Bonjour à tous,

Après moultes recherches, j'espère trouver de l'aide ici. J'aimerai de l'aide quand à l'analyses de données sous Rstudio.
Mon objectif final est de savoir si selon différents habitats, on retrouve des communautés en espèces (animales ou végétales) différentes. Dans ce cadre, je dois analyser des données qui ont été récoltées sur 3 ans : relevés faunistique et floristique sur des placettes, présentes sur différents habitats.

Si l'on se concentre sur les données végétales.
Dans un premier temps, j'ai converti mes données pour obtenir un tableau placette (ligne) * taxon (colonne)
- Avec l'abondance (exprimés de 1 à 4) de chaque taxon sur chaque placette = 85 espèces * 206 taxons. Le premier problème que je rencontre est que je me retrouve avec un tableau contenant beaucoup de 0, dû au nombre élevé d'espèces différentes.

J'ai tenté des ACP dans un premier temps mais pour chaque analyse, je me retrouve avec l'axe 1 qui ne porte que 6% de l'inertie et le deuxième 4% environ, ce qui diminue ensuite. Même si l'ACP montre des nuages différents selon certains habitats, je doute de la pertinence de ces résultats. Même problème en convertissant mes données en présence absence (valeurs 0 et 1) et en effectuant une AFC. J'ajoute que mon soucis est identique pour mon tableau araignées de 89 placettes comportant 168 taxons.

Je voulais donc savoir si je m'y prends mal, s'il existait d'autres analyses possibles pour ce type de données (même si j'ai déjà pas mal regardé la bibliographie) ou s'il serait de toute manière difficile d'analyser ces données ?
Si certains points ne sont pas claires, n'hésitez pas à me le signaler. En vous remerciant d'avance.

Bonne soirée
stat25