Comment reconnait on un extra groupe ?

[invite217f3aaa]

Bonsoir ,

Cet question me laisse perplexe depuis quelques temps :
Si une bonne une bonne âme passe par là :

Le concept d'extra groupe est à la base de la cladistique. On ne peut pas construire d'arbre sans lui.
Comment sait on qu'une espèce ( actuelle ou fossile ) peut servir d'extra groupe ? Comment la reconnait on ? sur quelle critères se base t'on ?

merci,
-----

[_Mayou_]

Bonsoir,

En parlant d'extra groupe tu veux dire un groupe externe que l'on utilise pour définir la polarisation des états ?

[invite217f3aaa]

Euh oui oui , exactement.

[John78]

Le groupe extérieurs se définis arbitrairement en utilisant un critères a priori : par exemple pour enraciner la phylogénie des eukaryotes on va utiliser une bactérie qui n'a pas de noyau. A noter que dans les autres méthodes de reconstruction phylogénétique l'enracinement est facultatif : on peut faire des arbres sans groupe extérieur.

A+
J

[A voir en vidéo sur Futura]

[Skoll]

Coucou Mecton,

1. En fait, un extra-groupe (ou groupe externe en bon français) doit être choisi parmi des groupes proches de celui dont on veut connaître les relations de parenté. Je m'explique, en prenant comme exemple la phylogénie des premiers amniotes publiée par Michael deBraga et Olivier Rieppel en 1997.



Ils ont choisi les seymouriidés (il y une faute sur l'arbrbe) et les diadectomorphes, qui sont de proches parents des amniotes. Je ne te cache pas qu'ils auraient mieux fait de s'en tenir à des espèces (au pire à des genres) bien connus, mais bon.

2. Les extra-groupes ne doivent pas être monophylétique entre eux, c'est-à-dire que si les seymouriidés et les diadectomorphes formaient un clade, c'est comme si on avait un seul extra-groupe. Or, il en faut deux pour pouvoir polariser correctement les caractères considérés. Un exemple typique est celui des diadectomorphes: ce groupe est constitué des Limnoscelidae et des Diadectidae, représentés généralement par Limnoscelis et Diadectes. Un auteur utilisant uniquement ces deux genres ferait une erreur. Il doit prendre en compte un deuxième extra-groupe (généralement Seymouria).

3. Il n'est pas indispensable d'utiliser le critère extra-groupe pour avoir un arbre. Mais il l'est si l'on veut que cet arbre soit enraciné, donc les caractères polarisés. Le choix de l'extra-groupe est une hypothèse, qui peut être consensuelle ou non. Par exemple, un dinosauromorphe X est choisi comme extra-groupe dans une analyse phylogénétique des dinosaures. A posteriori, un auteur revoit la bête et en conclut qu'il présente des caractères indubitablement dinosauriens. Résultat: il faut revoir l'analyse aussi, puisque l'extra-groupe est en fait inclus dans l'intra-groupe !

[invite217f3aaa]

Tout d'abord merci bien à vous.

2. Les extra-groupes ne doivent pas être monophylétique entre eux,

Et c'est bien là ma question, comment peut on attester de leur non monophyllie ? Il faut bien
commencer quelques part me direz vous, mais j'ai du mal à croire que cela soit fait au bon
hasard comme le dis John78 :

Le groupe extérieurs se définis arbitrairement...

.

Mais bon c'est vrai que " dans les autres méthodes de reconstruction phylogénétique
l'enracinement est facultatif : on peut faire des arbres sans groupe extérieur. "

Le choix de l'extra-groupe est une hypothèse, qui peut être consensuelle ou non

OK OK ça y est ! Et cette hypothèse repose sur des arguments diverse j'imagine : comme le
résultat d'autre methode de classification.

Et j'y pense maintenant : le principe de subordination de Jussieu ne permet il pas de polariser les
caractères. Si je l'ai bien compris c'est un principe selon lequel plus un caractère est largement
distribué dans le vivant plus il est acien. C'est valable ça comme raisonnement ?

[Skoll]

Et c'est bien là ma question, comment peut on attester de leur non monophyllie ? Il faut bien commencer quelques part me direz vous, mais j'ai du mal à croire que cela soit fait au bon hasard comme le dis John78 :

Pour savoir si le groupe est monophylétique, il suffit de se référer... à des analyses phylogénétiques les incluant dans l'intra-groupe ! Plus sérieusement, tu peux choisir tes groupes externes parmi des groupes dont il est vraisemblable - d'après les connaissances actuelles - qu'ils ne sont pas monophylétiques entre eux. Ainsi, si tu choisis de faire une phylogénie des ornithopodes (iguanodontidés et hadrosaures), tu ne prendras pas comme extra-groupe les Pachycephalosauria et les Ceratopsia. Des études ont montré que ces groupes partagent des caractères dérivés qui leur sont uniques (autapomorphies). Ces deux groupes forment un clade: les Marginocephalia. Disons que tu devrais choisir des groupes qui - selon toute vraisemblance - ne sont pas monophylétiques entre eux. Ce qui n'est pas le cas des exemples précités.

Et j'y pense maintenant : le principe de subordination de Jussieu ne permet il pas de polariser les caractères. Si je l'ai bien compris c'est un principe selon lequel plus un caractère est largement distribué dans le vivant plus il est ancien. C'est valable ça comme raisonnement ?

C'est justement ce que fait le critère extra-groupe. Les caractères "anciens" sont plus généraux: ce sont des plésiomorphies, ou caractères ancestraux (et non "primitifs") puiqu'ils sont lié à l'existence d'un ancêtre commun. Ce raisonnement est mis en pratique sous la forme du critère extra-groupe. Le problème est que l'âge des fossiles ne nous apprend rien sur le côté plésiomorphe ou apomorphe d'un (état de) caractère. Ainsi, les premiers oiseaux existaient au Jurassique supérieur (Archaeopteryx) mais les groupes plus basaux (Tyrannosauridae, Dromaeosauridae, Oviraptoridae) devaient déjà s'être différenciés alors qu'on ne les connait qu'à partir du Crétacé. L'âge n'étant pas un bon critère, on se "rabat" sur les extra-groupes.

[invite217f3aaa]

Me reste plus qu'a te remercié

[Skoll]

Et moi à te répondre: "De rien ".