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Fréquence de sites de restriction

  1. MaliciaR

    Date d'inscription
    août 2007
    Localisation
    Europe
    Messages
    3 401

    Re : Fréquence de sites de restriction

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    j'ai un probleme avec tes fragments ayant en moyenne 7000pb
    je comprends pas comment avec une enzyme qui coupe en moyenne tous les 256nt, tu peux obtenir des fragments de 7000pb!?...
    C'est ce que j'avais remarqué et le prof a dit : "c'est dans le cas d'une digestion ménagée". Je viens de relire mes notes et j'ai vu un gros ? à côté de cette affirmation.

    Du coup, ça m'embrouille encore davantage

    Sau3A etant bloquée par les methylations des CpG, cela signifie que le site ne sera pas coupé si il y a un C devant ou un G derriere. Donc tu peux calculer une nouvelle probabilité de coupure réelle non?
    Dit ainsi, je vois ce que tu veux dire.
    Mais ensuite, j'ai la question : "faire pareil avec BamHI". Je suppose que l'idée n'est pas de nous faire faire un catalogue des régulations des enzymes de restrictions, mais de nous faire appliquer ce calcul.

    Yoyo, tu en penses quoi, de ce truc?

    Cordialement,

    -----

    An expert is one who knows more and more about less and less.
     


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  2. piwi

    Date d'inscription
    janvier 2005
    Localisation
    Strasbourg
    Âge
    40
    Messages
    7 852

    Re : Fréquence de sites de restriction

    Le calcul du nombre de sites qui ne seront pas clivés est bien celui-ci :
    * on divise 7000/256,
    * cela nous donne un facteur de perte d'actvité enzymatique de l'enzyme;
    * on divise le nombre total de sites de restriction (ici, on nous dit que c'est 100 pour Sau3A) par ce facteur et on aura le nombre de sites qui ne seront potentiellement pas digérés.
    Je ne comprends pas ce calcul. Je ne vois pas en quoi diviser le nombre de fragments générés (si ou coupe à 100% d'efficacité) avec la probabilité de couper donne quelque chose ressemblant à un rendement.
    De plus ce facteur de perte d'activité serait une fonction de l'organisme considéré et non pas de l'enzyme.

    Ca n'a pas de sens pour moi...
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
     

  3. MaliciaR

    Date d'inscription
    août 2007
    Localisation
    Europe
    Messages
    3 401

    Re : Fréquence de sites de restriction

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Je ne comprends pas ce calcul. Je ne vois pas en quoi diviser le nombre de fragments générés (si ou coupe à 100% d'efficacité) avec la probabilité de couper donne quelque chose ressemblant à un rendement.
    De plus ce facteur de perte d'activité serait une fonction de l'organisme considéré et non pas de l'enzyme.

    Ca n'a pas de sens pour moi...
    On est deux, Piwi...

    C'est pour cette raison que je pose la question. Encore, on m'aurait demandé de faire un calcul en bonne et due forme d'activité enzymatique comme en bioch, je veux bien comprendre pourquoi je le fais. Mais ça?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.
     

  4. Yoyo

    Date d'inscription
    janvier 2003
    Messages
    15 863

    Re : Fréquence de sites de restriction

    Ah ok,

    donc si Sau31 coupe a 100% on obtient en moyenne des fragments de 256nt.
    Or la tu obtiens des fragmenst de 7000nt. ce qui signifie que 1 site sur 27 ( a peu pret est coupé). Donc maintenant sur 100 sites tu sais qu'il y en a a peu pres 3 de coupé

    YOyo
     

  5. MaliciaR

    Date d'inscription
    août 2007
    Localisation
    Europe
    Messages
    3 401

    Re : Fréquence de sites de restriction

    Ah, ok...
    Donc, tout ce charabia totalement insensé était supposé nous mener ici

    Merci, Yoyo

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.
     


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  6. Yoyo

    Date d'inscription
    janvier 2003
    Messages
    15 863

    Re : Fréquence de sites de restriction

    de rien

    YOyo
     

  7. piwi

    Date d'inscription
    janvier 2005
    Localisation
    Strasbourg
    Âge
    40
    Messages
    7 852

    Re : Fréquence de sites de restriction

    Arg, je m'a fais eu en comprenant que l'on générait 7000 fragments (ce qui, à vue d'oeil, n'est pas choquant si on coupe toutes les 250 pb) et non pas que les fragments faisaient 7000pb.... Shame on me!!

    Comme quoi il faut toujours bien lire et ne jamais se relâcher. Une bonne leçon pour moi! (on a toujours besoin de petites leçons pour rester vigilant)

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
     

  8. MaliciaR

    Date d'inscription
    août 2007
    Localisation
    Europe
    Messages
    3 401

    Re : Fréquence de sites de restriction

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Arg, je m'a fais eu en comprenant que l'on générait 7000 fragments (ce qui, à vue d'oeil, n'est pas choquant si on coupe toutes les 250 pb) et non pas que les fragments faisaient 7000pb.... Shame on me!!

    Comme quoi il faut toujours bien lire et ne jamais se relâcher. Une bonne leçon pour moi! (on a toujours besoin de petites leçons pour rester vigilant)

    Cordialement,
    piwi
    C'est la première fois que je te vois faire une erreur et c'est rassurant

    Sinon, pour continuer sur le thème, j'ai une question de pinailleuse
    La fin de cet exo est : combien de clones indépendants N sont nécessaires pour obtenir avec une probabilité P= 0.99 un clone particulier?

    Le nombre de clones indépendants N: dépend de la taille du génome G représenté dans la banque et de la taille moyenne des fragments clonés L (inserts).
    N peut être déterminé avec la formule suivante :

    N = [log (1- 0,99)] / [log (1- L/G)]

    L= 7 kpb, G= 6,3*10^3 kpb => N = 4110 clones

    (Faut que j'utilise le Latex la prochaine fois).

    Ma question est : pourquoi log?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.
     


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