Bonjour,
Quelqu'un connaîtrait-il un logiciel permettant de définir des amorces afin de faire du multiplexage ?
Je dispose de plusieurs séquences ADN que je souhaite amplifier ensemble, donnant des produits pcr de tailles différentes.
Le logiciel Fastpcr semble intéressant, cependant je n'ai pas su lui indiquer le produit pcr que l'on souhaite amplifier au sein de chaque séquence.
Salut,
C'est peut-être un peu tard mais, pour la PCR multiplex, tu peux utiliser MuPlex (et voilà l'article qui va avec). Sinon, si tu travailles sur des séquences humaines, tu as PrimerStation aussi.
Bon courage !
J'avais pu discuter un peu avec une personne qui bosse chez eppendorf quand il était venu installer un realplex (cycler pour qPCR multiplex). Il expliquait que l'on pouvait faire du duplex, qu'avec l'expérience on pouvait réussir à faire du triplex mais que c'était quand même bien chiant. En revanche Le quadriplex restait une chimère. Je crois, un peu comme en pharmaco où les interactions médicamenteuses sont peu prévisibles, que l'ajout d'amorces dans le mix rend les évènements difficilement prévisibles. J'ai peur que les programmes ne soient pas forcément satisfaisants pour prédire à coup sûr les bons couples d'amorces. La mise au point doit être une expérience en soit.
Cordialement,
piwi
Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
LE triplex, cela fonctionne bien mais il faut beaucoup de mise au point .A ce stade, lorsque l'on a mis au point une triplex on peut la publier.
Blast up your life!
okay,
J'essaierai muplex, voir ce que ça donne ^^
merci pour vos réponses
bonjour
j'ai a faire un rapport sur le site d'Arabidopsis thaliana http://www.arabidopsis.org/ si vous pouvez m'aider au ABC de BLAST et FASTA c'est à dire comment utilise t on ces logiciels en ligne
Merci
Blast est un programme qui te permet de comparer des séquences à celles présentes dans les bases de données. Il en existe plusieurs types selon ce que tu souhaites faire : blastN, blastP, blastX etc... Les options te permettent de spécifier le type de séquence que tu soumets au logiciel et à quelles données tu souhaites que ce soit comparé (séquences protéiques, nucléotidique...). pour FASTA c'est sensiblement pareil. Les différences résident principalement dans la manière dont le programme procède pour aligner les séquences.
Merci beaucoup pour la réponse,je veux savoir,si c'est possible, comment on choisi la matrice "blosum ou pam ....." pour un meilleure alignement ?Envoyé par Mi11y
et est ce que blosum ou pam sont utilisées que pour blastP,blastX et TblastN et qu'on doit aussi choisir une matrice pour les acides nucleiques soit matrice identité ou matrice de substitution?
et comment on lit les scores pour interpréter les scores ou les resultats?
Le choix de la matrice se fait en fonction de ce que tu veux faire. Je ne saurais pas t'expliquer leur fonctionnement exact, mais apparemment Blossum conviendrait mieux pour la recherche de similarités locales et PAM serait plus adapté pour les séquences avec un ancêtre commun. Elles sont utilisées pour les protéines uniquement, donc oui, blastN n'est pas concerné.
Pour l'interprétation, la E.value te renvois la probabilité que l'alignement obtenu soit du au hasard, donc plus elle est proche de zéro, plus l'alignement est significatif. En général je regarde d'abord la E-value, puis le query coverage (qui représente en fait la proportion de ta séquence qui est alignée à celle de la base de donnée) et le score qui représente la qualité de l'alignement. le query coverage est important dans le sens ou tu peux avoir un très bon score sur une longueur de 10 nucléotides, ce qui n'est pas très significatif.
J'espère que ça t'aidera^^
