Identification d'une protéine

[Fainaew]

Je poste car j'ai besoin d'aide pour un mémoire que je dois rédiger pour la fac.
J'ai une séquence d'ADN et je dois trouver quelle protéine elle code. J'ai donc traduit cette séquence en AA grace à un logiciel, puis j'ai cherché des homologies avec d'autres protéines sur cette base de données :http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST
J'obtiens ensuite un graphique montrant des homologies avec une certaine protéine (la barre bleue en dessous), mais quand je clique sur format, on me parle d'une autre protéine (qui fait partie du meme cluster, surement, et qui a à peu pres la meme fonction).
J'aimerais donc savoir si ma protéine est la première qui m'est indiquée sur le dessin, dans la barre bleue, ou la deuxième.
Merci d'avance pour votre réponse !

[fxmulder]

Salut!

Je pense que cela dépend du type de bande que tu as, à savoir si l'identité de la séquence est complète (du 1er aa au dernier) ou si elle est partielle... dans ce cas, ça pourrait correspondre à une pré(pro)protéine... Et ça compliquerait l'exercice. Le mieux à faire je pense, est de nous donner ta séquence en aa en piece jointe, pour qu'on se rende compte de la tête des résultats.

Bon courage.

FX

[Fainaew]

Il s'agit du morceau d'une séquence prise chez une bactérie Gram -.
Je la mets en pièce jointe, merci beaucoup pour ta réponse en tout cas ^^

[Yoyo]

Bonsoir

si tout ce passe bien lorsque tu blastes une proteine contre la base de données, le meilleur resultat qu'il te sort est la proteine elle meme (normal). C'est donc les resultats suivant qui te renseignent sur l'identité possible de cette proteine.

Yoyo

[Fainaew]

Mais pourquoi me donne-t'on une autre protéine sur le "dessin" (dans la barre bleue) ? Comment se fait-il que je ne la retrouve pas ensuite ?
Ca me contrarie car je ne trouve pas celà logique du tout lol

[fxmulder]

Salut !

Je pense que tu te plantes, en fait, quand tu regardes la figure avec les bandes rouges et bleues, cela ne te donne que les "putatives domains" soit les domaines prédits qui devraient composer ta prot. ça ne représente pas le nom ou une quelconque prot (car comme tu dois le savoir, des prots très differentes peuvent avoir un même domaine - ex : un RRM = RNA recognition motif)
En fait, si tu cliques sur cette image, elle te donne une description des domaines, et tu vois que ta prot devrait avoir :
- Glycosyltransferase family 9 (heptosyltransferase). Members of this family belong to glycosyltransferase family 9. Lipopolysaccharide is a major component of the outer leaflet of the outer membrane in Gram-negative bacteria. It is composed of three domains; lipid A, Core oligosaccharide and the O-antigen. All of these enzymes transfer heptose to the lipopolysaccharide core..
- ADP-heptose:LPS heptosyltransferase [Cell envelope biogenesis, outer membrane

Maintenant, si tu regardes les séquences consensus de ces domaines par rapport à la séquence de ta prot, tu peut voir que en gros, le consensus du deuxieme domaine contient en partie le consensus du premier domaine... Donc là, il va falloir voir quels résultats tu obtiens avec les allignements pour ne pas faire d'erreurs. Clique sur Format!

La plein de bandes violettes ( )

Donc le premier résultat est le suivant :

gi|49609650|emb|CAG73083.1| Gene info lipopolysaccharide heptosyltransferase-1 [Erwinia carotovora
subsp. atroseptica SCRI1043]
Length=327

Score = 127 bits (320), Expect = 1e-28, Method: Composition-based stats.
Identities = 62/77 (80%), Positives = 66/77 (85%), Gaps = 0/77 (0%)

Donc si tu sais dans quel organisme tu travailles, tu peux à coup sûr retrouver la prot qui correspond.

Voilà, j'espère t'avoir un peu aidé, n'hésite pas à revenir si tu as d'autres questions.

FX

[Fainaew]

Ok, merci ^^
Ca m'aide beaucoup !
C'est la première fois que je travaille avec des banques de données et on n'a pas eu beaucoup d'explications.
Merci encore !