choix des amorces

[nadia1985]

bonjour j ai une question pour le choix des amorces d une pcr et la sequence qu on veut amplifier est distine a un clonage voici la sequence
atgaagaaaa atttaatcat agtagaatct cctgcaaaag ctaaaaccat aggaaatttt
61 ttgggaaaag attatgaagt tatcgcttct aaaggacata ttagagattt gcctaaatca
121 agctttggga ttaaaataga agatgatgaa tttatccctg agtatagaat cacaagtgat
181 catagcgcct tagttaaaga acttaaaagc aaagccaaag atgccaaaga agtctatctt
241 gcaacggatg aagatagaga aggagaggct atagcctatc atattgcaaa agctatagga
301 aaagatgaaa acaccttacc acgcattgtt tttcatgaaa tcactaaaag cgctatagaa
361 aatgctttaa aaaatccaag aaaattaaac atgcactctg taaatgctca gcaaaccaga
421 cgtcttttag atcgcattgt agggtataag ctcagccctt tattaggaca aaaaattcaa
481 agaggactta gtgctgggcg tgttcaaagt gcggctttaa agatcatagt cgatcgtgaa
541 aaagaaattc gtgcctttgt acccctagaa tactttagta ttgatatgat ttttcaaaaa
601 gatttagatg cagaactagt tgagtttgat aaagccaaga tagaaaaact taccattacc
661 aacaaagatc gtgctaaact tatactagaa gcttgtaaaa atgaagttta tagtataagt
721 gacattgaaa gcaaagaaag aaaaatcgct ccgccgcctc cttttatgac ttcaacttta
781 caacaaagtg ccagcaatcg ccttggtttt aaccctaaaa aaaccatgat gatagctcaa
841 aagctctatg aaggagtaaa tacccatgaa ggcgtgatgg gggttattac ttatatgaga
901 accgatagtt taaatttagc caaagaagca gtagaaaatg caagaaaatt catacaagca
961 aattttggca aggactatct tccaagcaaa gcaaatgtat atactacaaa gactaaaggc
1021 gctcaagaag ctcatgaagc tatacgccct acaaatttaa gttttactcc agaaattgcg
1081 gctaaatttt tagacaaaga tgagttaaaa ctttacacac ttatttacaa tcgcttttta
1141 gcctgtcaga tgagtcctgc tatctctcaa actcaaaatg tatttgtaaa aaatgataga
1201 gtagttttta aaataagcgg tagaaaaatc ctttttgatg gatattataa agtttatggt
1261 gatatggata aggataaaat tttgccaaat tttaaaatag gccaaaattt aaaagtgcaa
1321 aatttagaaa tgaactcaca ttttaccgaa ccaccttcaa ggtattcaga agcaggactt
1381 gtaaaaaaac ttgaaagttt aggcataggt cgcccttcta cttatgcacc aaccatttct
1441 atacttacaa gccgtgatta tgtaacaata gataaaaaac aactcattcc tagcgatgtt
1501 gcttttaatg taaccgaagt gcttgagaaa aattttagcg atatagtaga tagtaaattt
1561 acttcaaacc ttgaaaatac cctagatgaa atcgcagaag ataaggcaga ttggcaagaa
1621 actttaaaag aattttacta tccttttatg agaaaaatcg aagaaggaaa aacaaaaata
1681 gctagtcaaa aaactgtcac aaaactaggc gaaagttgtc ctgattgtgg cggagagctt
1741 gctattagaa aagggcgttt tggagaattt gtagcgtgtt taaatttccc aaaatgcaag
1801 tattcaagaa atttaaaaag tgaaagcaaa aacgaaagcg aaaatacagc cgcaaaagct
1861 aaagctaatg gtacaggcat tacttgtcca agttgtcaaa aaggtgaaat cgtagaacgc
1921 ttttcaaaac gtggtaaatt ttatggctgt agtgcttatc caaaatgcaa ttttataagc
1981 aaatacaaac caagtgaaga aaaatgcgaa gagtgtggcg aaactttagt gataaaagag
2041 cttaaaaaag gtacattctt agaatgttta aaatgtaaaa tcaaaaaaga aatgaaggat
2101 tag

et voici les amorces
CampytopA3: gcaccatatgaagaaaaatttaatc
CampytopA4: gcacctcgagctaatccttcatttct
mais j aipas trop compris pourquoi on a choisis celle la
-----

[Tibosax]

De toute évidence, on cherche à cloner une ORF entière en utilisant des sites NdeI en 5' et XhoI en 3'.

[Espada]

pour choisir les amorces il faut comprendre le mécanisme d'amplification PCR...

l'amorce sens est dans le sens 5'-3' elle est donc complémentaire du brin 3'-5' => alors c'est la meme sq que votre sq que tu vx sqcer 5'3'

pour l'amorce reverse c'est le complémentaire inversé de votre sq ( dernière sq ) : ex si t'as ACTA dans votre sq l'amorce reverse ça sera : TAGT

Bon courage