Optimisation script matlab

[raphael222]

Bonjour!
J'ai écrit un programme Matlab que j'ai ensuite cherché à optimiser, mais le temps d'exécution du script "améliorer" est supérieur à celui du script initial
Le script permet de modéliser l'évolution des fréquences des allèles (un variant d'un gène) dans une population, en fonction des générations.
Le script est un tirage aléatoire de N allèles (génération t+1) dans un ensemble de N d'allèle (génération t), suivant une loi binomiale.
Le code initial est ici :

T=input('nombre de générations ');
Na=zeros(1,T);
Pa=zeros(1,T);
%Préallocation de mémoire, pour éviter l'allocation dynamique (création d'une nouvelle colonne à chaque génération)
%Na et Pa représente respectivement le nombre d'allèles a dans la population et la fréquence de cet allèle
N=input('taille de la population d''allèle ');
Pa(1)=input('proportion de l''allèle considérée ');
Na(1)=Pa(1)*N;
for j=2:T
    if (Pa(j-1)~=0)&&(Pa(j-1)~=1)
        for i=1:N
            if rand*N<Na(j-1)
                Na(j)=Na(j)+1;
            end
        end
        Pa(j)=Na(j)/N;
        
    end
    if Pa(j-1)==0
        Pa(j)=0;
    end
    if Pa(j-1)==1
        Pa(j)=1;
    end
end

Ce qui est intéressant pour la modélisation, c'est la fréquence Pa. Le fait de garder en mémoire Na sous forme d'une matrice est donc inutile. De plus, on peut remplacer rand*N<Na(j-1) par rand<Pa(j-1) puisque Pa=Na/N
Le script modifié est donc :

T=input('nombre de générations ');
Pa=zeros(1,T);
N=input('taille de la population d''allèle ');
Pa(1)=input('proportion de l''allèle considérée ');
for j=2:T
    Na=0;
    if (Pa(j-1)~=0)&&(Pa(j-1)~=1)
        for i=1:N
            if rand<Pa(j-1)
                Na=Na+1;
            end
        end
        Pa(j)=Na/N;
    end
    if Pa(j-1)==0
        Pa(j)=0;
    end
    if Pa(j-1)==1
        Pa(j)=1;
    end
end

Pour une simulation sur 500 générations, avec 50 000 allèles, et Pa=0,5; on obtient 25 s pour le 2nd script, et 16s pour le 1er
Voilà donc si vous aviez une idée expliquant ça
Et toutes remarques ou conseils pour optimiser le script sont les bienvenus
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[invite4492c379]

Hello,

par curiosité, 16s et 25s sont des temps moyens, tu n'as pas juste chronométré un essai pour chaque ?

[raphael222]

Non, j'ai relancé le script plusieurs fois et les temps étaient les même, ce qui est logique vu les valeurs que prennent les variable (pas de pa=0 ou pa=1 sur 50 générations et 50 000 allèles, ce qui rendrait le script plus rapide pour les générations restantes).

[raphael222]

Et je viens de me rendre compte de mon erreur , le profiler qui permet de connaître le temps d'exécution d'un script inclut la phase d'entrée des variables.
En utilisant une autre fonction de comptage du temps, le 2nd script est en effet plus rapide que le 1er.
j'ai juste été un peu lent à taper les variable

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite4492c379]

Donc tout va pour le mieux dans le meilleur des mondes