Numérotation des sites de restriction

[invite23842d28]

Bonjour à tous j'aimerais savoir comment on numéroté les sites de restriction sur un plasmide. Je dois numéroter les sites de restriction de l'insert d'un plasmide recombinant et je ne sais pas comment faire. Merci d'avance pour la réponse.
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[Yoyo]

salut

la numérotation correspond au premier nucleotide du site de restriction. Le 0 est généralement donné sur le plasmide. sinon il est pris de maniere arbitraire.

Yoyo

[invite23842d28]

Je n'ai pas compris votre réponse. Je vais essayer d'expliciter ma question. En fait j'ai un plasmide psp72 et un insert pst1 et entre le promoteur sp6 et le site de restriction pst1(l'insert) il y'a un écart ce qui est normal. Mais le site de restriction pst 1 porte le numéro 32 et je n'ai pas compris comment le prof a trouvé ça.

[piwi]

On ne numérote pas les sites mais les nucléotides. Pour cela on pose de manière arbitraire un nucléotide 1. Dans le pSP c'est la fin du primer_SP6 qui définit ce 1. Ensuite on remonte le plasmide et le nucléotide 32 est le premier nucléotide du site Pst1.
primer SP6-----------------Pst1
-------------->----------------------------------------
---------------1---------------32

On pourrait le montrer en faisant la carte de restriction ou encore en séquencant le plasmide.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite23842d28]

Merci pour ces réponses. J'aimerais aussi savoir comment fait on pour trouver le brin codant de l'insert d'un plasmide et la définition d'insertion directionnelle et insertion non directionnelle. Merci d'avance.

[jmbowie]

Merci pour ces réponses. J'aimerais aussi savoir comment fait on pour trouver le brin codant de l'insert d'un plasmide et la définition d'insertion directionnelle et insertion non directionnelle. Merci d'avance.

On trouve le brin codant en regardant quel est le brin qui porte le gène (dans le sens CodonSTART-->CodonSTOP) qui nous intéresse. Le brin codant est celui sur lequel tu lis la séquence de ta protéine.

On parle d'insertion directionnelle dans un vecteur quand l'on maîtrise le sens de son insertion dans le vecteur, par exemple parce que l'on a choisit de procéder par clonage avec 2 sites de restrictions incompatibles ( chaque extrémité de l'insert se ligera à la seule extrémité compatible du vecteur).
L'insertion n'est pas directionnelle si ton insert est susceptible de s'intégrer dans un sens ou dans l'autre (les 2 mêmes extrémité pour l'insert, clonage avec des T/A chevauchants, etc.)