Laboratoire de recherche

[Koranten]

Bonjour à tous,

Je voudrai savoir à quoi peut bien ressembler un laboratoire de recherche en biologie. Par exemple Celera Genomics. A quoi peut bien ressembler l'intérieur de leurs locaux (surface, organisation, appareillages, salles, etc.)? A quoi peut bien ressembler notamment le laboratoire qui a créé le premier virus artificiel? Avec quel type d'appareils effectue t-on l'assemblage des bases, comment reconstruit-on la double hélice d'ADN, etc. ?

Utilisent-ils beaucoup de ressources informatiques (calculateurs, supercalculateurs) ?

Merci d'avance
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[wolfgangouille]

Tu veux te faire un labo privé?

[Koranten]

Non non, je suis en train d'écrire un roman ... j'avais d'ailleurs posté une préversion sur le forum ... Alors?

[inviteb8e8d8c3]

Ca n'a rien d'exeptionnel; du moins ça ne ressemble pas vraiment aux installations hyper modernes que l'on peut voir dans certains films américains, même si je n'en ai pas vu beaucoup (de vrais labos!)...

Ca ressemble souvent à une grande cuisine! C'est à dire tout blanc avec des paillasses en carrelage blanc... De nombreux appareils divers et variés sont entreposés un peu n'importe où! L'ordre et le rangement semblent être des qualités rares chez les chercheurs!! Mais il arrive souvent de voir cohabiter du vieux matériel poussiéreux qui ne sert quasiment jamais avec du matériel de pointe tout neuf...

Je viens de te décrire des labos de recherche plutôt fondamentale et dans le secteur public; peut-être que les choses sont plus "carrés" dans le privé. Le meilleur moyen serait que tu ailles faire un tour toi même.

[A voir en vidéo sur Futura]

[elobiotech]

J'ai travaillé dans une petite entreprise de bio privée.
C'était un petit laboratoire (2 petites pièces en tout et une pièce pour laver le matériels).
On été 5 au labo maxi (toute façon on été pas beaucoup dans la boite).
C'était bien rangé il y avait peu de place pour les manip (3 paillasses dispo) le reste des paillasses été occupés par des matériels très récents ou par des grands robots. Le vieux matériel ne restait généralement pas dans le labo ils l'entreposait dans une autre pièce. Les chercheurs ont toujours du mal à se débarasser de leur anciens matériels (même si ça ne marche plus).
Le labo été très bien éclairé, les paillasses été toute neuve (vitre verte trsè jolie comme support). Il y avait deux armoires pour entreposer des classeurs de toute les couleurs. Il y avait aussi par ci par là des ordinateurs.
Et une hotte pour les produits à risques.
Voilà à peu près. C'est une petite description mais bon.

Bon courage

[Koranten]

Merci pour tout! Je me doute bien que les films américains sont loin de la réalité... Des robots, tu dis, Elobiotech? Could you be more specific ?

[Elendilmir]

Sans doute des automates de mesure non?
Comme dans les labos d'analyses médicales?

Pour avoir des idées d'à quoi ça ressemble, pas mal de labos ont des sites où une partie du matos et des locaux sont présentés en photo...
Je peux envoyer quelques liens par mp si tu en as envie.

[Vinc]

Bonjour.
Tout dépend de quoi l'on parle : labo de recherche publique, centres de séquençage, platte-forme, boites privées, etc...
En ce qui concerne les labos de recherche classique, il y a souvent plusieurs pièces pour organiser les activité (on ne cultive pas des cellules dans une pièce où l'on cultive des bactéries, où l'ont fait de la biochimie, etc....). Chaque chercheur/technicien a sa propre paillasse avec avec ses produits, ses équipement spécifiques. Donc ce sont des pièces avec de grands plans de travail, avec tout un tas de bouteilles et de boîtes sur les étagères.Il y a des équipements communs : centrifugeuses, appareils de migration, robots, PCR, bains-marie, électroporateurs, générateurs, appareils de transferts, agitateurs, frigo et congélateurs (très importants), etc....
Mais tout dépend de l'activité du laboratoire. Une pièce de séquençage comme au génoscope, ne contient quasiment que des séquenceurs et des ordinateurs...

V.

[Koranten]

Elendilmir, n'hésite pas à me MP

Vinc: tu dis "tout dépend de quoi l'on parle". Je pense avoir été précis à ce sujet, en parlant de Celera Genomics et de comment ils ont recréé un virus artificiel. Gros labo privé américain, avec sûrement des PCR de partout pour le génome artificiel, etc.

D'ailleurs ça ressemble à quoi une PCR? C'est gros? Il en faut beaucoup? Merci!

[Vinc]

Vinc: tu dis "tout dépend de quoi l'on parle". Je pense avoir été précis à ce sujet, en parlant de Celera Genomics et de comment ils ont recréé un virus artificiel. Gros labo privé américain, avec sûrement des PCR de partout pour le génome artificiel, etc.

Ce n'était pas un reproche
C'est d ela biologie moléculaire pure : clonage, PCR, etc....

D'ailleurs ça ressemble à quoi une PCR? C'est gros? Il en faut beaucoup? Merci!

La PCR est une réaction chimique universellement utilisée par les biologistes et très brièvement elle permet d'amplifier spécifiquement une séquence d'ADN. Il en existe de nombreuses variantes. Pour faire des PCR, on utilise un thermocycleur : c'est une petite machine qui a l'avantage de pouvoir "cycler" différentes températures, ex : 30" à 90°, 1' à 54°, 30" à 72°, cette séquence
de température ets répétée un certain nombre de fois... Je t'ai mis une image de thermocycleur plus bas, mais il existe de nombreux modèles. N'hésite pas à me MP si tu veux plus de précisions, des photos de labo, des renseignements sur le matériel, etc...

V.

[aquilegia]

D'ailleurs ça ressemble à quoi une PCR? C'est gros? Il en faut beaucoup? Merci!

Je suppose que tu veux dire "un appareil à PCR"... (ok, thermocycleur, c'est le bon terme, merci Vinc)

Ben, tout dépend du nombre de PCR que tu as besoin de faire par jour, mais ce n'est pas très gros, car les PCR sont faites sur de toutes petites quantités d'ADN. Donc, en gros, tu as des tubes ependorf alignés dans une boîte, chaque épendorf étant utilisé pour amplifier un échantillon différent.
Donc, si tu as besoin de séquencer cinquante gènes tous les jours, avec cent échantillons par gène, tu devras avoir plusieurs boîtes de taille adaptée (avec une centaine de tubes par exemple)
Sur internet, tu as des dizaines de modèles différents, avec des tailles différentes en fonction du nombre d'échantillons qu'il est possible de traiter de manière simultanée, comme ici par exemple:
https://www.roche-applied-science.co...tpcr/index.jsp

[Vinc]

Attention cependant car le lien donné par aquilegia renvoit à des photo de RTqPCR qui ne sont pas des thermocycleurs classiques...

V.

[Koranten]

En fait dans mon roman, j'imagine récréer tout un génome artificiel, et pas celui d'un petit virus, mais plutôt celui d'un humain. 20 000 gènes, en gros ...
C'est de la SF, hein, mais j'aimerai détailler de manière pseudo-crédible comment assembler des bases, torsader des brins, condenser des chromosomes, recréer tout le génome puis l'injecter dans des gamètes dont le génome d'origine aurait été retiré. Voilà voilà

Merci!

[Vinc]

En fait dans mon roman, j'imagine récréer tout un génome artificiel, et pas celui d'un petit virus, mais plutôt celui d'un humain. 20 000 gènes, en gros ...

On se situe plutôt aux alentours de 27000/30000 gènes.

C'est de la SF, hein, mais j'aimerai détailler de manière pseudo-crédible comment assembler des bases, torsader des brins, condenser des chromosomes, recréer tout le génome puis l'injecter dans des gamètes dont le génome d'origine aurait été retiré. Voilà voilà

Le principe est sympa mais je ne comprends pas trop le but : tu veux prendre chaque gène, les coller ensemble et balancer tout ça?? Donc ce que tu comptes faire c'est uniquement copier chaque gène à partir d'une copie connue, les assembler et voilà?
N'oublie pas que seul 1% du génome est codant. Les chromosomes ne sont condensés que lors de la mitose et de la méiose...

V.

[Koranten]

Non, pas à partir d'une copie connue. Au préalable, l'équipe de chercheurs de mon roman a établi le génome de certains hommes préhistoriques, dont Néandertal, par ingénierie génétique rétrograde. En remontant le temps moléculaire, quoi. Je sais que ça a déjà été fait pour des organismes supers simples. Là, j'extrapole tout ça pour recréér l'Homme de Néandertal. Une fois son génome déterminé sur ordinateur, il faut en effectuer la synthèse. Et l'injecter dans des gamètes. Et trouver une mère porteuse consentante

Voilà voilà...

[Vinc]

Non, pas à partir d'une copie connue. Au préalable, l'équipe de chercheurs de mon roman a établi le génome de certains hommes préhistoriques, dont Néandertal, par ingénierie génétique rétrograde. En remontant le temps moléculaire, quoi. Je sais que ça a déjà été fait pour des organismes supers simples. Là, j'extrapole tout ça pour recréér l'Homme de Néandertal. Une fois son génome déterminé sur ordinateur, il faut en effectuer la synthèse. Et l'injecter dans des gamètes. Et trouver une mère porteuse consentante

Moui sauf que :
- le génome de l'homo sapiens et du chimpanzé sont déjà extrêmement similaire, alors entre celui d'un "homme préhistorique" et d'un homo sapiens....
- le génome ne fait pas tout, loin de là...
- c'est bien à partir de copie connue (tu ne vas pas inventer la séquence d'un gène) même si tu la modifie un tout petit peu pour "remonter le temps moléculaire" comme tu dis

V.

[Koranten]

Evidemment, tout ça est de la SF, hein . C'est pas plus capillotracté que Jurassic Park ... Je sais bien que le génome ne fait pas tout. Il faut les gamètes, l'environnement pour le développement, tout ça... Mais je rappelle que c'est de la SF!

[Vinc]

Evidemment, tout ça est de la SF, hein . C'est pas plus capillotracté que Jurassic Park ... Je sais bien que le génome ne fait pas tout. Il faut les gamètes, l'environnement pour le développement, tout ça... Mais je rappelle que c'est de la SF!

Tout à fait! Mais tu as demandé l'avis de biologistes donc ne te plains pas si je te dis que c'est du pipo , mais ça n'empêche que ça peut être tout à fait plaisant...

V.

[Koranten]

Voilà, on est bien d'accord. C'est du pipo, mais je m'en remets à vous pour que ça n'en ait pas trop l'air ... parce qu'en effet, ça peut être sympa! Mes premiers lecteurs aiment beaucoup, mais j'ai pas mal de retouches à faire... c'est pour ça que je vous appelle à la rescousse

[Vinc]

Voilà, on est bien d'accord. C'est du pipo, mais je m'en remets à vous pour que ça n'en ait pas trop l'air ... parce qu'en effet, ça peut être sympa! Mes premiers lecteurs aiment beaucoup, mais j'ai pas mal de retouches à faire... c'est pour ça que je vous appelle à la rescousse

Il faudrait voir le scénario, pour le modifier si besoin! Le plus gros reproche que je fais souvent aux films "scientifiques" ets qu'ils utilisent de smots super compliqués, des concepts qu'ils ne comprennent pas et qui ne veulent finalement rien dire : c'est très drôle pour quelqu'un qui connait! J'ai même une fois entendu parler de "protéine unicellulaire" !!

V.

[Koranten]

Mort de rire, le coup de la protéine unicellulaire! Non, rassure toi, a priori mon roman est beaucoup plus sérieux que ça. Peut-être même un peu trop. Je travaille à diluer les gros grumeaux scientifiques dans l'intrigue. Si tu en veux une version, demande moi par MP.

Le scénar: c'est un thriller scientifique sur la théorie de l'Evolution. Je sème le doute avec le créationisme, je réaffirme avec force l'Evolution, puis j'enchaîne sur un truc un peu hybride. Le tout se passe en Russie actuelle, sur fond de magouille, pétrole, religion, science, pouvoir, histoire, néandertaliens rétrogrades & froid polaire

Alors si quelqu'un a une recette pour un Néandertalien-minute, je suis preneur! C'est pour ça que je demande

[Koranten]

Ah et puis je me demandais aussi: quels logiciels on utilise dans ces labos? Je crois que certains utilisent Matlab. Il me semble avoir vu les acteurs de la série ReGenesis l'utiliser, et cette série me semble assez sérieuse. Si oui, quelles Toolboxes de Matlab sont utilisées?

[Vinc]

Oui je veux bien lire tout ça....
En ce qui concerne les logiciels, tout dépend de ce que tu fais, on verra ça en MP!

V.

[wolfgangouille]

Salut, maintenant que tu en parles je me rappelle avoir lu le début de ta nouvelle. J'ai pas eu le courage d'aller au bout (désolé je suis très occupé)!
Mais je suis un inconditionnel de Matlab(R). Les possibilitées sont immenses d'ailleurs tu peux faire ce que tu veux !
Je m'en sert pour faire des simulations mais dans un labo il doit y avoir beaucoups d'autres applications possibles. Matlab(R) est aussi réputé pour le traitement d'image. Peut-être utile pour le séquençage ou le comptage d'échantillon...à voir !
@+