[bibliographie] Bibliothèque de biologie/santé

[Vinc]

Bonjour!
Voici enfin la mise en ligne de la bibliothèque de biologie, tant demandée, à juste titre !
Vous y trouverez des cours mais également beaucoup d'autres types de liens (programmes de bioinfo, adresses de laboratoires, classifications biologiques, etc...), répartis dans 14 catégories différentes (cliquez sur la catégorie de votre choix, vous serez redirigé directement sur le message comportant les liens de cette catégorie):

- Biologie moléculaire et Génétique (fondamentales)


- Biologie cellulaire


- Biochimie (structurale et métabolique, enzymologie)


- Immunologie


- Microbiologie (Bactériologie, Virologie, parasitologie)


- Neurosciences


- Biomédical (cancérologie, maladies génétiques, pharmacologie, épidémiologie)


- Biologie humaine (physiologie des grandes fonctions, anatomie, embryologie, histologie)


- Techniques et protocoles de laboratoire (génie génétique, sauces, protocoles, cours sur les techniques)


- Biologie animale (zoologie, physiologie animal, développement animal)


- Biologie végétale (botanique, physiologie végétal, développement végétal)


- Ressources bioinformatiques (alignements, structure 3D, logiciels divers, …)


- Ecologie, phylogénie, systématique et évolution


- Portails, répertoires de liens et sites généralistes


Ne négligez pas la dernière catégorie car c'est celle qui rassemble le plus de liens et de cours intéressants nottament en génétique, biologie cellulaire et moléculaire. Ces sites ne sont pas répertoriés dans les autres catégories afin d'éviter les redondances, ce qui explique que la catégorie Génétique, par exemple, ne contient que peu de liens, car la majorité sont répertoriés dans la dernière partie de la bibliothèque !

Des liens seront bien sûr rajoutés régulièrement, et n'hésitez pas à me faire parvenir vos adresses intéressantes pour que je puisse les intégrer et enrichir la bibliothèque

Enfin, pour les difficiles qui ne seraient pas satisfait par les cours répertoriés, j'ai une importante collection de cours de biologie cellulaire et de cancérologie, que je ne peux pas mettre en ligne car ce sont des PDF privés, mais je peux éventuellement en envoyer quelques uns aux personnes intéressées. Si c'est le cas vous m'envoyez un MP (ces cours sont d'un niveau L3 minimum).

En espérant que cette bibliothèque soit pratique et profitable à tout le monde!

Vinc

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Biologie moléculaire et Génétique (fondamentales)

La génétique est une discipline passionante mais particulièrement complexe et en pleine mutation suite au séquençage des génomes...
Principallement des cours de génétique fondamentale, mais pas seulement


Cours de génétique fondamentale (réplication et réparation essentiellement):
- http://formation.etud.u-psud.fr/biol...ions/index.htm


Cours de biologie moléculaire (techniques et bio mol fondamentale) :
- http://www.ipbs.fr/formation/biotech/default.htm


The RNA world website :
- http://www.imb-jena.de/RNA.html


The yeast transformation homepage, tout est dans le titre :
- http://www.umanitoba.ca/faculties/me.../biochem/gietz


Le site du génoscope sur le séquençage des génomes:
- http://www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Sequencage


Un très bon dossier Futura sur la:
- Reconnaissance des cassures double brin de l'ADN


Un site référençant les génotypes des différentes souches de E.Coli. Les différents signes cabalistiques y sont décrits pour le bonheur de tous!
- http://openwetware.org/wiki/E._coli_genotypes#DH5.CE.B1

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Biologie cellulaire

Vous trouverez ici plusieurs liens renvoyant à des cours dans plusieurs disciplines de la biologie cellulaire (et de la biologie moléculaire de la cellule)!


The meilleur site de cours de biologie cellulaire, hébergé par le NCBI, vous trouverez obligatoirement votre bonheur (en anglais):
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv...id=eurekah.TOC


Un excellent cours de trafic cellulaire sur le transport entre le RE et le Golgi :
- http://www.ulysse.u-bordeaux.fr/atel...ent/access.htm


Une introduction, néanmoins complète, à la biologie cellulaire:
- http://medecine.u-bourgogne.fr/docs/...s-1ePartie.pdf


Un de mes sites préféré en ce qui concerne la biologie cellulaire car très complet (en anglais):
- http://www.biochemweb.org
Le lien ne fonctionnera peut-être pas mais l'adresse est la bonne (et ça en vaut la peine ).


Un cours de base sur le cytosquelette :
- http://www.sante.univ-nantes.fr/med/.../vignettes.htm


Page sur le transport transmembranaire (en anglais) :
- http://users.rcn.com/jkimball.ma.ult...Diffusion.html


Excellent site sur les ABC transporteurs (en anglais) :
- http://www.bi.umist.ac.uk/users/mjfs...troduction.htm


Une page sympa sur la P-glycoprotéine P-gp (en anglais):
- http://www.aidsinfonyc.org/tag/science/pgp.html

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Biochimie (structurale et métabolique, enzymologie)

Vous trouverez ici principallement des cours de biochimie structurale et métabolique de niveau premier cycle/PCEM, mais le dernier lien est particulièrement intéressant!


Cours de biochimie et de biologie moléculaire d'un bon niveau pédagogique :
- http://www.cours-de-biochimie.fr/index.php


Cours de biochimie structurale (protéines et acides nucléiques) :
- http://www.ipbs.fr/formation/biochim...cléiques_3.ppt


Notions de base à propos de la synthèse de l'ADN, de l'ARN, et des protéines:
- http://www.cours-de-biochimie.fr/index.php


Cours sur les protéines:
- http://www.resus.univ-mrs.fr/~flocon/enzymo/Fmenu.html


Cours de biochimie et de biologie moléculaire niveau PCEM1 :
- http://www.chups.jussieu.fr/polys/bi...och/index.html


Cours d'enzymologie fondamentale:
- http://www.chups.jussieu.fr/polys/bi...och/index.html


Excellent site de biochimie médicale, vraiment très bon (en anglais) :
- http://www.indstate.edu/thcme/mwking

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Immunologie

Cours d'immunologie en ligne:


- http://nte-serveur.univ-lyon1.fr/imm.../Sommaire.html


- http://www.ulg.ac.be/medint/accueil.html

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Microbiologie (Bactériologie, Virologie, parasitologie)

La microbiologie englobe plusieurs domaines sensiblement différents comme par exemple la bactériologie et la virologie mais également la parasitologie, etc...


Dictionnaire de bactériologie vétérinaire très complet :
- http://www.bacterio.cict.fr/bacdico/index.html


Une bonne base en microbiologie fondamentale :
- http://membres.lycos.fr/neb5000


Un très bon cours de bactériologie générale (sous format PDF) :
- http://www.educ.necker.fr/cours/poly...ieGenerale.pdf


Cours de parasitologie:
- http://arachosia.univ-lille2.fr/labo...par/index.html


Un répertoir de liens en parasitologie:
- http://www.mnhn.fr/mnhn/bpph/Accueil/Liens.html


Un excellent site qui regroupe des cours de bactériologie, virologie et immunologie, avec présentation détaillée de différentes souches bactériennes notamment :
- http://anne.decoster.free.fr


Le site de l’Institut Pasteur :
- http://www.pasteur.fr/externe


Toute la virologie ou presque (en anglais) :
- http://www.virology.net/garryfavwebindex.html

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Neurosciences

Vous trouverez d'autres liens dans le forum de neuropsychologie dont c'est plus la vocation, mais voici tout de même quelques adresses intéressantes...


Un très bon site de neuro-anatomie (en anglais):
- http://www.med.harvard.edu/AANLIB/cases/caseM/case.html


"Le Cerveau à tous les niveaux", une référence francophone :
- http://www.lecerveau.mcgill.ca/flash/index_d.html


Un super portail de cours en neurobiologie, avec un classement par niveau:
- http://schwann.free.fr/index.html


Voici enfin deux dossiers sur le cerveau, publiés sur Futura:

- Voyage dans le cerveau

- Découverte du cerveau à travers les âge

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Biomédical (cancérologie, maladies génétiques, pharmacologie, épidémiologie …)

De très bon sites généralistes mais aussi des plus poussés.... Il y en a pour tous les goûts et tous les niveaux!


LA référence francophone en matière de pharmacologie :
- http://www.pharmacorama.com


Un répertoire de sites médicaux dans le monde, classés par spécialité :
- http://www.chu-rouen.fr/ssm


Un site de référence dans le domaine de la santé générale :
- http://www.doctissimo.fr/html/sante/sante.htm


Cours de médecine, avec beaucoup de disciplines représentées (dermato, ORL, pédiatrie, radiologie, etc…) :
- http://www.chups.jussieu.fr/en-ligne/index.html


Base de données sur les maladies génétique, avec plusieurs milliers de maladies répertoriées et un contenu plus que riche, c’est LA référence dans le domaine (et en plus c'est en français):
- http://www.orpha.net


Plein de petits programmes et utilitaires intéressants en santé :
- http://www.aly-abbara.com/utilitaire...medicales.html


Le site de l’Institut Curie :
- http://www.curie.fr


Le meilleur cours de cancérologie fondamentale francophone que je connaisse :
- http://www.baclesse.fr/cours/fondamentale


Très bon site sur les maladies neuromusculaires (en anglais):
- http://www.neuro.wustl.edu/neuromuscular/index.html


Une des rubriques du site de la Nouvelle Société Française d’Athérosclérose (NSFA) est consacrée à la physiopathologie de cette maladie, et peut intéresser beaucoup de biologistes:
- http://www.nsfa.asso.fr/rubrique.php3?id_rubrique=12


Excellent site sur l'athérosclérose (en anglais):
- www.lipidsonline.org

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Biologie humaine (physiologie des grandes fonctions, anatomie)

Des cours de physiologie humaine, d'embryologie et d'anatomie...


ANATOMIE
Un très bon site d’anatomie avec notamment des vidéos de cours d’anat à télécharger :
- http://www.i-anatomie.com

Le fameux Gray's anatomy (le livre,pas la série ... enfin voyons!) en ligne:
-http://www.bartleby.com/107/

Un atlas d'anatomie en ligne (l'intérêt varie de pas mal à absolument fabuleux selon les régions considérées.)
-http://www.e-anatomy.org/fr/index.html


EMBRYOLOGIE
Un excellent cours d'embryologie, très complet (niveau PCEM):
- http://www-ulpmed.u-strasbg.fr/medec...mbryologie.htm

Un site très austère dans sa présentation mais au contenu extrêmement riche:
-http://didactique.sc.ucl.ac.be/ABCV/...es_animaux.htm


HISTOLOGIE
Un joli atlas d'histologie avec commentaire audio des préparations présentées:
-http://webapps.fundp.ac.be/umdb/hist...63b43dc1154108


PHYSIOLOGIE
Cours de physiologie cardiovasculaire et rénale, principalement :
- http://w3med.univ-lille2.fr/pedagogi...hysiologie.htm


Un cours relativement complet de physiologie cardiaque (sous format PDF) :
- http://www.scifa.univ-metz.fr/cours/...gie-cardL2.pdf


Un très bon cours de physiologie respiratoire fait par l’hôpital Necker Enfants Malades :
- http://www.educ.necker.fr/cours/poly...ml/helpset.htm


Cours de physiologie rénale :
- http://www.fmed.ulaval.ca/med-17105/...%206_print.pdf


Une introduction à l’endocrinologie avec une liste des principales hormones et de leur lieu de synthèse :
- http://schwann.free.fr/coursendocrinologie.html

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Techniques et protocoles de laboratoire (génie génétique, sauces, protocoles, cours sur les techniques)

Des pages web pour comprendre le principe du séquençage de l'ADN ou de la PCR, etc....


Un site vraiment génial avec pleins d'animations à télécharger pour comprendre les différentes techniques de biologie moléculaire, à ne pas manquer! (en anglais) :
- http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/animations.html


Le séquençage de l’ADN expliqué simplement :
- http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossie...e/sequence.htm


Une autre page sur le séquençage de l’ADN (en anglais) :
- http://users.rcn.com/jkimball.ma.ult...equencing.html


Page expliquant différentes techniques de biologie moléculaire:
- http://www.callisto.si.usherb.ca/~bcm514/BCM514.html


Le principe des puces à ADN pour l’analyse du transcriptome :
- http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb...inciple.php.fr


Un site entièrement dédié à la PCR :
- http://www.ens-lyon.fr/RELIE/PCR/index.html


Détermination de l'efficacité de la PCR :
- Efficacité PCR quantitative
(Merci à IngDR)


introduction à la PCR quantitative:
- http://institut.cochin.inserm.fr/res...r-quantitative


Page expliquant la technique SAGE, Serial Analysis Gene Expression (en anglais):
- http://sciencepark.mdanderson.org/gg..._technique.htm


Base de données sur les lignées cellulaires (en anglais):
- http://www.biotech.ist.unige.it/cldb/cname-1c.html

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Biologie animale (physiologie animal, développement animal, …)

Peu de sites pour le moment mais plusieurs sont en prévisions


Pour tout savoir sur les oiseaux :
- http://oiseaux.net


De très belles photos d’animaux/végétaux :
- http://1000naturephotos.1000wallpape.../fr/index.html


Un site de référence sur les insectes :
- http://www.insectes.org

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Biologie végétale (physiologie végétal, développement végétal, …)

Pour tout savoir sur les plantes avec guides d'identifications, cours de physio végétale et sur la photosynthèse:


Un très bon site sur la classification des angiospermes :
- http://tolweb.org/Angiosperms/20646


Excellent site de classement des végétaux par noms cientifiques ou vernaculaires:
- http://crdp.ac-besancon.fr/ressourc/...e/flor_tax.htm


La flore des Alpes :
- http://www.florealpes.com/index.php


Photos de plantes méditerranéennes (recherche par nom scientifique) :
- http://www.florealpes.com/index.php


Photos de la faune et de la flore :
- http://www.les-snats.com/index.htm


Un très joli site sur les plantes sauvages :
- http://plantes.sauvages.free.fr/accueil.htm


Une partie du portail de l'Université Paris 6 est consacrée à la physiologie végétale :
- http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/sommaires/pv.htm


Une brève introduction à la biologie végétale, simple et court mais on y trouve tout de même l’essentiel:
- http://ludovic.thebault.free.fr/bota

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Ressources bioinformatiques (alignements, structure 3D, logiciels divers, …)

Le site du NCBI, la référence internationale (en anglais):
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov


La banque Swiss Prot (en anglais) :
- http://au.expasy.org/sprot


Petit programme permettant de prédire d’éventuelles structures secondaires sur les ARN (en anglais):
- http://kinefold.curie.fr/cgi-bin/form.pl


Alignements de séquences et programmes en phylogénie moléculaire :
- http://pbil.univ-lyon1.fr/ird/IRD.html

Site regroupant le génome de plusieurs organismes modèles. Il permet de trouver des séquences (ADN, ARN, proteines), les homologues dans les autres espèces, de faire des blasts, de trouver les séquences en amont ou en aval, et donne également des indications sur la structure des gènes, les epissages, ect....:
- http://www.ensembl.org/index.html


Site regroupant toutes les informations ayant trait au génome murin (analyse des gènes, des protéines, présentation des modèles mutants existants, bibliographie, photos)
- http://www.informatics.jax.org/


Site permettant de chercher les domaines connus dans une séquence protéique.
- http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam


Prédiction de structure secondaire de protéines
- http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/


Prédiction d'homologie/analogie de structure de votre protéine.
- http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/index.cgi

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Ecologie, phylogénie, systématique et évolution


Une page avec quelques cours et conférences sur l’évolution hôte/parasite :
- http://www.mnhn.fr/mnhn/bpph/Enseign...lution2001.htm


Un très beau diaporama proposé par le laboratoire d’Ecologie Systématique et Evolution de l’université Paris Sud :
- http://www.ese.u-psud.fr/diapos


Une introduction à la systématique et à la classification en biologie :
- http://simulium.bio.uottawa.ca/bio25...sification.htm


Une banque de cours d'écologie :
- http://www.unice.fr/LEML/Francour_Internet

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Portails, répertoires de liens et sites généralistes

Très bon portail qui référence des cours dans tous les domaines de la biologie :
- http://vesta.u-bourgogne.fr/elearning/biologie.html


Qui ne connaît pas 123.bio.net :
- http://www.123bio.net


Un site pour biologistes :
- http://www.biozone-science.net


Un excellent site de ressources en biologie fait par l’Université Paris 6 , vraiment très bien fait :
- http://www.snv.jussieu.fr/bmedia


Un des meilleurs sites francophones de microscopie :
- http://www.microscopies.com


Très bon site qui référence des images prises avec différents types de microscopies (en anglais):
- http://micro.magnet.fsu.edu


Celui-ci présente de nombreux TP de SVT niveau Lycée. Un bon support pour les enseignants, et pour les élèves:
- http://www.ac-rennes.fr/pedagogie/svt/gfrmanipsvt.htm


Un bon portail pour les lycéens avec des cours de soutient, référencés par rapport aux livres de cours:
- http://www.ac-versailles.fr/etabliss.../revisions/SVT


Un site généraliste sur la biologie:
- http://webiologie.free.fr/index.html