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Les questions fondamentales en biologie

  1. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    317

    Les questions fondamentales en biologie

    Bonjour. Cette discussion se veut en annexe de la précédente. Elle est inspirée de l'article sur l'avenir de la biologie paru dans la Recherche de juin 2004. Voici quelques lignes introductives qui concernent mon approche. Mais le thème de la discussion porte bel et bien sur les problèmes fondamentaux non pas à résoudre, car ce serait aller vite en besogne, mais au moins à poser.


    Les hypothèses de base pour élaborer une théorie de la Vie

    Je ne sais pas s’il sera possible un jour d’avoir une compréhension exacte de la Vie mais une chose me paraît sûre, la nécessité d’adopter une démarche transversales et de plus, de développer plusieurs points de vue. Mon parcours intellectuel très atypique m’autorise ce genre de positionnement. Reste à bien gérer pour ne pas taper à côté du réel. J’ai en fait attaqué ce problème à trois reprises. (1) Il y a quinze ans, à partir de la théorie des système combinée à un examen des données de la biologie analytique. Ainsi fut élaboré un modèle ondulatoire ou plus précisément, basé sur la dynamique, la topologie et la rencontre de flux d’informations. La logique des réseaux est venue se greffer à cette théorisation. Ensuite, la nécessité d’introduire des entités méta-biologiques s’est faite jour. (2) Il y a cinq ans, j’ai esquissé une approche critique du matérialisme contemporain et des conceptions mécanistes. Une double approche critique et ontophysique permet d’ouvrir une perspective nouvelle, basée sur l’hypothèse des champs multiples et notamment, de la présence d’une instance transcendantale capable d’orienter l’ontogenèse et de coordonner les différents ordres hétéronomes d’information. (3) Récemment, une analyse personnelle de la technique permet d’accéder à la compréhension de la matière comme étant par essence une substance technique capable d’assemblages et par émergence, d’inventions organiques. D’où une hypothèse ontologique d’une substance non technique ce qui rejoint l’idée du champ transcendantal.

    Il reste donc à combiner tous ces éléments entre eux afin d’examiner si une compréhension nouvelle peut être formulée. Mais auparavant, une clarification de quelques questions fondamentales paraît nécessaire. On se demande alors s’il existe une série exhaustive de problèmes fondamentaux et si on peut en dresser la liste, empruntant la démarche du mathématicien Hilbert qui en son temps avait dégagé un ensemble de problèmes censés circonscrire la totalité du champ mathématique. Voici les questions qui me semblent essentielles pour saisir dans ses fondements la Vie, ses processus et son essence.



    Autonomie ou hétéronomie ?

    Le fait est que la biologie a été, depuis plus d’un siècle, sous la coupe des conception basées d’une part sur la physique-chimie et d’autre part en utilisant comme modèle les différentes machines artificielles que les ingénieurs ont élaborées


    (à suivre en ce qui me concerne, à suivre aussi en vous lisant)

    -----

     


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  2. Neutrino

    Date d'inscription
    janvier 2003
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    Re : Les questions fondamentales en biologie

    MESSAGE DE LA MODERATION
    Je pense que le message a plus sa place en biologie qu'en philosophie. Ce sera plus pratique pour les gens qui auraient la motivation d'y répondre.

    Pour la modération,
    Neutrino.
     

  3. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    Bordeaux en Aquithènes
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    317

    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Eh bien apparemment, il n'existe pas de problèmes fondamentaux en biologie, du moins pour les biologistes.

    Et donc cette discussion avait sa place en philosophie puisque l'une des spécialités du philosophe est de voir des problèmes là où d'autres naviguent sans se poser de question.
     

  4. Tarc

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    210

    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Il vaudrait mieux finir votre texte d'abord... Je connais peu de choses plus agaçantes qu'un texte bourré de renvoi à des références bibliographiques qui s'annoncent passionnantes mais qui ne sont pas détaillées.
     

  5. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
    Localisation
    Bordeaux en Aquithènes
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    317

    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Le fait est que je travaille à expliciter ces problèmes mais si je mets le texte, je crains d'influencer la discussion. J'aurais aimé avoir l'avis des biologistes indépendamment de ce que je vais proposer
     


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  6. Igothigh

    Date d'inscription
    janvier 2003
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    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Citation Envoyé par Fulcanelli
    Les hypothèses de base pour élaborer une théorie de la Vie
    .... Reste à bien gérer pour ne pas taper à côté du réel.
    Je profite d'une breve reapparition sur le forum pour souligner les deux choses qui me "derangent" toujours dans ta facon de voir les choses, ce que tu regroupes sous le terme la Vie et ton obsession pour la quete du reel (si ca peut avoir un sens).

    Pour ma part, je ne crois pas que la biologie dans un futur meme lointain puisse donner une quelconque idee de la "Vie" ou du "reel" et que partir dans cet objectif est une erreur. Il faudrait pour cela avoir une definition claire de ces deux termes et je ne crois pas que ca en soit le cas.

    Pour l'article de la recherche que tu cites, j'ai ete profondement decu par l'absence de "vision" de cet article. Peut-etre l'ai-je lu trop rapidement...

    A bientot j'espere...
     

  7. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    317

    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Je pense au contraire qu'on peut approcher la Vie et que c'est une réalité qui s'exprime au travers des différentes espèces et des cellules. Tout est question de reconstitution et d'explication, ce qui suppose qu'on pose les problèmes, bien au-delà de la systémique invoquée par ailleurs par l'article d'Evelyn Fox Keller qui, je te le confirme, n'est pas spécialement audacieux, pour autant que ce soit bien l'original car il est spécifié qu'il a été adapté par la rédaction de la Recherche. Je ne sais ce que cela sous-entend. Traduit simplement ou bien expurgé de quelques considération un peu plus percutantes ?

    En tout cas, invoquer Bertallanfy ou bien les modèles mécanistes nous ramène au années 60, et notre dame philosophe aura bien du mal à affirmer sans cligner de l'oeil que la biologie est au stade de la physique de 1910. Moi je lui répond que son épistémologie est vieille d'un demi-siècle.

    L'article est cependant un peu piquant. Et même avec si peu d'audace, sa portée est a été réduite par les trois scientifiques qui ont commenté, notamment Rechenmann qui ne voit pas de rupture épistémologique. Mais moi oui, oh que oui la rupture va se faire mais pas dans le sens attendu par les scientifiques

    A plus
     

  8. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    317

    Arrow Deux questions fondamentales en biologie

    Juste pour lancer la discussion. Le reste suivra peut-être



    1 … Homonomie ou hétéronomie ?

    Le fait est que la biologie a été, depuis plus d’un siècle, sous la coupe des conceptions basées d’une part sur la physique-chimie et d’autre part en utilisant comme modèle les différentes machines artificielles que les ingénieurs ont élaborées. Un système de tuyauterie ou un moteur à explosion présentent quelques lointaines approximations de la Vie. Un ordinateur ou un missile autoguidé sont plus appropriés pour servir d’idées aux théoriciens de la Vie qui faute de naviguer dans l’inconnu de la Nature, ont besoin d’avoir des figures connues, dussent-elle être artificielles. Nul ne doute que ces comparaisons aient eu une valeur heuristique mais force est d’admettre que le modèle standard en biologie fait appel aux résultats de la biologie analytique et de la physico-chimie. Parler de mécanismes moléculaires est un abus de langage. Employer la notion de processus physico-chimiques est par contre exact. Il existe des processus plus simples que d’autres comme par exemple la transcription du gène en ARN messager avec notamment les épissages ou encore la synthèse des protéines. La Vie et on dira plus précisément la Vie d’une cellule, se présente comme un ensemble, un assemblage dans l’espace et le temps d’un très grand nombre de processus moléculaires, de complexité variable, mais qui en dernière analyse relèvent d’un processus microphysique unique, l’interaction électromagnétique.

    La question qui se pose est donc claire. Doit-on concevoir la Vie moyennant une hypothèse hétéronome qui doit être formulée de manière rigoureuse afin de ne pas subir les critiques comme ce fut le cas du vitalisme ? Cette question peut se poser à plusieurs niveaux et en premier lieu en examinant les données de la physique quantique, la seule à offrir autant de précision sur ce que sont les champs de matière. Si on admet que toutes les interactions sont impliquées à titre de processus élémentaire dans le Vivant, et que par ailleurs la « substance quantique » est hétérogène, avec les processus électromagnétiques et les processus forts, alors l’hypothèse hétéronome est légitime. Cependant, le niveau microphysique de description n’est pas pertinent pour rendre compte de la vie. Un biologiste mécaniste oublie qu’il a affaire à des processus physico-chimiques mais ne manque pas de décrire le rôle des gènes, des ARN, des protéines, des signaux de communication, des potentiels d’actions. Tous ces phénomènes s’unifient sous la catégorie du mécanisme et mieux encore, de la technique moléculaire. L’hypothèse hétéronome consiste à envisager un ensemble d’instances participant à la Vie mais qui ne sont pas concevables comme techniques ou mécanique. La question n’est pas plus compliquée que cela. Mais que l’on opte pour l’hétéronomie ou son contraire, l’homonomie (néologisme) on ne peut occulter des questions portant sur les éléments du Vivant et les mécanismes qui sont eux, intangibles.


    2 … Les niveaux pertinents

    Quelles sont les niveaux permettant de décrire correctement la Vie ? Cette question se pose dans la mesure où il existe un nombre relativement élevé de catégorie de composants, chacun étant composé d’éléments du niveau précédent. Nous avons, dans l’ordre de dimension croissante, l’atome, la molécule, la macromolécule, le complexe supramoléculaire, les associations entre complexes formant les organistes, le noyau qui n’est pas un organite mais qui n’est pas non plus la cellule, celle-ci étant composée l’ensemble organites et noyau, puis le tissu constitué d’un ensemble de cellules différenciées, l’organe constitué de tissus et enfin l’organisme complet, produit d’une ontogenèse, somme anatomique d’organes et somme physiologique de fonctions.
    Si on exclut le monde végétal, il paraît évident, en première approximation, de considérer les unités intégrées et fonctionnelles douées d’une autonomie et de la capacité de reproduction, propriété caractéristique de la Vie, en plus de la stabilité et de la relative autonomie. Il existe deux catégories de systèmes vivants, la cellule et l’organisme. Expliquer la Vie c’est expliquer une cellule, puis un organisme pluricellulaire composé de cellules différenciées. D’un point de vue phylogénétique, le mystère de l’apparition de la vie concerne la production des premières cellules capables de se répliquer, puis la différenciation de ces cellules pour former l’organisme et enfin, la reproduction à l’identique ou presque de cet organisme à partir d’une cellule germinale. Certes, expliquer de tels mystères est pour l’instant hors de portée. Pour l’instant, je me contente de proposer qu’une théorie de la Vie doit se dédoubler en une théorie de la cellule et une théorie de l’organisme.
     

  9. Fulcanelli

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    septembre 2003
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    Arrow 3 … Philosophie de la Vie, intentions et finalités

    3 … Philosophie de la Vie, intentions et finalités

    Dans la mesure où la Vie est déterminée par un assemblage d’éléments et que ces mêmes éléments, en plus de se regrouper en unité fonctionnelles, exercent des processus techniques au sein même du système, on se demandera s’il n’existe pas une intention ou mieux, une tendance inhérente au système. Par tendance j’entends cette notion employée par Aristote pour rendre compte des actions de l’homme et notamment, de celle de l’artisan qui agit conformément à une tendance pouvant être éclairée par la raison. L’homme n’agit pas sans finalité. La Vie est-elle aussi un processus qui serait orienté vers une fin et dont on peut dire que les processus techniques s’effectuent conformément à ces fins ?
    Voilà la question de la téléologie qui se posera dès lors qu’on pourra circonscrire et caractériser la logique techniciennes des assemblages du Vivant et des opérations que leur fonctionnement synordonné permet de réaliser. Cette question ne peut être séparée de celle de l’hétéronomie puisque justement, le propre de la technique étant de renvoyer à un ordre hétéronome. La conception réflexive de la matière s’inscrit aussi dans cette théorie générale du Vivant, puisqu’elle sous-tend une sorte de rationalité intrinsèque guidant les processus mais bien évidemment, non consciente.
     

  10. Guillmot

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    mai 2003
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    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Un système de tuyauterie ou un moteur à explosion présentent quelques lointaines approximations de la Vie. Un ordinateur ou un missile autoguidé sont plus appropriés pour servir d’idées aux théoriciens de la Vie qui faute de naviguer dans l’inconnu de la Nature, ont besoin d’avoir des figures connues, dussent-elle être artificielles.
    Si je suis le premier à tenter l'utilisation de paraboles et de modèles pour vulgariser un aspect de la biologie à un néophyte, je me montre plutôt réticent à l'idée d'employer ce genre de modèles en recherche.

    Pour ma part, je pense que la Vie est un phénomène assez riche et complexe pour rendre toute comparaison de ce type trop floue pour constituer un outil d'étude. Il me semble que le problème doit être attaqué de front, et non en utilisant des détours.

    De plus, tous ces exemples de mécanismes artificiels (missile autoguidé, quel bel exemple porteur d'amour et de paix ) sont issus de la logique humaine. Ils supposent donc dès le départ un raisonnement limité à leur logique de conception, sans effort de notre part pour s'ouvrir vers d'autres mécanismes inédits.

    Voilà mon approche personnelle de la question; une Vie trop complexe à mon sens pour être ainsi comparée et résumée par des modèles issus de notre technologie.

    @+
    Guil'
    Compte à supprimer
     

  11. Igothigh

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    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Sans compter un certains nombres d'affirmations qui n'engagent que l'interesse sur lesquels ou pourraient debattre sans reellement avancer par exemple:

    Citation Envoyé par Fulcanelli
    Dans la mesure où la Vie est déterminée par un assemblage d’éléments et que ces mêmes éléments, en plus de se regrouper en unité fonctionnelles, exercent des processus techniques au sein même du système, on se demandera s’il n’existe pas une intention ou mieux, une tendance inhérente au système
    Je ne sais pas si c'est moi, mais j'ai souvent l'impression que les termes que tu emploies Fulcanelli qui, a priori devrait etre plutot interrogatif, sonnent comme affirmatif... mais c'est peut-etre moi.
     

  12. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Guil,

    Le modèle cybernétique, missile ou autre, a été utilisé sans modération par les biologistes des années 60-70. L’allostérie par exemple mais on pourrait prendre le métabolisme du glucose et toute la théorie du contrôle qui va avec (Heinrich ?) est calquée sur la rétroaction, idée qui a eu une incidence prépondérante et qui l’a encore.

    Pour ce qui est du mécanisme et des machines en tant que principe heuristique, le fait est avéré, il suffit le lire Canguilhem. Evelyne Fox ne fait que le répéter dans son article. La théorie de l’information de Shannon, elle a été mise à profit par Atlan et a eu une incidence certaine. Je ne m’étend pas sur le sujet. Juste une confession que tu ne répètera pas. Je fais le tacticien un peu comme Platon qui introduisit les sophistes pour mieux se distinguer. En ce sens, je dépeins les mécanistes pour mieux placer ma théorie. Un vieux de la vieille comme Claude Bernard savait très bien que la Vie ne se réduit pas à un Mécanisme.


    Igothight, je pose des questions parce que j’ai des éléments de réponses. Comme disent les orientaux, quand il y a un problème c’est qu’il y a une réponse et s’il n’y a pas de réponse alors le problème disparaît. Je suis donc oriental à ma manière. Sans doute un mauvais représentant de commerce qui tente de fourguer ma camelote métaphysique avec une propédeutique faite de question censée allécher le scientifique, mais c’est franchement raté. Ce qui ne m’empêchera pas d’aller au bout de mes questions.
     

  13. Igothigh

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    janvier 2003
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    Re : Les questions fondamentales en biologie

    Citation Envoyé par Fulcanelli
    je pose des questions parce que j’ai des éléments de réponses.
    C'est marrant, j'aurai tendance a raisonner autrement. Je me pose des questions et je vois si j'ai des elements de reponse. C'est probablement ce qui me gene chez toi. C'est: "je viens avec mes reponses et je me pose les bonnes questions qui rendent mes reponses pertinentes"... hum... le cote philosophique que je n'aime pas sans doute.
     

  14. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    Bordeaux en Aquithènes
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    Re : Les questions fondamentales en biologie

    En fait, il se peut bien que j'ai besoin de compléter les éléments de réponses, un peu comme un amateur de puzzle qui a construit une figure partielle et cherche les pièces complémentaires.

    Ou alors, je cherche d'autres moyens de combiner les éléments de réponses.

    Bref, le scientifique comme le philosophe n'est jamais qu'un amateur de puzzle et qui tente de reconstituer le réel avec les pièces qu'il a obtenue par réflexions et par expérimentations-expériences
     

  15. Fulcanelli

    Date d'inscription
    septembre 2003
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    Bordeaux en Aquithènes
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    Arrow 4 La cellule

    4 … La cellule et son fonctionnement

    Avec la cellule, on entre dans l’unité fonctionnelle de base de l’organisme et on voit se dessiner ce qui paraît être l’un des problèmes fondamentaux de la biologie. En une question, quel est la part des gènes dans le fonctionnement d’une cellule ? Autrement dit s’il faut rendre à César etc. essayons de rendre aux gènes ce dont ils sont comptables et au reste de la cellule ce qu’elle prend en charge, y compris avec les entités transcendantales supposées hétéronomes. Une certaine vision naïve à laquelle plus personne n’adhère, excepté pour des raisons pédagogiques dans les cours d’école, réside dans la formule un gène, une protéine. L’ADN produit les protéines qui constituent la cellule et le tour est joué ! On sait que la réalité se passe autrement et que tout devient problématique. D’une part parce que du gène à la protéine il se produit une série de modifications post transcriptionnelles et post-traductionnelles, sans compter les mises en conformations. La découverte des prions, hormis le fait qu’elle a découvert un nouveau type d’agent pathogène, montre qu’une protéine nécessite d’avoir une conformation adéquate pour fonctionner. On le savait depuis longtemps mais on ne mesurait peut-être pas les implications profondes liées à la « forme ». Autre problème lié au fonctionnement intégré de la cellule. Quel est le niveau pertinent qui assure la réalisation, quel est le scénario ? Les unités déterminantes sont sans doute les complexes supramoléculaires, sorte d’unités intégrées pouvant s’associer en organites. La question porte sur le contrôle de la physiologie cellulaire. On voit qu’on est assez loin de la génétique. A la limite, il est préférable d’oublier les gènes car tout se passe selon d’autres centres de commandement, avec des régulations et des propriétés émergentes faisant qu’il est nécessaire de passer à des sauts qualitatifs qui pour l’instant tombent en dehors des schémas explicatifs conventionnels (ici aussi, l’hétéronomie a un rôle à jouer). J

    Juste un constat. Si on compare les complexes moléculaires à des composants électroniques, alors le problème s’énonce avec une allégorie simple. Il suffit d’imaginer que spontanément dans une usine, les composants élémentaires se placent spontanément sur le circuit imprimé, que l’ordinateur s’assemble de lui même, avec son processeur, sa mémoire vive, son disque dur, sa carte vidéo dont les câbles se connectent parfaitement à la carte mère. Puis l’ordinateur s’allume spontanément, et peu à peu, des applications se lancent alors que des figures apparaissent sur l’écran. Pourtant, l’analyse physique de tous les composants ne laisse pas présager que l’ordinateur puisse produire des figures et des textes. Quelque chose d’hétéronome émerge, et sans doute une instance hétéronome immerge pour gouverner tout cet assemblage. Bien qu’imparfaite, cette allégorie expose clairement l’état du problème fondamental en biologie cellulaire.

    Autre question. Quels sont les attributs objectifs des complexes cellulaires ? Mémorisation, communication, apprentissage, structuration locale, calcul formel, horloge spécifique ?



    5 … L’organisme, ontogenèse et physiologie
     


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