voie NMD

[invite06b27435]

Bonjour,
J'aurais une question sur la voie NMD(nonsense mediated mRNA decay):
si j'ai bien compris après l'épissage, des complexes protéiques se mettent sur les jonctions exon-exon et s'il y a un codon prématuré en amont de la derniere jonction, le complexe protéique n'est pas éliminé au passage du ribosome et envoie un signal pour que l'ARNm soit dégradé. Mais on nous a dit que l'ARNm serait degradé que si le codon stop est en amont de 50 nt du dernier nt de l'exon où il y a la mutation,s'il est en aval, l'ARNm ne serait pas dégradé mais on aurait une protéine tronquée.
Alors dansle cas suivant: par ex, le codon stop prématuré est dans l'avant dernier exon donc le dernier complexe proteique n'est pas éliminé donc l'ARN devrait etre degradé mais il est à 20 nt du dernier nt de l'exon donc selon la regle, on doit avoir une proteine tronquée?? Je ne vois pas comment si l'ARNm est tout de suite degradé?
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[Yoyo]

Salut

Pour que la NMD se mette en place il faut que le ribosome arrive au niveau du codon stop. Si a ce moment la, il y a un complexe EJC en 3' alors il y a activation de la voie NMD.

dans ton exemple si j'ai bien compris ton codon stop est a 20nt de la derniere jonction exon-exon, dans ce cas en effet le ribosome a deja decroché le complexe EJC avant d'arriver au niveau du codon stop. Il n'y a donc pas d'activation de la NMD

YOyo

[invite06b27435]

Merci d'avoir répondu!
En fait, dans mon exemple, le codon stop est dans l'avant dernier exon donc il y a quand même le dernier complexe proteique qui n'est pas enlevé non?

[Yoyo]

Merci d'avoir répondu!
En fait, dans mon exemple, le codon stop est dans l'avant dernier exon donc il y a quand même le dernier complexe proteique qui n'est pas enlevé non?

l'avant dernier exon n'a plus qu'une jonction exon exon en 3'... le dernier exon n'en n'a pas!
es tu sur de ce que tu dis?

YOyo

EDIT: expl: ex1--intr1--ex2--intr2--ex3--int3--exon4.
il est ou ton codon stop dans ton expl? dans l'ex3?

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite06b27435]

Oui dans ex3 qui est l'avant dernier

[Yoyo]

Oui dans ex3 qui est l'avant dernier

Il n'y a donc plus de jonction exon-exon apres. si le stop est a 20nt de la jonction avec l'ex4 alors il n'y aura pas de NMD

YOyo

[invite06b27435]

La jonction exon3-exon4 n'est pas compté comme une jonction ex-ex?

[Yoyo]

La jonction exon3-exon4 n'est pas compté comme une jonction ex-ex?

evidemment que si! mais tu as dit dans ton ennoncé que le codon stop etait a 20nt de cette jonction... dans ce cas la il n'y a pas de NMD.

Yoyo

[invite06b27435]

Salut

Pour que la NMD se mette en place il faut que le ribosome arrive au niveau du codon stop. Si a ce moment la, il y a un complexe EJC en 3' alors il y a activation de la voie NMD.

dans ton exemple si j'ai bien compris ton codon stop est a 20nt de la derniere jonction exon-exon, dans ce cas en effet le ribosome a deja decroché le complexe EJC avant d'arriver au niveau du codon stop. Il n'y a donc pas d'activation de la NMD

YOyo

Le codon stop est a 20nt en AMONT de la derniere jonction, alors comment le ribosome a decroché le dernier EJC puisqu'il n'y est pas arrivé?

[Yoyo]

Le codon stop est a 20nt en AMONT de la derniere jonction, alors comment le ribosome a decroché le dernier EJC puisqu'il n'y est pas arrivé?

Ben si il est arrivé a la jonction, puisque le codon stop se trouve au site 1 du ribosome (qui se trouve grosso-modo au milieu du ribosome). Il faut penser que l'extremité physique du ribosome ne s'arrete pas sur le codon stop (le ribosome couvre une region d'environ 30-35nt).
ceci dit je ne suis pas sur que les raisons précises de ce minimum de distance soient connues.

YOyo

[invite06b27435]

Ben si il est arrivé a la jonction, puisque le codon stop se trouve au site 1 du ribosome (qui se trouve grosso-modo au milieu du ribosome). Il faut penser que l'extremité physique du ribosome ne s'arrete pas sur le codon stop (le ribosome couvre une region d'environ 30-35nt).
ceci dit je ne suis pas sur que les raisons précises de ce minimum de distance soient connues.

YOyo

Ah d'accord!
Effectivement, je croyais que le ribosome s'arretait tres precisement au niveau du stop, la je comprends un peu mieux.
Merci pour tes reponses