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Calcul du Ct à partir d'une courbe de fusion en QPCR ...?

  1. MrOops

    Date d'inscription
    août 2013
    Messages
    11

    Calcul du Ct à partir d'une courbe de fusion en QPCR ...?

    Bonjour bonjour,
    Me voilà embêté avec des travaux pratiques de biologie
    J'ai essayé de chercher une solution en français et en anglais, sans succès...

    Voilà mon soucis :
    J'ai ça : Picture2.jpg
    Et je dois : obtenir le Ct pour le gène qui a subi la QPCR, et identifier la courbe de fusion de ce gène avec le Tm

    Honnêtement je comprends ce qu'est le Ct en théorie tout ça tout ça, mais je vois pas trop comment je suis censé trouver tout ça à partir de juste cette courbe

    Si quelqu'un s'y connaît bien en interprétation de PCR je suis tout ouïe

    -----

     


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  2. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
    Localisation
    Viroflay
    Âge
    32
    Messages
    5 037

    Re : Calcul du Ct à partir d'une courbe de fusion en QPCR ...?

    On ne peut pas trouver le Ct de cette façon, ça n'a rien à voir
    La vie trouve toujours un chemin
     

  3. MrOops

    Date d'inscription
    août 2013
    Messages
    11

    Re : Calcul du Ct à partir d'une courbe de fusion en QPCR ...?

    Oh? euh...
    à partir de quoi alors?
    J'ai également tout un tableau excel avec 3 centaines de "Cp" mais je ne sais absolument pas auquel correspond le gène que je recherche..
     

  4. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
    Localisation
    Viroflay
    Âge
    32
    Messages
    5 037

    Re : Calcul du Ct à partir d'une courbe de fusion en QPCR ...?

    ben, a partir du tableau de résultats donné par le logiciel

    Comme on ne connait pas les conditions de la PCR, ni ce que vous cherchez ni comment cela a été fait on ne peut pas trop aller plus loin sans autre information
    La vie trouve toujours un chemin
     

  5. MrOops

    Date d'inscription
    août 2013
    Messages
    11

    Re : Calcul du Ct à partir d'une courbe de fusion en QPCR ...?

    Je peux donner plus d'informations si nécessaire, malheureusement j'ai justement du mal à identifier quelles informations vont me permettre de trouver mon résultat. j'ai sans doute toutes les informations dont j'ai besoin, simplement je n'arrive pas à voir desquelles j'ai spécifiquement besoin et comment les assembler pour répondre à mes questions...

    L'objectif du TP était, je cite, "tester l'expression de gènes issus d'une famille multigénique avec 7 gènes de référence sur des ADNc sauvage et mutant"

    On a rempli une plaque 96 avec 60 gènes "inconnus" (si j'ai bien compris), et 7 gènes de référence dont APT1, en laissant donc 28 puits vides.

    Je suis censé trouver le Ct et identifier la courbe de fusion pour 3 de ces 60 gènes (numéros 54 "E6", numéro 56 "E8" et numéro 59 "E11")

    Et je sais entres autres choses que les efficacités respectives pour E6, E8 et E11 sont 1,93; 1,443; et 1,86

    Enfin, l'image que j'ai posté en premier correspond à E6 j'ai la même chose pour E8, E11, et APT1; également, je sais que l'efficacité pour APT1 est de 2,039

    Et avec toutes ces manipulations je me retrouve avec un tableau excel à 386 lignes donc je ne comprends pas vraiment comment l'interpréter...
     


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  6. Loupsio

    Date d'inscription
    novembre 2011
    Localisation
    Rouen
    Messages
    1 493

    Re : Calcul du Ct à partir d'une courbe de fusion en QPCR ...?

    Si tu as toutes les données, essaie de tracer différens graphiques en faisant varier les colonnes que tu prend en abscisse et ordonnée, jusqu'a obtenir des courbes qui ressemblent a ceci

    Ce sont tes courbes de Ct, pas celles que tu as actuellement en visuel dans l'image que tu nous montre
     


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