Calcul pourcentage d'inhibition

[Lipsy]

Bonjour tout le monde !

Je viens vers vous en désespoire de cause. Je fais des tests antibiotiques sur des bacteries et je ne sais pas si c'est mes bactéries qui ont une dent contre moi ou si je suis a coté de la plaque mais impossible d'appliquer le model mathématique de mon protocole à mes courbes.

J'explique rapidement mon protocole :

Sur microplaque je mesures l'absorbance (tubidité) de solutions bacteriennes en présence de différentes concentrations d'une substance à propriété antibiotique
Il a donc sur chaque plaque (6 réplicats) un témoin négatif (ma bacterie toute seule dans son LB), un témoin positif (gentamycine haute concentration) et ma substance en differentes concentration (avec pour chaque concentration un blanc sans bacteries). Je mesure sur spectro toute les 1/2h environs et fait une jolie courbe do en fonction du temps.

courbe5.png

A priori là comme ça (pour celles là du moins) je les trouve belles les courbes.

Ensuite je suis sencée faire une regression eponentielle sur les courbes de type y=ae^(µx) ou µ est mon taux de croissance puis je calcule le taux d'inhibition : 100-((µsubstance/µtemoin -)*100) et fais une courbe dose réponse %inhibition en fonction de la concentration.

Le problème c'est que mes taux de croissance calculés sont totalement bidon. Alors que visuellement y'a pas photo je me retrouve avec des µ substances plus grand que celui du témoin donnée5.png

J'ai essayé toute sorte de modeles mathématiques mais à part changer mon protocole je ne sais pas comment comparer mes courbes entre elles autre que visuellement.

helps please
-----

[Flyingbike]

Comment faites vous ces regressions ?

[Loupsio]

Je vois dans ton tableau, des valeurs qui sont négatives
une inhibition négative c'est une stimulation donc il doit y avoir une erreur dans les calculs, car une stimulation c'est pas possible vu es grpahiques

en plus dans tes témoins on voit bien que les valeurs montent avec l'antibio (65 avec antibio, et 0 sans antibio) donc plus tu inhibe plus tes valeurs sont haute dans le positif
or tes traitement tu est entre -24 et 1.5, et en plus ce n'est meme pas dans le bon ordre (7 qui se trouve entre 8 et 6, ce qui se retrouve aussi sur la courbe, possède absolument pas un % d'inhibition entre celui de 8 et celui de 6) je pense donc que tu as fait une erreur de calcul car sinon tes résultats seraient illogiques, mais ils le seraient tous de la meme facon (illogiques, mais cohérents entre eux) là ils sont illogiques et en plus, pas cohérents entre eux, donc vérifies bien que ce n'est pas un problème de calcul plutot que de méthode utilisé

[Lipsy]

J'ai fais une regression comme suis sur excel : INDEX(DROITEREG(LN(B2:K2);$B$1 :$K$1);1) où B2:K2 sont les données d'absorption(ici pour le témoin neg) et B1K1 les données de temps. Je ne pense pas qu'il y ai une erreur de calcul car quand j'ajoute une courbe de tendance exponentielle sur mes courbes j'obtiens bien le même µ on voit d'ailleur assez bien que les courbes de regression ont l'air à coté de la plaque. Est-ce que je n'ai pas mesuré assez longtemps ? Est-ce qu'il y a un autre moyen à partir de ces courbes de calculer le % d'inhibition ?

S'il y a des microbio comment vous evaluer un effet antibiotique sur microplaque ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Lipsy]

Je rajoute que si les valeurs du tableau précédent ne correspondent pas c'est que j'ai selectionné pour le graphique une plus grande plage de donnée.
Voila le tableau de calcul correspondant à la même plage de donnée que sur le graphe. Les µ sont bien les mêmes

[Loupsio]

on voit d'ailleur assez bien que les courbes de regression ont l'air à coté de la plaque

Ca c'est parce que tu utilise un modèle exponentiel, alors que tes courbes de suivi ne sont pas exponentiels
En gros, une croissance normalement c'est exponentiel, mais quelque chose ici a probablement dû interférer car si tu regardes ton control, on voit bien qu'il y a une phase de latence suivi d'une droite linéaire du 5-6ème point jusqu'au 11eme point , ce n'est pas exponentiel

Certes, ce n'est pas linéaire tout du long car tes bactéries sont plus lentes au début, mais ce n'est pas exponentiel non plus ,
on a plus l'impression qu'il s'agit du début d'une courbe sigmoide

PS,
Tes valeurs sont toujours pas cohérentes entres elle, à 6, tu as 10% alors que l'es valeurs qui l'encadrent tu as 1.3 et 1.6, la 6 decvrait donc se trouver entre 1.3 et 1.6 (ou alors 5 et 7 devraient etre plus grands et encadre la 6 avec 11 et 9 au lieu de 1.3 et 1.6) (d'ailleurs sur ton graphique, la courbe 6 se trouve bien entre les courbes 5 et 7)

pareil "1 a une plus grande valeur que "2.5" alors normalement c'est l'inverse, puisqu'augmenter les concentration augmente l'inhibition, (et tes courbes sont cohérentes par rapport a ca, la 1 est bien, moins inhibé que la 2.5)

[Flyingbike]

je m'aligne sur mon collègue Loupsio

Le modèle n'est pas le bon, du coup ça ne colle pas.

La croissance n'est exponentielle sur toute la longueur des courbes. Il faut (avis perso)

-soit changer de modele (polynomial mais peut être plus dur d'en extraire un temps de doublement)
-soit "borner" temporellement la modélisation exponentielle (en choisissant un intervalle de temps qui fit bien à ce modèle, et le même pour tous les échantillons)
-soit calculer un temps de doublement à la main (graphiquement par exemple)

Dans tous les cas je vous conseille de vous initier à Prism pour ce genre de manip, c'est bien plus cool et sympa que ce vieux résidu d'excel


Si vous voulez me passer quelques données brutes (temps, do, sur T+, T- et 1 ou 2 echantillons) je peux regarder ce que ca donne


ps : vos courbes de croissance sont vraiment très belles en dehors de ça..

[Lipsy]

Bonjour,

J'ai bien essayé de borner le fit mais quelques soit les plages choisies ça kouac toujours à un moment, la croissance est vraiment tout sauf exponentielle. Mais est-ce que c'est correct d'appliquer un autre model sur des courbes de croissances bactériennes ? Au niveau publication ça passerait ?
Je ne comprend vraiment pas pourquoi elles n'ont pas poussées de façon exponentielles. Elles font des courbes en droite sur tout mes tests et cela quelques soit la bactérie testées et malgré tout mes efforts pour ne pas les choquer (microplaques remises à températures, même milieu, souchier neuf...) C'est à devenir dingue .

C'est sur avec une régression polynomial même d'ordre 2 ça donne quelque chose de plus correct mais je ne sais pas ensuite comment en sortir un taux de croissance ou une autre donnée chiffrée à comparer pour calculer mes Ic50.
Je joins les données brutes associées aux courbes

IC50extrait5forum.xls

J'essayerai bien Prism comme conseillé par Flyingbike mais il ne fais pas partie des logiciels du labo et il est payant je crois (?). Si je ne trouve pas d'autre solution j'essayerai avec la version d'essais (juste un mois sic)

[Loupsio]

Mais est-ce que c'est correct d'appliquer un autre model sur des courbes de croissances bactériennes ? Au niveau publication ça passerait ?

La vraie question c'est "est-ce que c'est correct d'appliquer un modèle exponentiel sur quelque chose qui n'est pas exponentiel ?"
Tu cherches a modéliser leur comportement, sauf que ce n'est pas comme ca qu'elles se sont comportées visiblement.

J'essayerai bien Prism comme conseillé par Flyingbike mais il ne fais pas partie des logiciels du labo et il est payant je crois (?). Si je ne trouve pas d'autre solution j'essayerai avec la version d'essais (juste un mois sic)

Oui Prism c'est bidon prend R, ya que ca de vrai, en plus d'etre un vrai logiciel, c'est gratuit

je ne sais pas ensuite comment en sortir un taux de croissance ou une autre donnée chiffrée à comparer pour calculer mes Ic50.

A brule pour poing je dirai de calculer la pente de chaque courbe (a partir du début de la croissance linéaire), et de calculer la concentration de ton produit a laquelle on a un population P=1/2*(Pt) (le tout par rapport aux pentes)
avec Pt = Populationn du témoin

quelque chose dans ce gout là

[Flyingbike]

Oui Prism c'est bidon prend R, ya que ca de vrai, en plus d'etre un vrai logiciel, c'est gratuit

c'est pas bidon c'est "user friendly"


J'ai obtenu ça avec le "exponential growth" de prism
C'est pas si pire !
Data 1.pdf
Nonlin fit of Data 1.zip

[Loupsio]

C'est bizarre que vous trouviez pas la même chose, vous avez mis les même paramètre de fonction?
Pour des mêmes données deux logiciels devraient donner les mêmes courbes oO

[Flyingbike]

j'ai pas trop creusé, j'ai pris le préset exponential growth, qui est probablement fait pour ça puisqu'il inclut le calcul d'un "doubling time"

Personnellement je me méfie d'excel qui a tendance a se taper des trips tout seul (en plus d'etre profondément inergonomique et peu performant, probablement a cause du manque de maturité (ça fait que 30 ans que ça existe....))

[Lipsy]

En effet le résultat est assez fou ! J'ai vérifier la corrélation doubling time/concentration et on obtient une belle droite bien linéaire sauf le point à 10mg.mL qui couac un peu. Je suis baba !

J'avais effectivement songée à R mais ayant à peine été formée au soft en m2 (lointain) je me disais que j'aurais finis mon contrat avant d'avoir réussis à maitriser la bestiole.

Je crois que je vais effectivement essayer la version d'essais de Prism (une fois que j'aurais fais tout mes tests et que j'aurais toutes mes données brutes parce qu'un mois ça passe très vite)

Vraiment je suis bluffée

merci

[Loupsio]

t'as supprimé des points sur ton graphique, Flying les a laissés, sauf qu'ils sont pris en compte dans la formation du modèle, essaye avec excel en prenant en compte tous les points
Car archaÏque ou pas, les calculs mathématiques doivent être les mêmes pour un meme jeu de donnée sur un logiciel ou un autre, mais visiblement vous avez pas le même jeu de donnée, ca doit jouer sur le modèle renvoyé (et effectivement il faudrait les garder)