Phylum

[invite00986ce6]

bonjour,
pourrais je avoir la définition exact du mot phylum, et comment le lit-on par rapport à un arbre d'évolution (cela correspond-il à une branche partant d'un ancêtre commun et se terminant à une espèce ou taxon)?
Merci.
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[MaliciaR]

Salut,

bonjour,
pourrais je avoir la définition exact du mot phylum, et comment le lit-on par rapport à un arbre d'évolution (cela correspond-il à une branche partant d'un ancêtre commun et se terminant à une espèce ou taxon)?
Merci.

Le mot "phylum" est assez particulier... Disons que c'est l'étage entre Règne et Classe. Mais bon, c'est très cladiste comme vision de la classification et l'héritage zoologiste/botanique est très fort.
Du coup, je pense que tu comprends que ça n'a rien à voir avec la branche. La branche représente tout à fait autre chose. Selon toi, à quoi correspond la branche?

[invite00986ce6]

la branche serait ce qui relie du point de vue évolution, une espèce à une autre, avec des caractères dérivés bien définis.
J'ai peut être pas tout compris: donc un phylum correspond simplement à un groupe d'êtres vivants ? alors si c'est le cas, c'est quoi la différence par rapport au taxon?
Merci des réponses.

[MaliciaR]

la branche serait ce qui relie du point de vue évolution, une espèce à une autre, avec des caractères dérivés bien définis.

La branche représente la quantité d'évolution dans le cadre des phylogénies moléculaires...

Ce serait peut-être plus intéressant si tu précisais un peu ton contexte

J'ai peut être pas tout compris: donc un phylum correspond simplement à un groupe d'êtres vivants ? alors si c'est le cas, c'est quoi la différence par rapport au taxon?
Merci des réponses.

Je pense bien avoir précisé à quel étage dans la classification se situe ce groupe d'êtres vivants Relis et regarde un peu sur wiki ce que signifie phylum, ça répondra à ta question.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite00986ce6]

Alors je précise ma pensée: la définition d'un phylum dans la classification classique est elle la même que dans la classification cladistique? (et c'est cette dernière qui m'intéresse).
Et ma question était, quand je regarde un arbre d'évolution type cladogramme, pour moi les noms au bout des branches correspondent à des taxons, donc à quoi correspondent les phylum? J'espère ne pas être trop obtus ou pas assez affûté pour ne pas avoir saisi le sens de ta réponse.
Merci de l'intérêt porté à ce sujet.

[MaliciaR]

Alors je précise ma pensée: la définition d'un phylum dans la classification classique est elle la même que dans la classification cladistique? (et c'est cette dernière qui m'intéresse).

Je ne comprends pas la différence tu fais entre ce que tu appelles classification classique et ce que tu appelles classification cladistique. Pour moi, c'est la même chose. Il y a une différence entre la classification cladistique et l'approche moléculaire. Sauf si tu veux parler de la classification de Cuvier et une classification cladiste actuelle

quelle
Et ma question était, quand je regarde un arbre d'évolution type cladogramme, pour moi les noms au bout des branches correspondent à des taxons, donc à quoi correspondent les phylum? J'espère ne pas être trop obtus ou pas assez affûté pour ne pas avoir saisi le sens de ta réponse.
Merci de l'intérêt porté à ce sujet.

Non, tu n'es pas obtus, c'est juste ta question qui n'est pas claire. Donc, le truc est que taxon veut juste dire "un groupe organisé". Donc, un taxon peut être une espèce mais aussi bien un phylum. Donne un arbre et on verra
Ce qu'il faut bien comprendre c'est comment est construit le cladogramme, quels caractères sont pris en compte pour le faire. Les cladistes font de la classification par morphologie, ce qui implique que souvent tu auras de la paraphylie. C'est très différent de l'approche moléculaire où tu pars du principe d'homologie, donc tu n'auras que des taxa monophylétiques en bouts de branches.

Mais sois plus précis dans tes questions, donne des exemples qui te posent problème, dis quel niveau d'études tu as, sinon là je n'arrive pas super bien à comprendre ce que tu veux dire

[black adder]

Bonjour,
je ne suis pas tout à fait d'accord. Les cladistes refusent la paraphylie et ne fonctionnent que par homologie. De plus, on peut faire de la cladistique avec n'importe quel type de données, y compris des données moléculaires. Et pour en revenir à la définition de "phylum", c'est en fait un rang de taxon, tout aussi arbitraire que les autres rangs (classe, ordre, famille etc.), mais historiquement, il correspondait aux différents plans d'organisation (définis arbitrairement aussi).
à plus

[MaliciaR]

Bonjour,
je ne suis pas tout à fait d'accord. Les cladistes refusent la paraphylie et ne fonctionnent que par homologie.

Je me suis mal exprimée visiblement. Ce que je voulais dire c'est que dans la classification cladiste, l'homologie est très importante (et heureusement!). Mais comment expliquer alors le fait que la classification cladiste basée sur les caractères morphologiques ait permis des reconstructions avec des groupes paraphylétiques...? Par ailleurs, appliquer la parcimonie c'est bien gentil, mais rarement super efficace.

C'est en fait plus un ecueil que je voulais souligner plus haut qu'autre chose, mais je l'ai mal fait

De plus, on peut faire de la cladistique avec n'importe quel type de données, y compris des données moléculaires.

Euh, pas vraiment. La reconstruction phénétique fait du moléculaire, pas la cladistique. Et ils y tiennent beaucoup, à leur "non molécularité", les cladistes
Oui, tu peux faire de la parcimonie avec du moléculaire, si c'est ce que tu veux dire, mais ce n'est pas de la cladistique.

[black adder]

Recoucou. Bon, j'ai l'impression qu'il doit y avoir qq incompréhesions mutuelles (pas très grave, on est là pour les clarifier). Moi, ce qui me pose problème, c'est que je ne sais pas où tu as vu une classification cladiste avec des groupes paraphylétiques. Je m'explique. Le terme cladiste a été inventé (et était péjoratif d'ailleurs) pour appeler ces gens qui ne nommaient que des clades définis pas des synapomorphies (caractères dérivés partagés, pouvant être morph ou moléculaire d'ailleurs), donc uniquement des groupes monophylétiques. Et je persiste à dire qu'on peut faire de la cladistique sur des données moléculaires en identifiant synapomorphies soutenant des clades...
PS: désolé si je suis chiant...

[invite00986ce6]

alors en pièce jointe, si ça marche un arbre, tiré du lecointre. La cistude, le pigeon, le crocodile et la grenouille sont 4 taxons différents, non?
Le crocodile et la cistude constitue un groupe paraphylétique, qui n'est pa sreconnu par les cladiste, par contre les archosaures, crocodile et pigeon, forment un groupe monophylétique.
Donc pour en revenir au départ, ces 4 animaux représentent 4 taxons diffférents. Dans ce cas précis, quels sont les phylums représentés?
Encore merci.

[MaliciaR]

Recoucou. Bon, j'ai l'impression qu'il doit y avoir qq incompréhesions mutuelles (pas très grave, on est là pour les clarifier). Moi, ce qui me pose problème, c'est que je ne sais pas où tu as vu une classification cladiste avec des groupes paraphylétiques. Je m'explique. Le terme cladiste a été inventé (et était péjoratif d'ailleurs) pour appeler ces gens qui ne nommaient que des clades définis pas des synapomorphies (caractères dérivés partagés, pouvant être morph ou moléculaire d'ailleurs), donc uniquement des groupes monophylétiques. Et je persiste à dire qu'on peut faire de la cladistique sur des données moléculaires en identifiant synapomorphies soutenant des clades...
PS: désolé si je suis chiant...

Ce qui me pose problème dans ton message, c'est que "cladistique" a été inventé par Willy Hennig en 1950... Tu avoueras qu'il est très peu probable qu'il ait pensé à de la classification moléculaire Le premier article à en parler, c'est Zuckerkandl & Pauling en 1965. Donc, non, la classification cladistique repose sur l'homologie, mais les reconstructions (les arbres, quoi) ne sont faites qu'à partir de caractères morphologiques. Le principe utilisé est le principe de parcimonie. Mais ce principe n'est pas un modèle d'évolution pour autant, et ça a pu faire quelques dégâts.
Là, où tu confonds la cladistique et la phénétique moléculaire, c'est en parlant de reconstruction fondée sur le moléculaire. Oui, on peut faire du moléculaire avec le principe de parcimonie, mais on ne parle pas de la cladistique pour autant.
Et non, "cladiste" n'a pas été inventé pour désigner péjorativement certains chercheurs. Les cladistes sont sympas, ils sont super en paléoarchéologie, mais malheureusement pas super ouverts vers le reste, je crois...

Concernant là où je trouve du paraphylétique dans des cladogrammes, que penses-tu des Reptiles?

[MaliciaR]

Le crocodile et la cistude constitue un groupe paraphylétique, qui n'est pa sreconnu par les cladiste, par contre les archosaures, crocodile et pigeon, forment un groupe monophylétique.
Donc pour en revenir au départ, ces 4 animaux représentent 4 taxons diffférents. Dans ce cas précis, quels sont les phylums représentés?
Encore merci.

Bouh, je suis procaryotiste, mwé

Bon, la cistude fait partie des Tortues. Ce phylum est problématique, on ne sait pas trop où le mettre... Elles sont pour l'instant dans les Anapsida, mais leur position est franchement discutable.
Concernant les crocos, ils représentent un phylum à part entière; les lézards et serpents sont un phylum à eux tout seuls aussi et les Oiseaux (dont ton pigeon ) aussi. Le groupe monophylétique ici est bien celui regroupant les Crocos et les Oiseaux (Archosauriens) et les Serpents/Lézards et le Sphenodon (les Lépidosauriens).

P.S. : On dit un taxon, des taxa; un phylum, des phyla

Hope that helps.

[black adder]

Ce qui me pose problème dans ton message, c'est que "cladistique" a été inventé par Willy Hennig en 1950... Tu avoueras qu'il est très peu probable qu'il ait pensé à de la classification moléculaire Le premier article à en parler, c'est Zuckerkandl & Pauling en 1965. Donc, non, la classification cladistique repose sur l'homologie, mais les reconstructions (les arbres, quoi) ne sont faites qu'à partir de caractères morphologiques. Le principe utilisé est le principe de parcimonie. Mais ce principe n'est pas un modèle d'évolution pour autant, et ça a pu faire quelques dégâts.
Là, où tu confonds la cladistique et la phénétique moléculaire, c'est en parlant de reconstruction fondée sur le moléculaire. Oui, on peut faire du moléculaire avec le principe de parcimonie, mais on ne parle pas de la cladistique pour autant.
Et non, "cladiste" n'a pas été inventé pour désigner péjorativement certains chercheurs. Les cladistes sont sympas, ils sont super en paléoarchéologie, mais malheureusement pas super ouverts vers le reste, je crois...

Concernant là où je trouve du paraphylétique dans des cladogrammes, que penses-tu des Reptiles?

Cool, ça fait plein de réponses à donner.
Je vais encore être chiant mais je persiste à dire qu'on peut nommer des clades avec de la phylogénie moléculaire et je n'ai jamais confondu avec la phénétique moléculaire. Et je persiste aussi à dire que le mot cladiste a été inventé d'abord péjorativement dans les années 70-80 pour désigner cette nouvelle école qui refusait systématiquement les groupes paraphylétiques (j'essaierai de trouver une référence là-dessus). D'ailleurs, les reptiles (comme les poissons) sont l'exemple fréquents de taxon à proscrire pour les cladistes. Les termes poissons, reptiles, invertébrés etc., sont justement tous les taxons (et oui, il est aussi possible d'écrire le pluriel comme ça) combattus avec véhémence par les cladistes pour cause de paraphylétisme (je viens de relire cette phrase et elle me fait peur).
D'ailleurs, je suis moi-même un cladiste (non je n'ai pas de maladie grave), il y a autant de gens ouverts chez les cladistes que chez nos collègues qui font de la phylogénie moléculaire, c'est à dire que ça va du plus ouvert jusqu'aux plus obtus. Et dernier petit truc, c'est de la paléontologie et pas paléoarchéologie !!!

[MaliciaR]

Je persiste à dire que le cladisme n'a rien d'une invention péjorative, mais c'est du Willy Hennig (1950)

Sinon, concernant les séquences dans le monde des cladistes : oui, elles sont utilisées, mais en moindre proportion que tout ce qui est caractère morphologique. Pour moi, le cladisme est essentiellement associé aux caractères morphologiques, physiologiques et à la parcimonie (méthode de reconstruction que je critique plutôt ).

D'ailleurs, je suis moi-même un cladiste (non je n'ai pas de maladie grave), il y a autant de gens ouverts chez les cladistes que chez nos collègues qui font de la phylogénie moléculaire, c'est à dire que ça va du plus ouvert jusqu'aux plus obtus.

C'est marrant parce que je ne t'ai adressé aucun reproche, c'est toi qui n'arrête pas de dire que les cladistes ne sont pas des obtus, etc.

Et dernier petit truc, c'est de la paléontologie et pas paléoarchéologie !!!

Oui, pardon, je ne sais pas pourquoi j'ai parlé de ça Mea culpa

[black adder]

Coucou,
T'as raison, en effet, c'est le terme de cladiste (plutôt que cladisme) qui a été employé d'abord avec une connotation négative par les systématiciens "classiques" (promis, si j'ai le temps, je trouve une référence). Ensuite, la parcimonie, on aime ou on n'aime pas (perso, moi j'aime beaucoup, mais en tant que paléontologue, j'ai guère le choix) mais c'est un autre débat. Et enfin, j'ai bien conscience que tu ne m'as adressé aucun reproche, c'est moi qui ait plutôt tendance à m'amuser des cladistes obtus (car il y en a).
Sinon, pour en revenir rapidement à Mat39, sur la figure de Lecointre et Leguyader, toutes ces bestioles représentées font partie du Phylum des Vertebrata (si on prend la vielle définition de phylum, proche de la notion d'embranchement), sinon, on peut considérer que le clade représenté est le clade ses Sauropsides, ou encore des Reptilia (dans sa définition monophylétique, c'est à dire incluant les oiseaux et excluant les "reptiles mammaliens" et mammifères).

Et vive les procaryotes (ils dominent le monde, faut pas l'oublier) !

[invité576543]

Je ne comprends pas ce qui vous oppose.

La notion de paraphylie n'a rien à voir avec les cladistes, il y a amalgame entre différents sujets.

Pour moi il y a d'abord le débat général de ce que doit être une classification du vivant. Et il y a là une opposition entre ceux qui considèrent que la seule classification objective est celle respectant la phylogénie, et les autres. Les premiers refusent les taxons paraphylétiques, pas les seconds.

Ensuite, parmi ceux qui cherchent à reconstruire la phylogénie, il y a les partisans de la méthode cladistiques, les partisans de la méthode phénétique, etc. La différence n'est pas le but, mais les moyens.

Je me trompe peut-être, mais même dans ce cas vos débats bizarres ne font que réduire la clarté sur le sujet.

Cordialement,

[invite0617f33f]

Je suis plutôt de l'avis de black adder concernant le sens des termes prêtant ici à confusion.

La cladistique est une méthode de phylogénie consistant à établir les liens de parenté en reconstituant la séquence d'apparition des caractères. Etant une méthode de phylogénie, la cladistique refuse par définition les groupes poly/paraphylétiques (les reptiles sont le parfait exemple de groupe ayant disparu avec l'avènement de la cladistique).

Là où je coince, c'est que je ne vois pas vraiment comment faire de phylogénie moléculaire (hors phénétique) sans utiliser les principes de la cladistique.

Note : les pluriels corrects en français sont taxons et phylums.

[invité576543]

(les reptiles sont le parfait exemple de groupe ayant disparu avec l'avènement de la cladistique).

Pas plutôt de l'avènement de la phylogénie?

Cordialement,

Note: phyla est accepté, cf. http://www.cnrtl.fr/definition/phylum

[invite0617f33f]

J'aurais tendance à penser qu'une approche cladistique est nécessaire pour obtenir une phylogénie où les plus proches parents des crocodiles sont les oiseaux, mais je peux me tromper.

Note : en théorie, plus depuis 1990 : http://www.academie-francaise.fr/lan...he/regles.html

[John78]

Ensuite, parmi ceux qui cherchent à reconstruire la phylogénie, il y a les partisans de la méthode cladistiques, les partisans de la méthode phénétique, etc. La différence n'est pas le but, mais les moyens.

C'est vrai que le sujet tourne a la confusion mais au risque d'y rajouter :

En réalité la cladistique a surtout pour but de construire des phylogénies d'espèces et de faire des regroupements de taxa. La plupart des méthodes plus modernes et bien plus éfficace de phylogénie utilisant des données moléculaires ont souvent un objectif différent, celui raconter les histoires des gènes (montrer l'existance de transferts latéraux de gènes, trouver les relations d'orthologies entre gènes, dater des évenements de spéciations etc etc... ). La phylogénie est aujourd'hui massivement utilisée dans un tres grand nombre de procédures qui n'ont plus grand chose a voir avec la classification ou la phylogénie d'espèces...

A+
J

[invité576543]

J'aurais tendance à penser qu'une approche cladistique est nécessaire pour obtenir une phylogénie où les plus proches parents des crocodiles sont les oiseaux, mais je peux me tromper.

J'ai du mal à comprendre des moyens comme nécessaires. Efficaces, oui. Je comprendrais qu'on dise "l'approche cladistique est la plus efficace des méthodes connues pour le moment pour reconstruire des phylogénies d'espèce" (et peut-être des phylogénies autres). Mais pas "nécessaire".

Enfin, c'est du moins comme cela que le comprends, en simple conséquence de la différence entre but (reconstruire une phylogénie) et moyens!

Il semble qu'il reste une certaine opposition à une classification phylogénétique, et ce n'est pas clarifier ce débat-là que de le lier à des querelles sur les moyens, il me semble.

Cordialement,