calcul d'une quantité d'ADN- PCR

[invite1195bc27]

Bonjour,

je révise en ce moment pour mes rattrapages de L2 SV, et je refais les sujets que j'ai eu au mois de mai,
mais je bloque (entre autre) sur un exercice de bio moléculaire qui est:


Dans un échantillon de 1 microg d'ADN, on a 1pg de fragment à amplifier. Quelle quantité d'ADN amplifié obtiendra-t-on après 30 cycles de PCR, en admettant un rendement de 10puisssance 6 ?


on sait que la quantité amplifiée est 2puissance n avec n=nombre de cycles (jusqu'à n=30)

donc on obtiendrai ici: 2puissance n * 1pg d'ADN

mais je ne comprend pas où le rendement doit intervenir (entre autre)



Merci de votre aide
-----

[Peregrinor]

Salut, tu as une autre formule plus complète pour calculer la quantité d'ADN en fin de réaction, il s'agit de :
N = N0 (2 x R)^n
avec N la qté finale d'ADN
N0 la quantité initiale d'ADN
R le rendement
n le nbre de cycle de PCR

[invitec5eb4b89]

Bonjour,
Avec la formule indiquée, ça donne quand même des quantité assez astronomique d'ADN à la fin de la PCR (du genre 10^177)...
Je proposerais la solution suivante : 2^30 est le rendement théorique, alors que 10^6 est le rendement "en pratique".
Du coup pour obtenir la quantité d'ADN à la fin du protocole d'amplification, il suffirait de multiplier par le rendement. On obtient ainsi 1 µg du fragment choisi amplifié dans le mélange final !
C'est ça ?
V.

[invite772bc698]

Normalement le rendement c'est Quantité réelle obtenue / Quantitée théorique

Et ce au bout d'un nombre n de cycles (la première formule de 2^n correspond donc à la théorie).

Donc a priori un rendement c'est entre 0 et 1 (un pourcentage quoi) donc ton 10^6 me semble un peu étrange... Tu es sûr que c'est bien ça ?

Autrement, moi je ferai : 1 pg x 2^30 x rendemend en pourcentage.

Voilà !

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite1195bc27]

Pour ta formule peregrinor, je bloque aussi sur les chiffres énormes qu'on obtient à la fin.


Au départ j'ai suivi le même raisonnement que toi vincent, il me semble d'ailleurs avoir répondu ça à l'exam,( mais vue la note que j'ai eu....), mais ça me semblait trop "evident" et plus intuitif que refléchi

Merci pour vos réponses

[invite1195bc27]

Oui, j'ai bien 10^6, en effet ce rendement est étrange.

[jmbowie]

Le doublement de la quantité d'ADN à chaque cycle est une utopie qui n'a lieu que si l'efficacité de la réaction est optimale (100%). D'où les chiffres énormes que tu obtiens HigginsVincent. Si telle était le cas, nous nous contenterions d'une dizaine de cycles!

Je me demande si par hasard, l'énoncé n'est pas (ou ne devrait pas être): "avec un rendement de 10^-6)?

[invite398475c8]

Au cours d'une PCR, tu ne peux pas avoir un rendement de 100% pour différentes raisons:
- l'augmentation de la quantité d'ADN augmente la viscosité dans le milieu de réaction
- il y a diminution du nombre de dNTP au cours du temps
- les groupements phosphates libérés inhibent la polymérase
- les variations de température peuvent dénaturer à la longue quelques polymérases
etc....
Donc au final, tu n'as pas une amplification avec un facteur de 10^9 (=2^30, 30 étant le nombre de cycles) mais plutôt de l'ordre de 10^5 à 10^6.
Je pense que, par le terme rendement, l'énoncé voulait plutôt indiquer le facteur d'amplification.