Pdb 2hyy

[-yakari-]

Salut à tous!

Dans le cadre d'un exercice important, je dois trouver des informations sur une page PDB notamment.
Après avoir tapé 2HYY (code de Human Abl kinase domain in complex with imatinib (STI571, Glivec) sur la page d'entrée, il y a cette question :

La structure de la protéine a-t-elle été obtenue pour l’ensemble de la séquence ou pour un domaine particulier de la protéine ?

https://www.rcsb.org/structure/2HYY

J'ai lu l'abstract qui m'a semblé clair. Mais dans la partie "Macromolecules", il y a une représentation dont j'ai du mal à saisir toutes les significations. Quelqu'un pourrait il m'aider car j'ai compris que je trouverai la réponse à cette question dans ce graphique. De même, pour la partie Small Molecules, quelles infos sont disponibles? Je vois bien que c'est le ligand (imatinib = inhibiteur mais pour le reste...)
Si quelqu'un maitrise la PDB ce serait parfait pour m'expliquer les différentes caractéristiques de ces 2 sections (macromolecules et small molecules)!

De plus on lit : "Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1"
A t'on à faire à 1 gène ou à l'enzyme...?! C'est encore un peu flou pour moi.

Ensuite on me pose 1 question sur l'imatinib. Je répond que c'est l'inhibiteur...etc

Enfin, il est demandé de cliquer en haut sur "3D View". On ouvre un fichier NGL et dans les options en sélectionnant assembly unit ou quelque chose du genre puis color by chain on remarque 4 chaines et on me demande si il s'agit de la même protéine pour les 4. Je réponds oui.

Donc si vous pouviez confirmez ou infirmez mes réponses et me donnez plus amples explications sur les points qui me posent problème, je vous remercie beaucoup!
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[Flyingbike]

On a bien la structure d'un domaine de la protéine, dont l'ensemble des domaines sont représentés dans la ligne "motif"
Celui qui est représenté est 2HYY, en bleu, qui correspond au domaine kinase puisqu'ils est aligné

Le "proto oncogène" vient probablement du fait que cette protéine est issue d'un proto oncogène, et que par extension on désigne aussi la protéine de cette façon, mais on a bien à faire a une protéine

Par contre j'ai du mal a comprendre à quoi correspondent A, B, C et D

Dans "Color by chain", on a bien q'une seule chaine

[vpharmaco]

Ce sur quoi tu as cliqué, c'est "asymmetric unit". C'est l'unité cristallographique qui se répète dans les 3 dimensions de l'espace pour former le cristal.
On peut voir ici que cette unité cristallographique contient 4 complexes protéines-ligand qui sont orientées dans des directions différentes. Dans certains cristaux, on aura un seul complexe par unité cristallo, dans d'autres plusieurs. Ce n'est pas prédictible.
Il est parfois interessant de regarder chacun des complexes dans l'unité cristallo car l'orientation des résidus de la protéine ou du ligand peuvent changer (très légèrement!) d'un complexe à l'autre.

[-yakari-]

SAlut et merci mais à moins d'avoir mal compris l'enseignant il s'agit de la protéine entière...o_o
A B C D correspondent aux 4 chaines protéiques et sont identiques.
Dans "Color by chain", on a 4 chaines (les mêmes).
Du coup tes réponses me déroutent :/

[A voir en vidéo sur Futura]

[-yakari-]

Merci @vpharmaco. C'est bien assymmetric unit oui

[-yakari-]

On a bien la structure d'un domaine de la protéine, dont l'ensemble des domaines sont représentés dans la ligne "motif"
Celui qui est représenté est 2HYY, en bleu, qui correspond au domaine kinase puisqu'ils est aligné

Le "proto oncogène" vient probablement du fait que cette protéine est issue d'un proto oncogène, et que par extension on désigne aussi la protéine de cette façon, mais on a bien à faire a une protéine

Par contre j'ai du mal a comprendre à quoi correspondent A, B, C et D

Dans "Color by chain", on a bien q'une seule chaine

Je viens de comprendre ton explication concernant les domaines. Merci beaucoup!
En revanche, je ne saisis pas le sens de ta dernière phrase...