Equivalent de Vector NTI

[SNT]

Bonjour,


Invitrogen a passé Vector NTI en version 11 et celle ci est devenu payante, sachant que toutes les licences gratuites de vector NTI 10 expirerons fin mars.... et vu les prix on ne peut pas se permettre de prendre une licence même avec la promotion actuel :
1-year Academic License EUR 685.00 EUR 411.00 40%
3-year Academic License EUR 1638.00 EUR 1146.00 30%


Vu que je possède avec mon équipe une base assez conséquente de vecteur, j'aimerai trouver d'une part un logiciel équivalent à vertor NTI mais gratuit et d'autre part que celui-ci soit compatible avec le format d'enregistrement de vector NTI c'est à dire les fichier .gb comme cela je n'aurai qu'a exporter ma base de données et non à reprendre toutes les séquences.


J'ai entendu parler de ApE mais celui-ci ne me parrait pas terrible
Je vais pour le moment tester Serial Cloner.


Donc si vous avec des bon logiciels gratuit, faite moi signe


De même si vous en connaissez un de comparaison de séquence.
Pour ne pas avoir à comparer les séquence théorique et les résultats de séquençage à la mains...
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[SNT]

un petit up, j'ai testé Serial Cloner mais celui-ci ne me permet pas d'annoter mes vecteur...

[MaliciaR]

Salut,

Je ne sais pas exactement ce que tu veux faire, dans le sens où Vector NTI a pas mal de fonctionnalités et je doute que tu aies besoin de toutes les utiliser. Dans ce sens, il vaut mieux cerner clairement d'abord ce que tu veux comme outils
Je ne pense pas qu'il existe un exact équivalent gratuit de Vector NTI. (Cela dit, l'idée est déjà là depuis un certain temps d'en développer un, sous licence libre.) Pour le moment, je pense que le mieux ce serait que tu utilises ApE (pour pc) ou DNAstrider (pour Mac). Il pourrait être intéressant de visualiser les chromatogrammes : tu as Chromas ou 4peaks qui sont pas mal.
Le format .gb est un format propriétaire et donc spécifique à Vector NTI. Pour la lisibilité par d'autres... je ne sais pas. Teste, on verra

Enfin, si tu veux faire de l'alignement de séquences, prends ClustalX ou W (pour du multiple). Sinon, tu as water pour de l'alignement 2 à 2.

Hope that helps

[SNT]

Merci de ta réponse, enfaite j'utilise Vector NTI, le logiciel en lui même et non la suite Vector NTI advance.

Je fais surtout du design de vecteur, donc il me faut un logiciel capable d'annoter les séquences facilement, capable de comparer des séquences, de passer de l'ADN à la séquence protéique biensur.
Je m'en sert aussi pour designer des amorces pour mes pcr.

Je vais tester clustal pour les alignements de séquences. pour le moment j'utilise un logiciel de chez GATC, vu que je fais séquencer par cette société.

A défaut de trouver autre chose je pense utiliser ApE, mais je vais devoir recommencer tout le travail réalisé sous vector nti, car comme tu l'a dit, le format est propriétaire....

J'ai trouve VectorDesigner sur le site Invitrogen
https://invitrogen.com/site/us/en/ho...rDesigner.html
Mais je pense que celui ci est payant, j'ai fait une demande de licence d'essai histoire de voir ce que cela donne.

Je précise, je suis uniquement sur PC

[A voir en vidéo sur Futura]

[MaliciaR]

Salut,

Alors, dans l'ordre

Je fais surtout du design de vecteur, donc il me faut un logiciel capable d'annoter les séquences facilement, capable de comparer des séquences, de passer de l'ADN à la séquence protéique biensur.

Je ne sais pas exactement comment tu fais ton design de vecteurs.
Voici un truc que j'ai trouvé :PlasMapper: a web server for drawing and auto-annotating plasmid maps. Je te conseille vivement de te promener sur Pubmed, il y a un tas de softs qui sortent régulièrement pour plein de choses Au pire des cas, je peux te filer un script pour la traduction ADN-protéines.

Je m'en sert aussi pour designer des amorces pour mes pcr.

Pour ça, tu as PrimerBlast (via NCBI) ou Primer3. Je crois avoir vu passer un soft open source permettant de faire la même chose, mais je ne sais plus où, désolée.

Je vais tester clustal pour les alignements de séquences. pour le moment j'utilise un logiciel de chez GATC, vu que je fais séquencer par cette société.

Clustal est un algo d'alignement global. Prends-le en compte (il te faudra un algo d'alignement local si c'est ce que tu veux).

A défaut de trouver autre chose je pense utiliser ApE, mais je vais devoir recommencer tout le travail réalisé sous vector nti, car comme tu l'a dit, le format est propriétaire....

C'est bête, ça. Tu ne peux pas récupérer une version de test histoire de pouvoir remettre la main sur tes données et de les transformer en autre chose qu'en fichiers .gb ? Je crois que Lasergene te permet d'avoir une version gratuite pendant 1 mois et lit les formats VectorNTI.

Il y a aussi SimVector qui a l'air d'avoir une version test (téléchargements).

Je précise, je suis uniquement sur PC

Windows, je présume?

Bon courage!

[piwi]

Pour aligner deux séquences ce n'est pas clustal qu'il faut utiliser (alignements multiples) mais plutot un truc pairewise du genre needle ou water ( http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/align/index.html )

A défaut de trouver autre chose je pense utiliser ApE, mais je vais devoir recommencer tout le travail réalisé sous vector nti, car comme tu l'a dit, le format est propriétaire....

Il n'y a pas moyen d'exporter les données dans un format plus ouvert, non exploitable directement mais réinjectable dans d'autres programmes? Je pense à un fichier .txt tout bête. On peut le faire avec GCK, peut être peut on le faire avec votre programme. Il n'y a pas de rubrique "export" dans votre menu? J'ai du mal à imaginer qu'un cahier des charges de ce genre d'outil n'ait pas prévu une sortie pour l'utilisateur.

[SNT]

Alors pour le moment j'ai trouvé que pDRAW32 était la meilleur solution car il gère les formats gb, je peux donc dierctement importer mes données depuis vector nti.

Merci à tous pour votre aide

[invite532ae88b]

Bonjour,

n'hésitez pas à tester Serial Cloner 2.0 qui vient d'être mis en ligne.
Les séquences au format NTI sont importées ainsi que leurs "Features" et annotations.

http://www.serialbasics.com/Serialcloner/

[Flyingbike]

Bonjour,

n'hésitez pas à tester Serial Cloner 2.0 qui vient d'être mis en ligne.
Les séquences au format NTI sont importées ainsi que leurs "Features" et annotations.

http://www.serialbasics.com/Serialcloner/

après avoir cherché pendant des heures un "équivalent" de l'excellent vectorNTI, je n'ai pas trouvé mieux que serialcloner. A essayer !

[invite490817f2]

Bonjour

Nous recherchons de façon urgente une personne ayant la maitrise du logiciel vector NTI version 10 et capable de réaliser une formation.

Si vous êtes un expert de ce logiciel et si vous commaissez parfaitement les fonctions:Cloning; Primer Design; Multiple sequence Alignement; Assembling Contigs contactez nous rapidement afin que nous en discutions.
contactez moi à #### : pas d'adresse mail sur le forum
merci

LXR pour la modération

[SNT]

Demande à Invitrogen, ils font des formations

[invite490817f2]

OUI, mais nous préférons avoir l'expérience d'un utilisateur "expert"
Avis aux volontaires!

[SNT]

Dommage je ne suis pas un utilisateur expert et les plus de 1000 € de la dernière licence de Vnti 11 m'ont un peut dégouté...