Analyse protéine en SDS-PAGE

[k4w4i]

Voici l'énoncé:
Après purification, une protéine est analysée en SDS-PAGE:
Puit 1: marqueur de poids moléculaire,
Puit 2: protéine purifiée selon un premier protocole expérimental,
Puit 3: Protéine purifiée selon un protocole expérimental alternatif,
Puit 4: Protéine purifiée selon le premier protocole expérimental puis traîtée par une glycosidase (enzyme qui hydrolyse les chaînes oligosaccharidiques).

a) Déterminez le poids moléculaire des protéines des puits 2, 3 et 4.
Bon, ça je l'ai fait, j'ai:
puit 2 et 3: 45kDa et puit 4: 35kDa

b) Que pouvez-vous conclure de la comparaison des puits 2 et 3?
Alors, c'est là que ça me pose problème, la comparaison est simple, même poids moléculaire mais le trait du puit 3 est plus épais que tous les autres (y compris des marqueurs de PM), mais je ne sais qu'en conclure, une petite aide là-dessus serait la bienvenue!

c) Que pouvez-vous déduire de la migration observée dans le puits 4?
En gros j'ai dit que la protéine avait perdu des sucres à cause de l'enzyme et j'ai conclu que c'était une glycoprotéine. Je pense que c'est ça, mais je ne serais pas contre un autre avis pour être sûre, mais c'est surtout pour la question 2 que j'aurais besoin d'aide!

En attendant, merci à tous!

[Zellus]

Bonsoir et bienvenue sur le forum !

b) Que pouvez-vous conclure de la comparaison des puits 2 et 3?
Alors, c'est là que ça me pose problème, la comparaison est simple, même poids moléculaire mais le trait du puit 3 est plus épais que tous les autres (y compris des marqueurs de PM), mais je ne sais qu'en conclure, une petite aide là-dessus serait la bienvenue!

Une bande plus épaisse signifie qu'il y a plus de protéines et donc ...

c) Que pouvez-vous déduire de la migration observée dans le puits 4?
En gros j'ai dit que la protéine avait perdu des sucres à cause de l'enzyme et j'ai conclu que c'était une glycoprotéine. Je pense que c'est ça, mais je ne serais pas contre un autre avis pour être sûre, mais c'est surtout pour la question 2 que j'aurais besoin d'aide!

Ok pour ça.

[k4w4i]

Une bande plus épaisse signifie qu'il y a plus de protéines et donc ...

Oui, ça je le sais, mais étant donné que l'autre n'a qu'un trait, j'avoue que j'ai du mal à capter... La première aurait-elle été dégradée ou quelque chose comme ça?

[Zellus]

C'est juste que le deuxième protocole est meilleur si tu as juste une bande plus épaisse. Il n'y a pas d'autres différences si j'ai bien compris c'est ça ?

[k4w4i]

Non, il n'y a pas d'autre différence.

[Zellus]

Ben alors y a rien d'autre à conclure.

[k4w4i]

J't'avoue que j'ai un peu du mal à comprendre le pourquoi

[Zellus]

Quand tu purifies une protéine, ton objectif est généralement d'en avoir le plus possible. Or là, d'après ce que tu as dit, il y a plus de protéine au final avec le deuxième protocole (puits 3) qu'avec le premier (puits 2). Car après tout c'est tout ce qu'on sait : il y a juste cette différence de protocole entre les puits 2 et 3.
Euh, quand tu dis ça :

Oui, ça je le sais, mais étant donné que l'autre n'a qu'un trait, j'avoue que j'ai du mal à capter

Qu'est-ce que tu appelles l'autre ? Il y a bien qu'une seule bande à 45 kDa dans les puits 2 et 3 on est d'accord ?
Donc si on retrouve la même taille c'est qu'il n'y a pas eu dégradation de ta protéine. On voit juste qu'il y a un meilleur rendement avec le deuxième protocole, peut-être parce qu'ils ont utilisé une technique chromatographique différente du premier.

[k4w4i]

Ok, je crois avoir capté le raisonnement, merci beaucoup pour ton aide!