Bioinformatique - Etudes d'une sequence d'ADN

Barbanath · 03/09/2004 - 15h27

Bonjour
Quels sont les indices les plus important qu'il est a calculer sur une sequence d'ADN afin de la comparer a d'autre sequence d'ADN.
(exemple pourcentage de A,C, G, T en tel place du codon, site d'enzyme de restriction, sequence ORF...)
Merci

9herve · 03/09/2004 - 15h37

Envoyé par Barbanath

Bonjour
Quels sont les indices les plus important qu'il est a calculer sur une sequence d'ADN afin de la comparer a d'autre sequence d'ADN.
(exemple pourcentage de A,C, G, T en tel place du codon, site d'enzyme de restriction, sequence ORF...)
Merci

ça dépend ce que tu veux en faire...
Designer des oligos, rechercher une structure secondaire, calculer le tm, rechercher un homologue, rechercher des motifs, déduire la séquence codante etc...

Barbanath · 03/09/2004 - 16h10

Je possede des extraits de la sequence d'un virus et j'aimerais le comparer avec les sequences des genomes deja connus (de virus de preference mais pas forcement je verrais plus tard) grace a la realisation de programmes
Et je cherche tous ce qui pourrait me permettre de caracteriser cette sequence pour pouvoir la comparer ensuite que ce soit des criteres connus et evidents tels que la presence de site de restriction ou les pourcentage de nucleotides ou meme n'importe quelles idees

John78 · 03/09/2004 - 17h07

Le "BLAST" sert a identifier des séquences ressemblantes avec la séquence que tu possèdes.

tu peux le blaster là :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
Tu copies/colles ta séquence dans la fenêtre.
Tu peux choisir de le faire spécifiquement sur la database "Virus" du NCBI (y a une option).

Le blast sert a identifier des séquences ressemblantes avec la séquence que tu possèdes.

A+
John

Barbanath · 03/09/2004 - 17h13

Merci mais j'aimerais quand meme savoir si vous connaissez des criteres particuliers autre qu'une ressemblance pure.

John78 · 03/09/2004 - 17h40

Tout ce qui est taux de GC et usage du code, c'est pas très fiable, surtout chez les virus et a fortiori si ils ont un hôte différent. Donne moi des détails sur ton virus et sur ce que tu possèdes de lui en séquence, je pourrais peut etre t'aider...

A+
John

**Yoyo** · 03/09/2004 - 18h40

Bonsoir,

Si ta sequence d'ADN est codante (ce qui est probable vu que les genomes viraux sont denses), alors tu peux traduire ta sequence en proteine et faire une recherche, comme le disait john, mais cette fois au niveau proteique, ca pourra te donner des elements de reponses plus significatif, voir eventuellement identifier des domaines fonctionnels ou des motifs proteiques.
Si tu souhaites rester au niveau nucleique, ce que tu souhaites fiare s'effectue en general apres l'alignement de sequence. Tu peu rechercher la presence de site de regulations, ou de structures secondaires.

Mais je suis d'accord avec john, quand il te dit que la linguistique de ta sequence ou le % GC ne te donneront pas des informations forcement tres fiables.

Yoyo

Barbanath · 03/09/2004 - 19h00

Si ce n'est pas fiable ce n'est pas grave l'important c'est de faire les calculs pour recolter les infos
En effet c'est un virus qui est en train d'etre sequencer et on veut voir si il ressemble a d'autres virus deja connus
Donc je cherche tous les indices possible apres je recolterais toutes les informations et je ferais le tri
A vrai dire je recherche toutes les idees quant aux indices possible a calculer, je ne les retiendrai peut etre pas toute mais j'aimerais verifier que j'explore bien toutes les fenetres possibles
Et toute information est bonne a recolter si elle est correctement stockée correctement et utilisée avec les pincettes qui s'imposent.

9herve · 03/09/2004 - 20h50

Blast, c''est le plus facile et le plus lisible c'est blast, ORF contre ORF, mais fait aussi un Blast ADN vs ADN, car si il y a une erreur de séquence provoquant un stop ou un décalage de cadre (dans la tienne, ou dans la banque) tu peux perdre de l'info, il y a beaucoup d'erreurs dans les banques, par ex fais un Blast en utilisant le polylinker d'un pUC quelconque, tu verras ..

**Yoyo** · 03/09/2004 - 23h07

Bonsoir,

Personellement je comprends pas bien ta demarche. Une recherche de similitudes avec BLAST ou FASTA au niveau ADN ou proteine te donneront les informations les plus precises possibles, et en plus ce sont les seules qui te permettront de savoir si il est similaire a d'autres virus connus.
Tu peu xtoujours t'amuser a rechercher le site de restriction EcoRI, mais c'ets vraiment du temps perdu...Tu peux t'amuser a recherche la probablite de codage d'une sequence, mais ca ne te renseignera pas sur une quelqueconque similitude avec un autre virus.
C'est bien de vouloir etudier toutes les possibilites, mais deja, rien qu'en analysant les resultats BLAST (tu peux meme modifier les parametres par defaut! tu verras l'effet que ca aura sur tes resultats!) tu auras plus de travail que necessaire.

YOyo

laury290484 · 17/10/2010 - 21h57

bonsoir, voilà j'ai une protéine P1 et je n'arrive pas à trouver la séquence d'ADN correspondante en utilisant BLAST. Par contre j'ai pu déterminer le blastp grâce à la séquence Fasta, quelqu'un pourrait m'aider?