Mise en évidence système SOS bactéries

[invite01910fb7]

Bonjour jeunes gens !

Je voudrais travailler sur le système SOS des bactéries mais je ne sais absolument pas comment m'y prendre ...
En fait, je voudrais montrer le maintien de l'info génétique grâce au système SOS.

Pour commencer, quelles bactéries ??? Levures, c'est le plus simple non ? Et puis ça se trouve dans un lycée (je suis en prépa BCPST2)...

Ensuite, je voudrait les passer sous UV et voir leur "réaction" au niveau microscopique, soit : comparaison "morphologique" des bactéries entre elles, évolution de la population et "allure" des nouvelles bactéries formées s'il y en a, durée de vie ...

Pourrais-je à votre avis aller plus loin ? Je ne sais vraiment pas comment ni ce que je voudrais voir, mais sans ça mon travail me paraît un peu léger ...
Et dans tout ça, je ne mets finalement pas en évidence le système SOS ...

Si vous aviez des idées ... !

Merci beaucoup ! A+ !
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[jmbowie]

Bonjour jeunes gens !

Je voudrais travailler sur le système SOS des bactéries mais je ne sais absolument pas comment m'y prendre ...
En fait, je voudrais montrer le maintien de l'info génétique grâce au système SOS.

Pour commencer, quelles bactéries ??? Levures, c'est le plus simple non ? Et puis ça se trouve dans un lycée (je suis en prépa BCPST2)...

Ensuite, je voudrait les passer sous UV et voir leur "réaction" au niveau microscopique, soit : comparaison "morphologique" des bactéries entre elles, évolution de la population et "allure" des nouvelles bactéries formées s'il y en a, durée de vie ...

Pourrais-je à votre avis aller plus loin ? Je ne sais vraiment pas comment ni ce que je voudrais voir, mais sans ça mon travail me paraît un peu léger ...
Et dans tout ça, je ne mets finalement pas en évidence le système SOS ...

Si vous aviez des idées ... !

Merci beaucoup ! A+ !

Bonjour,

Il faudrait que tu sois sur de ce que tu veux montrer: quand tu parles de maintien d'info génétique, es-tu sûr que tu ne parles pas plutôt de maintien de l'intégrité de la molécule ADN?
Tu veux réaliser des expériences qui permettent de mettre en évidence la façon dont les cellules (les bactéries sont plus faciles à manipuler à mon avis) se protègent des dommages à l'ADN, et ceci grâce au système SOS.
Il faut donc que tu utilise un test dont tu sois sûr qu'il y ait dommage à l'ADN: l'exposition aux UV est une bonne idée, et fonctionne: mais tu as intérêt à choisir une dose faible et ne pas dépasser les 10sec: tu devrais faire des essais de viabilité (tu exposes et tu étales) en fonction de l'intensité et la durée de la dose aux UV.
Pour montrer que c'est le système SOS qui leur permet de survivre un peu plus longtemps, tu devrais utiliser la même souche bactérienne avec (ou sans) un composant de ce système, et voir si quelque chose change (viabilité plus longtemps, à plus forte dose, etc.)
Bon courage

[jmbowie]

Je viens de me dire que tu pourrais essayer un truc, c'est de faire des expositions en rajoutant des antioxydants, voir si la létalité des cellules est significativement retardée/modifiée en leur présence: cela te permettrait de montrer la façon dont l'ADN est endommagé (via la production de radicaux libres): tu trouves des antioxydants dans des tonnes de produits. Tu peux aussi faire ton stress avec de l'eau oxygéné plutôt que des UV, et certains antibiotiques (quinolones).
En te renseignant sur les toutes premières expériences sur le système SOS, tu devrais pouvoir être bien inspiré aussi

[MaliciaR]

Hello,

Je voudrais travailler sur le système SOS des bactéries mais je ne sais absolument pas comment m'y prendre ...
En fait, je voudrais montrer le maintien de l'info génétique grâce au système SOS.

Ce serait mieux que tu précises un peu plus tes connaissances... Que connais-tu du système SOS chez les bactos?
Quelle est ton hypothèse de départ liant le maintien de l'information génétique et le système SOS?

Pour commencer, quelles bactéries ??? Levures, c'est le plus simple non ? Et puis ça se trouve dans un lycée (je suis en prépa BCPST2)...

Pour commencer, tu peux essayer de te renseigner sur ce qu'est une levure et ce qu'est une bactérie Une levure c'est un Eucaryote, une bactérie - un Procaryote...


Avant de penser aux expériences que tu voudrais faire, ce serait mieux de définir ce que tu cherches à démontrer. Et ça passe par une énorme documentation bibliographique laquelle risque d'être un peu difficilement accessible à ton niveau.

Entendons-nous bien : je ne cherche pas à te casser ou décourager, au contraire Mais on ne fait pas de la recherche juste comme ça, sans cadre précis et questions claires


Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite01910fb7]

Il faudrait que tu sois sur de ce que tu veux montrer: quand tu parles de maintien d'info génétique, es-tu sûr que tu ne parles pas plutôt de maintien de l'intégrité de la molécule ADN?

Oui, c'est plutôt ça. J'assimile souvent les deux ... Arg ! Désolée ...

Sinon, ok pour l'exposition au UV : pas trop longue + test avant d'expérimenter quoi que ce soit.
Ok aussi pour l'eau oxygénée et les antibiotiques !


Pour répondre à MaliciaR, je sais que le système SOS est un système de réparation mutagène de l'ADN : il est utilisé en dernier recours, lorsque la survie de la cellule est engagée. Il permet de faire au "moins pire": réparer l'ADN de manière un peu hasardeuse pour sauver la bactérie, ce qui entraine des mutations mais de conséquences plus benignes.
Le système SOS fonctionne lorsque LexA, le répresseur des gènes impliqués, est détruit par fixation à la recombinase A et à l'ADN. Cela permet donc d'activer les gènes SOS et de former des protéines umuD (qui subit une maturation par recA) et umuC qui s'associent et permettent la réplication fautive (avec l'aide de recA).
D'où ma question : comment peut-on changer

un composant de ce système

????
Nous avons étudié en cours uniquement la partie théorique : je ne vois donc absolument pas quel composant on pourrait enlever, ajouter ....

Sinon, pour les anti-oxydants : si j'ai bien compris, ils détruisent l'ADN ----> radicaux libres que l'on peut mettre en évidence (par précipitation grâce à je-ne-sais-quoi, comme lorsque le code génétique a été établi par exemple ... C'est ça ?? )

MaliciaR, je suis franchement démoralisée que tu me dises que je n'ai pas le niveau ... Sniff ... Lol ! Non, ce n'est pas vrai . Je comprends, mais je ne m'attendais vraiment pas à ça !!!!

Toutes mes excuses pour la confusion levure/bactéries ... J'ai vraiment honte pour le coup ... Arg !
C'est sûrement pour ça que tu dis que je n'ai pas le niveau ...

En tout cas merci pour toutes ces infos et tout ces "redressements" !!
J'aime autant vous prévenir : désolée de couper cours au sujet comme ça mais je pars en vacances demain pour 2 semaines ... Sans internet ! Oups !
Sorry !! Je vous réponds dans deux semaines alors !!!
Ciao !

[jmbowie]

Salut,

Pour le "composant", il me semble qu'il y en a pas mal dans le système SOS..., d'ailleurs tu en évoques un non (LexA) ?
A ce propos, tu devrais réviser la façon dont est inactivé LexA, c'est un poil plus complexe avec pour mots-clés: recA, filaments, autoprotéolyse, etc.

Bon courage, hésite pas à me contacter par MP pour des infos

[MaliciaR]

Salut,

Tu devrais prendre ton mal en patience Il y a pas mal de choses qui sont connues sur les systèmes de réparation et sur SOS chez les bactos. Voilà quelques revues récentes prises au hasard sur Pubmed :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1...ubmed_RVDocSum
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1...ubmed_RVDocSum
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1...ubmed_RVDocSum

MaliciaR, je suis franchement démoralisée que tu me dises que je n'ai pas le niveau ... Sniff ... Lol ! Non, ce n'est pas vrai . Je comprends, mais je ne m'attendais vraiment pas à ça !!!!
(...)
C'est sûrement pour ça que tu dis que je n'ai pas le niveau ...

Il ne faut pas te démoraliser... mais tu en BCPST! Si on faisait de la recherche comme ça, en claquant des doigts, tout le monde serait chercheur Ce que vous avez vu est le truc classique qu'on rabache aux élèves, je ne suis même pas sûre que vous ayez bien saisi la chose, encore moins - que vos infos soient actualisées. Oui, exposer les bactos aux UV pendant 10 sec... et alors? Tu vas refaire un truc qui a été fait il y a des dizaines d'années Attend un peu d'avoir des connaissances plus approfondies : de voir d'autres espèces bactériennes, pas que coli, d'avoir des outils génétiques pour pouvoir formuler une vraie question, etc.

Bonnes vacances et à bientôt


Cordialement,

[invite00741f8b]

J'pense pas vraiment qu'elle est le temps d'avoir des connaissances plus approfondies..Si elle demande tous ces renseignements j'suppose que c'est pour préparer son TIPE sur l'information,donc on verra pas vraiment autres chose que Coli, ou alors si on le fait c'est trop tard.Moi ça m'inquiète, j'suis en BCPST mais j'ai jamais entendu parler de système SOS chez les bactéries..Et si jamais on voit ça que en 2e année, c'est qu'elle a déja fait le programme et qu'elle va refaire le même, donc qu'elle ne verra aucun autre type bactérien..
Après c'est un TIPE donc forcément ça ressemble plus a un TPE qu'à un projet de recherche, mais biensur la première étape,et pas la plus facile, c'est la documentation..

[invite00741f8b]

Je suis pas sur que l'on voit d'autres espèces de bactéries assez rapidement..puisque je suppose que toutes ces infos c'est pour le TIPE sur l'information.Forcément un TIPE ressemble plus a un TPE qu'à un projet de recherche, surtout les expériences sur l'adn (qui est pourtant la première chose a laquelle on pense en lisant "information") étant donné les moyens qu'on a en lycée..Bonne vacances également, et bonne chance pour ton TIPE, j'pense que tu tiens une bonne idée.

Dsl pour le double post j'ai bugué, et enfait si j'ai entendu parler de la réponse SOS, autant pour moi..

[invite01910fb7]

Pour le "composant", il me semble qu'il y en a pas mal dans le système SOS..., d'ailleurs tu en évoques un non (LexA) ?
A ce propos, tu devrais réviser la façon dont est inactivé LexA, c'est un poil plus complexe avec pour mots-clés: recA, filaments, autoprotéolyse, etc.

[ retour de vacances, merci de votre patience !]

Alors ok, il y a LexA ... Et après ??? Je ne sais pas vraiment ce que c'est un fait ... Nous l'avons uniquement vu en cours sous le méchant terme de "répresseur" ... C'est une protéine ? Il est possible de l'enlever ???? Comment ? J'avoue que je ne vois absolument pas ...

En ce qui concerne les mots clés, "recA" ok, "autoprotéolyse" à la limite et encore, mais alors "filaments" je sais pas d'où ils sortent !! ^^

Merci de ton aide en tout cas !

[invite01910fb7]

Touché thp2392 ! ^^
Oui c'est pour mon TIPE, je ne cherche pas à le cacher et je pense que vous l'aviez compris ... Je trouve juste plus enrichissant de ne pas mentionner ces détails, parce que les réponses ne tiennent pas compte du cadre et cela me permet de voir plus loin ...

Merci pour la "bonne idée" !
A+ !

[jmbowie]

[ retour de vacances, merci de votre patience !]

Alors ok, il y a LexA ... Et après ??? Je ne sais pas vraiment ce que c'est un fait ... Nous l'avons uniquement vu en cours sous le méchant terme de "répresseur" ... C'est une protéine ? Il est possible de l'enlever ???? Comment ? J'avoue que je ne vois absolument pas ...

En ce qui concerne les mots clés, "recA" ok, "autoprotéolyse" à la limite et encore, mais alors "filaments" je sais pas d'où ils sortent !! ^^

Merci de ton aide en tout cas !

En absence de conditions de stress oxydatif, LexA se fixe sur des opérateurs de nombreux gènes, généralement chevauchant leurs promoteurs.
Sous l'effet d'un stress, l'accumulation des dommages à l'ADN génère des arrêts de réplications et entraîne la réponse SOS pendant laquelle recA forme des nucléofilaments avec l'ADN au niveau de régions simple brins d'ADN: la protéine LexA a plus d'affinité pour ces filaments que pour ces opérateurs ce qui lèvent la répression et induit l'expression des gènes. Il y a des séquences consensus (des séquences types) pour la fixation de LexA.
Voilà en gros, parce que j'ai des manips à lancer
A plus

[invite01910fb7]

Ok !!! Reçu 25 sur 5 !! Je comprends bien le fonctionnement, mais j'avoue que ce n'est absolument pas ce qu'on a étudié en cours ... Pourtant ce n'est pas beaucoup plus complexe ... Bref !
Merci pour ces infos et bonnes manip !!

[invite00741f8b]

J'ai appris quelquechose ça fait plaisir .
Mais pour revenir aux expériences qui permettent de montrer que c'est bien ce phénomène SOS qui permet le maintien de l'intégrité de l'ADN, il faudrait étudier des souches avec et sans recA ou lexA.Donc soit utiliser des mutants, soit trouver des inhibiteurs..Et je ne vois pas trop comment se procurer l'un ou l'autre..

[invite01910fb7]

C'est bien la question que je me pose ...

(Encore mille fois désolée mais je repars en vacances -en stage en fait- jusqu'au 30... Merci de votre aide!)

[jmbowie]

J'ai appris quelquechose ça fait plaisir .
Mais pour revenir aux expériences qui permettent de montrer que c'est bien ce phénomène SOS qui permet le maintien de l'intégrité de l'ADN, il faudrait étudier des souches avec et sans recA ou lexA.Donc soit utiliser des mutants, soit trouver des inhibiteurs..Et je ne vois pas trop comment se procurer l'un ou l'autre..

Les souches recA sont assez faciles à trouver: DH5alpha d'E.coli par exemple. Pour les souches DeltaLexA , c'est plus particulier donc plus difficile. Le mieux est de demander à un labo qui travaille dessus. En plus je crois que les mutants lexA d'E.coli ont des soucis de septations et doivent donc être mutés pour un autre gène.
Bon courage!

[invite01910fb7]

[REVENUE !!]

Ok d'ac !!! Merci !
(Vous ne pourriez pas me dire OU "les souches recA sont assez faciles à trouver" par hasard ?)

[jmbowie]

Et bien, DH5alpha par exemple est recA-

Après il faut demander à des labos

[invite01910fb7]

Ok !!!

Merci beaucoup pour votre aide !!!
Je pense que j'aurai encore tout plein de questions à vous poser par la suite !!^^

Ciao !