjour,

Je travaille actuellement sur un cours de cytogénétique et j'aurai besoin de votre aide pour comprendre certains points pas explicités.

Premièrement, en ce qui concerne la CGH Array, il est écrit dans mon cours qu'elle ne peut montrer des anomalies chromosomiques équilibrés. Jusque là je suis d'accord mais ensuite qu'elle peut montrer des anomalies en mosaïque de maximum 20 %. Qu'est ce que cela veut dire? De plus, je n'arrive pas à comprendre pourquoi, puisque cette anomalie est déséquilibrée on ne peut pas l'identifier?

Autre question, est ce que la PCR massivement parallèle (bridge par et micelle) demandent également de connaitre les séquences à amplifier? J'aurai dit oui évidemment mais sait on jamais
On dit aussi que le séquencage de Sanger permet l'étude des variations ponctuelles connues et nouvelles et ne se limite qu'aux exons. Au départ c'est pas censé être une technique pour connaitre les séquences d'ADN possibles? Pourquoi les introns ne sont pas possibles?

Merci.
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[tic-tic]

Bonsoir,

Une mosaïque n'est pas une anomalie déséquilibrée. On parle d'anomalie déséquilibrée lorsque il y a un gain ou une perte de fragment à l'échelle du génome. Donc une translocation par exemple, n'est pas concernée puisque le fragment qui transloque est toujours présent en deux exemplaires, à l'échelle de la cellule. En revanche, une délétion ou une duplication sont des anomalies déséquilibrées. Puisque l'ADN est fragmenté avant d'hybrider sur puce de CGH, le logiciel d'analyse ne peut pas "savoir" de quel chromosome proviennent réellement les fragments hybridés, alors il les représente à leur localisation normale. Pour une mosaïque, les différences résident entre les cellules et non au sein d'un même génome. Si je me souviens bien (j'ai fait mon stage de L3 dans un laboratoire de cytogénétique), une mosaïque entraine, sur le profil de CGH-array, une déviation de la ligne de base. Je ne me lancerai pas dans une explication plus poussée avant d'avoir relu mon rapport ^^. J'avais fait une bonne introduction sur la technique de CGH-array, donc n'hésite pas si tu souhaites que je te l'envois. Par contre, j'ai quelques doutes au sujet du "maximum de 20%", je dirais plutôt "minimum", soit un minimum de 20% de cellules qui présentent l'anomalie déséquilibrée. Quasi-certain....

tic tic

ps: "intuitivement", je dirais que l'on détecte une mosaïque lorsque la valeur de log ratio obtenue ne correspond pas à une gain ou une perte avec une valeur "ronde" (-1, x2, etc...). Si on trouve qu'un fragment est 2,7 fois trop présent, c'est qu'il y a une mosaïque...