synthèse d'une amorce

[Mi11y]

Bonjour,
Je suis en train de rédiger mon compte rendu de TP et je me rend compte que je ne sais pas comment passer du design de l'amorce à la pratique. Une fois qu'on a déterminé la séquence exacte de notre amorce comment peut on la synthétiser ?

merci

[Jean-Luc P]

synthèse chimique.

On passe par des entreprises.

[Mi11y]

ok merci

[wolfgangouille]

Comment sont elles réalisées? Comment on peut ajouter tel ou tel nucléotide? En général pour faire une synthèse de brin, il faut partir de la matrice complémentaire, non? Et là non seulement il faut partir de rien, mais en plus ajouter à chaque fois un nucléotide spécifique, et pour moi la seule manière de concaténer un A c'est de mettre le brin dans un bain de A en solution, avec les enzymes adéquats et sans aucun autre nucléotide. J'ose pas imaginer le temps qu'il faudrait pour assembler ne serait-ce que 10 nucléotides en changeant à chaque fois de bain. Ou alors il y a une autre solution, et là ça m'interresse (comment qu'on fait les amorces, ça m'a souvent empécher de dormir...)

[synchrotron]

Bon beh alors je vais te permettre de redormir!

En fait les entreprises qui synthétisent les amorces d'ADN le font par synthèse chimique. Si un jour tu as la chance d'avoir des cours de synthèse chimique (indispensable pour un biochimiste je trouve) tu verras que quand on synthétise une molécule en ajoutant des groupements, on peut faire des protections et déprotections. Ainsi on peut masquer le groupement réactif et le déprotéger quand on veut ce qui permet de faire de faire des branchements comme on veut.

Dans le cas des amorces d'ADN, je sais pas exactement comment ils font mais ils doivent utiliser des dNMP et pas des dNTP...Par contre ils doivent protéger le groupement phosphate. Après s'il faut ils favorisent l'électrophilie du phosphate et la nucléophilie du CH2OH du ribose, et la on a formation d'une liaison phosphodiester. Si tu connais la synthèse chimique des protéines par la méthode de Merinfield alors tu auras un aperçu de l'aspect séquentiel de ce genre de synthèse.

Après il ya une technique pour synthétiser les longs fragments d'ADN mais je te l'explique pas car tu voulais savoir les amorces, pas les longs fragments. Fais moi signe si tu veux que j'explique ça aussi.

A+

[wolfgangouille]

D'accord, la protection...j'en ai entendu parler au cours de préparation aux OIC quand on veut obtenir tel ou tel dérivé d'acide. On limite la réactivité de certaines régions. Mais pour l'ADN ya qu'une région qui nous interesse, c'est le groupement hydroxyde du carbone 3' du desoxyribose, non? On peut empecher tel ou tel nucléotide de se lier? Mais ça veut dire que pour chaque nouveau nucléotide, il faut changer les conditions?
En fait je posait la question pour les amorces, car je pensait que le procédé serait le même pour les longues chaines. Ce serait bien quand même cool une imprimante à ADN. "Hé professeur, la cartouche d'adénine est vide ! Je fais comment pour imprimer mon gène ?"

[doubleD]

pour les puces à ADN y a une technologie qui utilise une sorte d'imprimante. Tu croyais pas si bien dire!!

[wolfgangouille]

C'est à dire?
PS C'est dingue le nombre de faute que je fais si je ne me relie pas.

[doubleD]

c'est une sorte de bras comme celui d'une imprimante qui fait les différentes opérations:

http://www.affymetrix.com/corporate/.../educator.affx
le site d'affymetrix explique le principe de la synthèse

[wolfgangouille]

Je fais un up car j'aimerai bien savoir au niveau chimique comment on peut séléctionner telle ou telle réaction dans le cas des nucléotides. De plus je suppose qu'il faut fournir beaucoup d'energie, donc catalyseur, mais biologique ou pas? C'est fort interessant comme procédé en tout cas, et j'en remercie d'avance celui qui m'apportera quelques éléments de réponse.
Merci !

[piwi]

Salut,
Tu peux jeter un oeil là dessus:
http://www.gazettelabo.fr/2002archiv...2/67varian.htm

C'est assez bref mais ca résume la situation.

Cordialement,
piwi

[wolfgangouille]

Merci Beaucoup !