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microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

  1. pysenlit

    Date d'inscription
    septembre 2005
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    evry (91)
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    microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    Bonjour à tous,

    Voilà, je n'ai jamais suivi de cours de bio depuis le lycée, et mon prof me demande de faire une carte de restriction sans m'expliquer ce qu'était le phénomène : une digestion de restriction, un adn plasmidique circulaire, bref j'ai dû mal à me représenter de quoi il s'agit ...

    J'espère que vous pourrez m'aider à comprendre, et la méthode à suivre pour réaliser une carte de restriction.
    (si quelqu'un avait un semblant de cours...)

    Merci de votre aide


     


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  2. Akïn

    Date d'inscription
    août 2006
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    Marseille
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    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    Bonjour,

    Est il possible d'avoir un scan du plasmide pour lequel tu dois faire cette carte ??? Qu'on y voit un peu plus clair =)
     

  3. pysenlit

    Date d'inscription
    septembre 2005
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    evry (91)
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    102

    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    je suis désolée en ce moment je suis dans ma chambre étudiante donc petit moyen... mais on peut s'inspirer de l'exo ici http://pedagogie.ac-montpellier.fr/D..._tp/carte9.htm
    mais il n'y a pas un raisonnement type, je commence à croire que savoir faire des carte de restriction relève du miracle ou d'un talent particulier...
     

  4. Akïn

    Date d'inscription
    août 2006
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    Marseille
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    428

    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    prends ton plasmide et effectue des digestions avec une enzyme de restriction particulière (eco R1 par exemple) ensuite fait ton gel et fait migrer ton produit de digestions.

    Sur un coté de ton gel, fait migrer un marqueurs de taille pour savoir quelle est la taille de chaque fragment (attention, tu risque d'avoir un fragment tres grand qui est ton fragment non digéré)

    procede ensuite avec une autre enzyme: même principe

    Troisième digestion avec les deux enzymes (utilisés avant) ensemble.

    Là, tu pourras croiser les résultats obtenus pour savoir quel enzyme coupe où.

    C'est un travail de "fonctionnement de méninges" plus qu'autre chose en fait.

    J'espère avoir été asez clair (pas trop le temps d'approfondir tout de suite)

    Pose des questions s'il y a des points que tu ne comprends pas
     

  5. Annaick_R

    Date d'inscription
    octobre 2005
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    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    Citation Envoyé par pysenlit
    Bonjour à tous,

    Voilà, je n'ai jamais suivi de cours de bio depuis le lycée, et mon prof me demande de faire une carte de restriction sans m'expliquer ce qu'était le phénomène : une digestion de restriction, un adn plasmidique circulaire, bref j'ai dû mal à me représenter de quoi il s'agit ...

    J'espère que vous pourrez m'aider à comprendre, et la méthode à suivre pour réaliser une carte de restriction.
    (si quelqu'un avait un semblant de cours...)

    Merci de votre aide
    adn plasmidique circulaire : c'est une molécule d'ADN circulaire (comme un collier de perles, quoi)
    digestion de restriction : certaines protéines sont capables de couper l'ADN à des endroits bien précis (par exemple : gaa|ttc). Ce sont les enzymes de restriction. Dès que l'enzyme trouve son site, elle coupe l'ADN comme tu couperais un bout de ficelle avec un ciseau.
    Pendant une digestion de restriction, l'ADN est coupé par la (ou les) enzyme(s) à tous les sites possibles.

    Maintenant la méthode : elle est basée sur la taille des fragments de restriction, c'est-à-dire sur la taille des morceaux d'ADN obtenus après digestion
    Comme ton plasmide est circulaire, si tu obtiens après digestion :
    - 1 fragment de la taille totale du plasmide, l'enzyme que tu as utilisée pour la digestion coupe à un seul endroit
    - 2 fragments, il y a 2 sites de coupure par l'enzyme utilisée
    - 3 fragments, 3 sites

    La somme des tailles des fragments obtenus doit donner la taille du plasmide initial. Si ce n'est pas le cas, il faut penser à des sites qui donnent des fragments différents mais de même taille. Par exemple, si tu obtiens 1 seul fragment dont la taille est la moitié de la taille du plasmide, ça veut dire que l'enzyme a coupé 2 fois pile-poil au milieu (les sites sont à "six heures" et "midi").

    Après c'est une technique de reconstruction mathématique en s'aidant d'un dessin. Exemple :
    taille totale = 120 pb (comme ça je peux faire comme sur une montre : 20pb =10min)
    enzyme 1 = 80 pb + 40pb
    enzyme 2 = 120 pb
    enzyme 1 + 2 = 50 bp + 40 bp + 30 pb

    Tu dessines un rond et tu places les sites E1 (enzyme 1) : un à 0h, et l'autre à 4h. Ainsi, tu définis arbitrairement un fragment de 40 pb (0h-4h) et un fragment de 80 pb (4h-0h).
    Le résultat de la digestion avec l'enzyme 2 t'indique qu'elle coupe le plasmide 1 fois mais tu ne peux pas placer son site par rapport aux sites E1.
    La 3e digestion qui combine les 2, te permets de le faire : d'après les tailles, c'est le grand fragments de E1 qui est coupé en 2 (50 + 30 = 80), il y a donc 2 possibilité de placer le site E2 : soit à "9h", soit à "7h".

    Voilà, j'espère que ça t'aidera.

    Annaïck.
     


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  6. eurabruce

    Date d'inscription
    octobre 2006
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    17

    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    l'adn plasmidique est un ADN extrachromosomique se trouve chez les bacterie(exp:E.coli) et responsable de la resistances des bacteries a des antibiotique.
    Generalement les bacteries synthetise des enzymes de defence:ENZYMES DE RESTRICTION qui degrade tout ADN etranger.ces enzymes sont utilisé dans le clonage dans la coupure de l'adn plasmidique pour inséré un fragement d'adn
     

  7. pysenlit

    Date d'inscription
    septembre 2005
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    Question Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    Merci à tous pour vos explications, j'ai essayé de comprendre et voici ce que j'ai fait. Pouvez-vous me dire si je suis sur la bonne voie ?
    Par contre, le fichier "problème" présente une autre carte de restriction qui me parait encore moins accessible, pouvez-vous m'orienter ?

    J'essaie vraiment de comprendre meme si c'est tout nouveau pour moi étant donné que j'ai qu'une base de chimiste !

    merci encore pour votre aide
    Images attachées
     

  8. pysenlit

    Date d'inscription
    septembre 2005
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    27
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    102

    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    personne pour me corriger ?
     

  9. pysenlit

    Date d'inscription
    septembre 2005
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    Exclamation Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    merci Annaick pour ton exemple, avec ce genre d'exo quand on a l'explication et la solution ça parait toujours simple... mais appliquer à l'exo du fichier "sujet" j'ai un peu de mal : j'arrive à "emboiter" chaque fragment dans un mais pas 800 dans 1000 dans 1100 et dans 1200 ...
     

  10. pysenlit

    Date d'inscription
    septembre 2005
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    27
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    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    bon ben tant pis ...
     

  11. galloux

    Date d'inscription
    octobre 2006
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    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    coucou pysenlit !! ne te décourage pas ! la première fois que j'ai eu à faire des cartes de restriction, j'ai cru que je n'y arriverai jamais ! peu de persévérence!!!( ce n'est pas du tout compliqué) ^^

    bref, je veux bien te donner un coup de main d'apres les liens que tu as mis de tes exo, parcontre si tu avais un mail ca serait plus sympa. je pourrais egalement t'envoyer les cartes de restcition !
    bizz
     

  12. galloux

    Date d'inscription
    octobre 2006
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    33
    Messages
    4

    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    ps: je te conseillerai plutot de faire une carte de restriction linéaire afin de bien juxtaposer les fragments qui ont été coupés ou non dans la double digestion.
    de ce fait, tu verras mieux comment s'agencent tes fragments et tu pourras mieux jongler avec afin de bien les placer.
     

  13. Annaick_R

    Date d'inscription
    octobre 2005
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    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    Citation Envoyé par pysenlit Voir le message
    merci Annaick pour ton exemple, avec ce genre d'exo quand on a l'explication et la solution ça parait toujours simple... mais appliquer à l'exo du fichier "sujet" j'ai un peu de mal : j'arrive à "emboiter" chaque fragment dans un mais pas 800 dans 1000 dans 1100 et dans 1200 ...
    Vite fait, car j'ai pas eu le temps de beaucoup réfléchir :
    la digestion par Sma I donne 4 fragments qui forment la carte en entier. Donc la taille totale de la carte c'est au moins : 1200 + 1100 + 1000 + 800 = 4100 pb
    la digestion par Xho I donne : 2800 + 800 + 300 + 200 = 4100 pb.

    première conclusion : chaque fragment est présent en 1 seul exemplaire, pas de "piège" de type 2 fragments de la même taille.

    Donc tu as 4 bouts avec Sma I que tu peux arranger dans l'ordre que tu veux et 4 bouts avec Xhoa I que tu peux arranger aussi dans l'ordre que tu veux.

    Dessine toutes les possiblités, en ligne dans un 1er temps, comme l'a proposé galloux, c'est plus simple pour réfléchir.

    Ensuite, les doubles digestions vont justement tu permettre de trouver dans quel ordre les fragments s'organisent.

    J'essaye de finir ma réponse demain.

    Annaïck.
     

  14. Annaick_R

    Date d'inscription
    octobre 2005
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    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    Bonjour,

    j'ai fait l'exercice : ce n'est pas le plus évident pour commencer...

    1) faire la liste des fragments possibles:

    S = site Sma I
    X = site Xho I

    S-1200-S = S-500-X-400-X-300-S ou S-500-X-300-X-400-S ou S-300-X-500-X-400-S (et leurs images inversées dans un miroir)
    S-1100-S = S-600-X-300-X-200-S ou S-600-X-200-X-300-S ou S-200-X-600-X-300-S (et leurs images inversées dans un miroir)
    S-1000-S = pas de site Xho I dedans
    S-800-S = pas de site Xho I dedans

    X-2800-X = X-1000-S-800-S-600-S-400-X ou X-1000-S-800-S-400-S-600-X ou X-1000-S-600-S-400-S-800-X ou plein d'autres encore, pour l'instant on ne cherche pas toutes les solutions pour celui-là (trop long)
    X-800-X = X-300-S-500-X ou l'inverse (X-500-S-300-X)
    X-300-X = pas de site Sma I dedans
    X-200-X = pas de site Sma I dedans

    2) Commencer par les plus petits bout tous seuls :
    S-1000-S, S-800-S, X-300-X et X-200-X

    Comme ils ne sont pas recoupés dans la 2e digestion, c'est qu'ils font partie d'un fragment plus grand et qu'ils sont au milieu. sinon, ils auraient une extrémité X et une extrémité S.
    Les 2 fragments S- -S vont dans un grand fragment X-.....-X.
    Or le grand fragment de 2800 pb obtenu avec Xho I donne un fragment de 1000 pb et un autre de 800 pb :ce sont nos 2 fragments S-1000-S et S-800-S.
    On a donc plus que 2 solutions :
    X-2800-X = X-600-S-800-S-1000-S-400-X ou X-600-S-1000-S-800-S-400-X

    Les 2 fragments X- -X vont dans un grand fragment S-.....-S. Le petit de 200 pb ne peut aller que dans le fragment de 1100 pb.
    Donc on a pour ce fragment la possibilité :
    S-1100-S = S-600-X-200-X-300-S (ou S-300-X-200-X-600-S)
    Le fragment X-300-X pourrait a priori faire partie des fragments de S-1100 pb-S ou de S-1200 pb-S. Mais on vient de voir que le fragment de 300 pb du fragment S-1100-S est a une des extrémités donc il est X-300-S. Donc le fragment X-300-X fait partie du grand fragment S-1200-S.
    Ce qui nous donne pour ce fragment la possibilité :
    S-1200-S = S-500-X-300-X-400-S (ou S-400-X-300-X-500-S image inversée dans un miroir)

    3) Bilan des fragments possible et essai de les faire se chevaucher pour dessiner la carte finale :

    S-500-X-300-X-400-S
    S-600-X-200-X-300-S
    X-600-S-800-S-1000-S-400-X ou X-600-S-1000-S-800-S-400-X
    X-300-S-500-X

    On repart du plus petit : X-300-S-500-X (ou X-500-S-300-X et on cherche quels fragments ont une extrémité X-300-S ou X-500-S

    X-300-S : le fameux fragment de S-1100-S = S-600-X-200-X-300-S qu'on a éliminé tout à l'heure.
    S-500-X : le fragment S-1200-S = S-500-X-300-X-400-S

    S-600-X-200-X-300-S
    X-300-S-500-X
    S-500-X-300-X-400-S
    ce qui nous donne un super-fragment :
    S-600-X-200-X-300-S-500-X-300-X-400-S

    et maintenant, il suffit de comparer les extrémités de ce super fragment avec celles du dernier fragment pas encore placé : X-600-S-800-S-1000-S-400-X ou X-600-S-1000-S-800-S-400-X

    Je te laisse finir toute seule maintenant.

    Annaïck.
     

  15. AurelienSTE

    Date d'inscription
    mai 2012
    Localisation
    Pont-à-Mousson
    Messages
    111

    Re : microbiologie - CARTE DE RESTRICTION

    Bonjour à tous,

    J'espère pysenlit que tu as réussi à solutionner ton exercice: moi je suis confronté à un devoir maison à faire avec une carte de restriction . Sauf qu'à aucun moment ce "truc" n'est abordé dans le cour qui ne concerne que la réplication et rien d'autre. Donc exercice hors cour (est ce voulu de la part de l'enseigant pour nous forcer à faire des recherches sur un sujet non-abordé ???)

    Sauriez vous m'expliquer ce que c'est déjà, et à quoi ça sert , comment le résoudre....

    Merci beaucoup !
    Dernière modification par AurelienSTE ; 29/03/2013 à 15h36.
     


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