La charge des protéines à pH=7

[invitec3ed3173]

Bonsoir,

Je lutte sur une notion qui n'est pas si compliquée que ça normalement:

Je cherche à comprendre ce qui est à l'origine de la charge d'une protéine à pH=7.
Si j'ai bien compris, les extrémités N-terminale (NH3+) et C-terminale (COO-) ne comptent pas dans la mesure où, à pH neutre, ces deux extrémités se neutralisent.
le prof a ainsi dit que les causes de la charge d'une protéine sont les chaînes latérales des acides aminés.
Mais alors j'ai du mal à voir parmi les 5 AA chargés à pH neutre (, la raison pour laquelle ces derniers le seraient. Là, NH3+ et COO- de ces 5 AA sont aussi "muets": qu'est ce qui les rend chargés?

En gros, j'ai dû mal à comprendre d'où vient exactement la charge d'une protéine dans un milieu neutre.

Merci pour votre aide.
-----

[gorben]

Salut,

Ben si tu as un NH3+ sur une chaine laterale, la charge totale sera +1...
Si les extremites se neutralisent, ca ne veut pas dire qu'il n'y a pas de charge, mais juste que -1+1 ben ca fait 0

A+

[invite160a5434]

En fait la charge de la protéine vient de son pka, que tu peut trouver dans une table des matières des protéines. En fonction du pka de la chaine latérale et du pH, tu pourras déterminer si a un ph donné, la chaine latérale sera protonée ou déprotonné...

[invitec3ed3173]

Merci pour vos réponses, mais je dois dire que je trouve cela encore bien floue: comment peut-on avoir un NH3+ sur une chaine latérale de protéine sachant que ce dernier devrait être pris normalement dans la liaison peptidique (comme le COO-)?

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite0617f33f]

Certains acides aminés possèdent un deuxième groupement amine ou carboxyle, qui n'est donc pas pris dans la liaison peptidique.

[invitec3ed3173]

Merci pour vos réponses, je comprends mieux: tout est très clair pour le pH=7

J'aurais une dernière question (un peu HS): à pH très acide, est-ce que l'extrémité N-terminale est sous forme NH3+ et l'extrémité C-terminale sous forme COOH? En gros, est-ce que les extrémités N et C terminales interviennent dans la charge totale de la protéine?

Merci pour votre aide.

[invite9c78a1ce]

Oui, ces fonctions sont libres. Oui, et pour les charges faut savoir quel est le pHi, qui te donnera la forme zwiterionique ( pH pour laquelle ta protéine est neutre). Si pH < pH zwiterrion, alors ta protéines est chargée positivement, et inversement, je crois.

[invite160a5434]

En fait je pense que pour une compréhension optimale il faut avoir quelques bases en biochimie.

Pour savoir ce qu'il se passe pour les extrémités, et surtout pour le NH3 et le COOH, il faut réfléchir sur les possibilités que ces groupement ont d'etre protonné ou non. A l'état NH3+, toutes les liaisons possible de l'azote sont engagé : ce groupement ne peut que perdre un proton, et ne peut pas en capté.
Inversement avec COOH/COO-

[invitec3ed3173]

D'accord: Merci beaucoup pour vos réponses.

J'aurais cependant une dernière question:

Je ne vois pas pourquoi l'histidine est chargée positivement en milieu neutre: cela vient-il du "NH" du cycle? Devient-il "NH2+" en milieu neutre?

Si oui, dans ce cas pourquoi la proline n'est pas non plus chargée positivement?


Merci pour votre aide précieuse.

[invite6487dc7f]

C'est ça, mais la proline ne possède pas de N dans sa chaines latérale.
Le N du cycle est pris dans la liaison peptidique dans une protéine.

[invite8247a8af]

En fait la charge de la protéine vient de son pka, que tu peut trouver dans une table des matières des protéines. En fonction du pka de la chaine latérale et du pH, tu pourras déterminer si a un ph donné, la chaine latérale sera protonée ou déprotonné...

bonjour,
je ne vois pas comment déterminer la charge de la protéine suivant le pka : pouvez-vous m'expliqer ? j'ai bien les pka des chaines latérales du tableau en tete mais ne parvient pas à m'en servir.. je vois le rapport entre le ph et la charge de la chaine latérale. (ex : si lysine : pka 10 charge + ph en dessous de 10 mais comment trouver que la charge est + ?)pouvez vous m'aider ? en me donnant un exemple détaillé ?
merci par avance !!!!!!!!!!!!!