Des questions sur des protéines :o)

[MaliciaR]

Chers 'zamis et voisins

Voilà que la Malicia a décidé (il y a précisément 17 min 35 sec 26 ) de se lancer dans l'introduction de son rapport de stage... Chose dite, chose faite, mais voilà que le premier papier que je reprends me fait me poser quelques questions que je vous soumets, dans le cas contraire je risque le somnambulisme aigu Je traite des protéines STAND (Signal Transduction ATPases with Numerous Domains) et plus particulièrement de deux protéines de la sous-classe ASCE, l'une bactérienne (facteur de transcription) et l'autre humaine (impliquée dans la réponse innée à des infections bactériennes).
Le papier dont je parle (est très bien, bourré d'alignements de séquences et d'arbres phylogénétiques, bref un bonheur insoutenable ) est de Leipe, Koonin & Aravind.

Première question un peu du même ordre que "Pourquoi les lapins ont des oreilles longues?" : on sait tous que l'énergie libérée par l'hydrolyse de NTP est essentielle à la cellule; et typiquement ces NTP ne sont pas autres mais ATP et GTP (en moindre mesure). La question est : pourquoi? Y aurait-il des études portant sur cette "mode" cellulaire, du genre quantité d'énergie libérée ou que sais-je...?

La deuxième question porte sur des trucs du M&M :
* les gars ont utilisé T-Coffee? Qu'est-ce précisément (outre un programme d'alignement...)?
* qu'est-ce que le Gibbs sampling algorithm?

Demain, j'en aurais d'autres

Merci pour les réponses


Cordialement,
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[Alegs]

Première question un peu du même ordre que "Pourquoi les lapins ont des oreilles longues?" : on sait tous que l'énergie libérée par l'hydrolyse de NTP est essentielle à la cellule; et typiquement ces NTP ne sont pas autres mais ATP et GTP (en moindre mesure). La question est : pourquoi? Y aurait-il des études portant sur cette "mode" cellulaire, du genre quantité d'énergie libérée ou que sais-je...?

Bonsoir!!
Malgré mon ptit niveau, je vais tenter un semblant de réponse, c'est la moindre des choses! -_-
Mon niveau de biochimie permettant de répondre partiellement à la 1ère question, je ne pense pas pouvoir mieux aborder que toi la seconde question (à part une recherche sur le net longue et laborieuse, bref, que tu auras peut être déjà faite) Gibbs on dirait Gibbs-Donnan mais je suis traumatisé de physiologie rénale et compartimentale, et M&M avec coffee, ça me fait penser manger, je sais pas pourquoi...

Déjà, tu penses que ce serait plutôt à cause de l'énergie fournie qu'on aurait une différence, mais je ne pense pas que ce soit à ce niveau là. Je donnerais d'autres pistes par la suite pour étayer. (pfew, le newbie se rebiff!! )

• Je crois qu'on utilise aussi mais de façon presque négligeable du CTP. Donc il ne faut peut être pas se limiter aux purines pour les transferts de phosphates
• On passe facilement de l'un à l'autre en utilisant une nucléoside diphosphate kinase. Donc équivalent quel que soit le nucléotide.
• D'ailleurs l'ATP régule la formation de GTP et vice versa (mais je pense que ce n'est qu'un ptit rappel ^^)
• Euh, je n'ai jamais vu d'uracile mono-cyclique, seulement des cAMP et des cGTP (peut être liés?)

Ensuite, je crois que si l'ATP est si utilisé, c'est bien parce que c'est l'adénine qui est un nucléotide pratique sur pas mal de point de vue: peut être une synthèse plus facile? Peut être la trouve-t-on plus facilement dans notre alimentation?
Par exemple pour la synthèse, l'adénine a l'air moins coûteuse que la guanine et les autres car elle n'utilise pas d'oxygène.

Puis, on a un certain mécanisme d'échanges qui fait que le GDP devient GTP en piquant un phosphate à l'ATP, et ce dernier, devenant donc ADP, ne redevient ATP qu'après la fameuse phosphorylation oxydative.

Autrement, l'adénine est également utilisé pour des coenzymes comme le NAD, NADP, FAD...

Quand notre prof de biochimie nous a annoncé qu'on utilisait de l'ATP préférentiellement, moi aussi je me suis demandé pourquoi ce choix de l'adénine... Je ne sais plus comment il a conclut sur le sujet, soit en disant que c'était pas de notre programme de cette année donc un gros cf sur la 2de année, ou alors il a juste dit qu'on pouvait aussi utilisé les autres nucléotides avec l'enzyme dont j'ai parlé, et puis il me semble mais ça m'intrigue parce que je ne l'ai trouvé nul part, c'est une histoire comme quoi on avait une répartition des tâches, et que la guanine était mieux vues dans certaines réactions, et l'adénine avec d'autres.


Bref, à creuser et ça m'intéresse aussi!! Merci d'avoir posé ta question n°1 MaliciaR, et j'espère que quelqu'un viendra préciser!!

[Alegs]

Ree...!
T-coffee version 2.00 peut combiner les séquences et les structures!
Sinon va voir chez les matheux pour les algorithmes... ^^

Sur ce moi je dis bonne nuit, j'ai pu ainsi révisé un peu mes nucléotides depuis la fenêtre biochimique au passage!!

[Alegs]

Pardon je voulais juste repréciser, en tombant dessus pendant mes révisions de bioch: l'UTP/UDP servent préférentiellement dans la glucogénogénèse

Bonne soirée!!

[A voir en vidéo sur Futura]

[MaliciaR]

Hello,

Merci, Alegs, d'avoir pris le temps de rédiger tout ça Le hic est que cela ne répond pas à ma question (aussi "bizarre" soit-elle ). Peut-être ai-je mal posé la question...
Je ne demande pas un rappel sur les fonctions des autres NTP, je demande quelle est la différence fondamentale entre une hydrolyse d'ATP/GTP (essentielle dans la vie cellulaire en tant que source d'énergie) et celle de CTP/TTP (pas utilisée comme source d'énergie). Y a-t-il une différence à ce niveau ou est-ce que ces NTP sont nécessaires ailleurs, d'une manière telle qu ne le sont pas ATP et GTP? Autrement dit, est-ce que TTP et CTP sont indispensables pour certaines fonctions cellulaires et ne sont pas utilisés pour production d'énergie, à condition que leur hydrolyse produise la même quantité d'énergie que celle d'ATP et de GTP? Franchement, étant donné qu'il s'agit d'enlever le phosphate gamma lequel est le même dans tous les NTP, je ne vois pas pourquoi l'énergie produite serait différente...


Cordialement,

[piwi]

Pour être exact, on peut dire que le seul donneur d'énergie des nucléotides est l'ATP. En effet, dans les réactions ou le GTP sert de donneur on peut voir très rapidement le GDP régénéré en GTP grâce à un P donné par l'ATP. Idem pour les très rares réactions où c'est du CTP.
Du coup la question est quelque peu modifiée puisqu'il suffit à présent de se demander pourquoi seulement l'ATP. Je n'ai pas absolument la réponse mais j'aurais tendance à penser que la réponse se trouve au niveau structural. Pour hydrolyser le P Il faut que les enzymes reconnaissent et placent correctement l'ATP. A mon avis ce qui change tout ce sont les pompes à protons mitochondriales. Elles sont là et produisent de l'ATP, dés lors dans le cadre d'une endosymbiose on détourne l'intérêt de cette pompe pour en faire une source d'énergie. L'ATP ne manque pas. Le plus intéressant est de bâtir toute machinerie nécessitant de l'énergie autour de cette source intarissable. Dans ce cadre, produire des enzymes pour tous les NTP me semble couteux et finalement peu intéressant.

Tout ceci n'est que la vision que je m'en fais bien évidemment

Cordialement,
piwi

[MaliciaR]

C'est intéressant ce que tu dis, Piwi
J'avoue ne pas y avoir pensé J'essaierai de fouiller pour d'éventuels papiers parlant de systèmes de production d'énergie différents, notamment chez les Rikettsii, puisque l'on considère que les mitochondries leurs sont les plus proches comparativement aux autres familles bactériennes.
C'est bête que ce papier ne parle que des ATPases

A bientôt pour d'autres nouvelles, j'espère! (Et pour d'autres questions, surement...)


Cordialement,

[invite217f3aaa]

Salut,

Pour l'ATP comme source majoritaire d'énergie : on dit que l'ATP est une monnaie d'échange. En poursuivant la métaphore il est compréhensible que les enzymes d'une même cellule, par souci d'efficacité, aient toute adoptées le même système monétaire. Je sais c'est affreusement finaliste.

Autrement dit, est-ce que TTP et CTP sont indispensables pour certaines fonctions cellulaires..

Avec d'autres NTP, CTP sert à la synthèse d'ARN
CTP entre dans les voies impénétrables de biosynthèse des phospholipides.

[gorben]

Salut,

Tout a fait d'accord avec la vision de Piwi, faire de l'un des NTP le donneur universel d'energie est le plus simple et le moins couteux pour les organismes (d'autant plus que les cellules savent tres bien passer d'un NTP a l'autre). Par contre, la ou je peux le comprendre pour les eucaryotes (endosymbiose d'un procaryote pour former une mitochondrie, besoin limite d'adaptation rapide) il apparait par contre moins clair pour les procaryotes. Ces derniers ont besoin d'une adaptation rapide pour leur survie. A partir de la, construire un systeme energetique dependant uniquement d'une proteine (ATP synthetase) peut etre prejudiciable ! Heureusement les bacteries sont bien faites, et l'ATP synthetase bien que tres tres importante peut etre bypass au profit de certains sacrifices.

Pour être exact, on peut dire que le seul donneur d'énergie des nucléotides est l'ATP.

La je ne suis pas d'accord, les deux mecanismes les plus gros consomateurs d'energie sont la replication et la transcription. Or l'energie necessaire pour ces deux fonction provient de l'hydrolyse du NTP correspondant en NDP. L'ATP est donc loin d'etre le seul donneur d'energie de la cellule, bien que ce soit le majeur implique dans les mecanismes annexes.

Pour repondre a la question, il me semble avoir lu quelque part que l'ATP presentait le meilleur rapport "energie libere/cout de synthese". C'est peut etre pour cela que c'est ce nucleotide qui a ete selectionne pour etre la base energetique de la cellule.

A+

[MaliciaR]

Hello,

Comme c'est mon sujet "tout protéique" je préfère poser la question plutôt que d'en ouvrir un autre. Qu'est-ce qu'un motif tetratricopeptide?

Merci


Cordialement,

[piwi]

Un peptide à 4 poils?

Sinon je verrais bien un peptide avec un domaine à 4 longues hélices alpha (sans garanti).
En fait, j'ai un peu vérifié et c'est un domaine composé d'une paire d'hélices alpha antiparallèle de même longueur (pour qu'elles soient antiparallèles il en faut deux et comme on a une paire on en a bien 4).
On le trouve quand même dans des protéines très connues telles que APC, HSP90 (protéines chaperonnes), cdc 16...

Un lien vers PFAM pour aller plus loin: http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=PF07719
Cordialement,
piwi

[invited32a0869]

une petite recherche dans google avec le simple mot tetratricopeptide te donnera rapidement la réponse, dès le 1er lien..

(c'est marrant j'ai déjà lu ça quelque part...)

[MaliciaR]

Un peptide à 4 poils?

Excellent!

Sinon je verrais bien un peptide avec un domaine à 4 longues hélices alpha (sans garanti).
En fait, j'ai un peu vérifié et c'est un domaine composé d'une paire d'hélices alpha antiparallèle de même longueur (pour qu'elles soient antiparallèles il en faut deux et comme on a une paire on en a bien 4).
On le trouve quand même dans des protéines très connues telles que APC, HSP90 (protéines chaperonnes), cdc 16...

Un lien vers PFAM pour aller plus loin: http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=PF07719
Cordialement,
piwi

Oki doki, merci En fait, il s'agit d'une protéine avec une structure totalement prédictionnelle avec un domain putatif en C-ter au sein duquel il y aurait cette structure putative Je me disais bien que j'aimais pas les protéines...

une petite recherche dans google avec le simple mot tetratricopeptide te donnera rapidement la réponse, dès le 1er lien..

(c'est marrant j'ai déjà lu ça quelque part...)

Beh si je pose la question c'est que j'ai déjà essayé de trouver une info accessible Càd qu'en tapant le mot sur Google, j'ai en effet eu plein de liens, mais si je dois lire tous les articles contenant le mot, je ne suis pas sortie de l'auberge. Et franchement, j'avoue que ce n'est pas vraiment ce que j'aimerais faire dans l'immédiat


Cordialement,