Genes dans l'ADN

[invite48016789]

Bonjour, je ne sais pas si ce sujet à déjà été traité sur le forum, si oui dites le moi SVP.

Comment les scientifiques font pour trouver le gène, disons, de l'hémoglobine dans la chaîne de l'ADN
Ensuite, toujours dans les transformations génétiques, je me demandais dans quoi baignent les plasmides et les bouts de gènes? Car, je suis en train d'apprendre dans mes cours que le gène (disont l'hémoglobine) et les plasmides doivent baigner dans un certains liquide pour qu'il se fusionnent.
Merci à l'avance

Corbeau
-----

[invite455a9ce9]

Quand on cherche un gène sans presque rien connaître de lui c'est très long et très aléatoire. En revanche pour un gène qui est connu au moins chez des organismes proches, une rapide recherche dans les bases de données publiques permet de déterminer des morceaux de séquences conservés entre les différentes espèces. Ces séquences peuvent servir à retrouver le gène dans le génome. Le plus rapide c'est d'utiliser une RT-PCR à partir d'un homogénat de tissu qui l'exprime en protéine. On obtient alors un fragment de gène qui peut s'exprimer même chez une bactérie.
Pour le fameu x liquide des plasmides, c'est le cytoplasme, et en tube c'est simplement de l'eau pure temponnées.

[invite48016789]

Le plus rapide c'est d'utiliser une RT-PCR à partir d'un homogénat de tissu qui l'exprime en protéine.

Est-ce que tu peux m'expliquer s'il te plaît... je ne suis malheureusement pas très caler en biologie. Je ne sais pas ce qu'est une RT-PCR et un homogénat. Merci d'avance !

Corbeau

[invite00c54f94]

bonjour,
qu'entends tu par "trouver"? est ce découvrir ou repérer sur le chromosome?
si c'est au sens découvrir : on travaille essentiellement sur l'étude de transmissions d'anomalies dans une famille (ou un population). En combinant les observations sur plusieurs gènes, on peut arriver à déterminer la localisation globale du gène (en gros, on applique des règles staistiques qui permettent de déterminer si ce gène est transmis par le même chromosome qu'un gène de référence qu'on connait)

si c'est au sens "repérer" : on peut affiner le travail ci dessus en s'appuyant sur les pourcentages de recombinaison entre le gène étudié et des gènes de référence. La localisation est statistique : plus le % de recombinaison avec un gène (de référence) est important, plus le gène à localiser est "loin" de ce gène de référence.
ça, c'est la technique historique.
on peut aussi utiliser - lorsqu'on connait le gène à "trouver" - un court fragment de ce gène (repérable grace à un marqueur radioactif) que l'on fait incuber avec l'ADN total de l'individu chez qui on cherche le gène. ce fragment, appelé "sonde", se fixera de façon spécifique au gène à "repérer" et le révèlera grace à son marquage radioactif.
je ne suis pas sur d'avoir été très clair...n'hésite pas pour des précisions
@+

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite48016789]

Ce que je veux dire s'est le repérer dans la chaîne d'ADN
Seulement, lorsqu'on ne connait pas le gène à trouver, comment procéder ? Je reste avec mon exemple d'hémoglobine. Comment, au début de leurs recherches, les scientifiques ont-ils réussis à repérer ce gène ? Parce que se dont tu me parle s'est surtout du repérage face à un gène déjà trouvé... Seulement il à bien fallu qu'il le repère avant ce fameux gène !

Corbeau

[Yoyo]

Bonsoir,

Tu purifies la protéine, facile avec l'hémoglobine vu son abondance!
Ensuite, tu la sequence pour en determiner l'agencement en acide aminés.
A partir de la tu en déduis une sequence theorique dégénérée de l'ADN (dégénérée car a un acide aminé peut correspondre plusieurs codons).
ensuite grace a des sondes ou des amorces tu peux tenter de reperer le gene dans une banque ou sur de l'ADN genomique (voir ADNc pour les eucaryotes sup).

Yoyo

[kinette]

Bonjour,
Lorsqu'on ne sait absolument pas où est situé un gène associé à une maladie, par exemple, qu'on n'a aucune idée des protéines intervenant dans le problème... il faut alors jouer au détective, pour tenter de localiser sur quel chromosome se trouve le gène responsable. On procède à ce moment-là par une analyse génétique de familles: on essaie d'avoir les arbres généalogiques des personnes atteintes, et de voir comment le gène s'est transmis d'une génération à l'autre (voir si le gène suit le transfert d'un chromosome donné, si on a accès au matériel génétique des personnes, ou s'il est lié à d'autres caractères, c'est-à-dire s'il est transmis en même temps que des caractères, ce qui signifie qu'il est proche sur le chromosome).
Grâce à de telles analyses, souvent longues et hasardeuses, on peut arriver à déterminer une zone sur un chromosome où le gène qu'on recherche est situé. Sur cette zone on pourra alors rechercher quels gènes sont présents, et lesquels sont susceptibles d'être celui qu'on recherche. Et pour les gènes "candidats", on pourra rechercher chez les personnes présentant la maladie (ou un caractère différent...) si on observe effectivement des mutations, des différences d'expression...
Ceci explique pourquoi pour les maladies génétiques rares (aussi appelées orphélines) on essaye de recenser le maximum de cas dans le monde, et on fait des banques d'ADN.
(A noter que pour les animaux/plantes... la façon de procéder est prohe, mais on peut contrôler les croisements et le nombre de descendants... ce qui évidemment facilite la recherche).

Dans certains cas, on sais déjà quel est la protéine qui pose problème. Là c'est beaucoup plus simple (normalement): on peut utiliser la séquence de cette protéine pour récupérer le gène correspondant. On utilise le code génétique pour reconstituer la séquence d'ADN codante du gène ; comme pour un acide aminé on a en fait souvent plusieurs solutions, on va utiliser un mélange des différentes combinaisons possibles. On va ainsi fabriquer des "amorces dégénérées", morceaux d'ADN qui pourront aller se fixer sur l'ADN à l'endroit du gène qu'on recherche (car complémentaires).

Dans d'autres cas on sait déjà à quoi doit ressembler la séquence du gène qu'on cherche, car elle ressemble à celle d'une autre espèce. Dans ce cas, on utilise aussi des sondes...


En ce qui concerne la position des premiers gènes qu'on a localisés: la détermination de l'association avec un chromosome donné a pu être réalisée grâce à l'observation de mutations ou recombinaisons chromosomiques (détectables au microscope) et associées à des troubles d'expression du gène ou à la transmission du caractère. Ensuite les analyses de recombinaison entre gènes ont permis de localiser les gènes les uns par rapport aux autres. Les techniques de séquençage ont ensuite permis de préciser beaucoup plus les "cartes des gènes"...

K.

[invite48016789]

Merci beaucoup à tous !

Corbeau

[kinette]

Bonjour,
Je viens de trouver un document bien fait sur comment localiser un gène:
http://www.urofrance.org/BaseUrofran...0-00100742.PDF
ça m'a l'air relativement clair, tout en abordant des détails de techniques dont on n'a pas parlé ici.

K.

[invite48016789]

Merci Kinette

Et denda, je vient de me rendre compte qu'on s'est mal compris au niveau du liquide. Je m'explique. Lorsqu'on fait une manipulation génétique avec base des bactéries, on prend un bout de gène de sur un chromosome que l'on sectionne à l'aide d'enzymes de restrictions. Ensuite on prend un plasmide (qui se trouve effectivement dans le cytoplasme ) et toujours à l'aide des enzymes de restrictions, on ouvre le plasmide de sorte qu'au lieu d'avoir une forme plus ou moins ronde il a maintenant la forme d'un C . Par la suite on met le bout de gène que l'ont a sectionnée plus tôt et le plasmide dans une sorte de liquide. Au bout d'un certain temps quelques plasmides et et gènes auront fusionné. Donc je me demandais dans quel liquide baignent les plasmides sectionnés et les bouts de gènes ? J'espère avoir été un peu plus claire...

Corbeau

[Yoyo]

Dans l'eau et quelques sels.

Yoyo

[invite48016789]

Et bien, s'est pas trop compliqué ! Merci beaucoup.

Corbeau