molécules homologues

[invite12c8fa31]

bonjour,

je bloque sur une question d'un TP BAC que m'a donné mon professeur en révision jeudi dernier comme dernier entraînement...

logiciel ANAGENE disponible sur le bureau et fichier « seq-mol.edi » (répertoire Sauve) qui comporte les séquences suivantes :
- une portion d’un gène du complexe CMH (Complexe Majeur d’Histocompatibilité) ;
- une portion d’un gène du complexe HLA (Human Leucocyte Antigen) ;
- gènes codant pour une enzyme impliquée dans la synthèse de NAD (Nicotinamide Adénine Di nucléotide) ;
- globines gamma (chaînes peptidiques impliquées dans le transport du dioxygène, nommées globines G) ;
- un cytochrome C (transporteur d’électrons impliqué dans la respiration


Ouvrir avec ANAGENE le fichier « seq-mol.edi » du répertoire « Sauve » puis proposer une méthode
d’analyse de ces données afin de répondre au problème formulé en introduction du sujet. Justifier ces
choix.
Appeler l’examinateur pour vérification
2- Réaliser une comparaison adaptée des séquences, à l’aide du logiciel, en prenant l’Homme comme
référence.
Appeler l’examinateur pour vérification
3- Construire, sur la fiche réponse, pour chacun des deux types de séquences (nucléotidiques et
peptidiques), un tableau indiquant le nombre de différences (en pourcentage) entre les molécules des
espèces sélectionnées et celles de l’Homme.
4- En comparant les données des deux tableaux, discuter de la parenté de l’Homme avec les espèces
sélectionnées.
5- En fin d’épreuve, fermer le logiciel.

en fait j'ai pas de problèmes avec quoi que ce soit mise à part le choix des séquences, je pense que :

-je dois prendre les globines pour comparer les séquences polypeptidiques.
-Mais pour les séquences nucléotidiques, il y'a plusieurs portions de gènes, mais à chaque fois seul l'Homme est concerné, je pensais comparer donc les gènes codant pour une enzyme fonctionnelle...

Je ne comprends pas pourquoi on nous dit pas directement quelles séquences prendre ... ça complique l'histoire pour rien en fait.. merci
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[invite563835f6]

Pour comparer des séquences nucléotidiques, il faut au moins que la protéine codée soit présente chez tes différentes espèces et relativement bien conservée dans l'évolution.
L'idée de l'enzyme fonctionnelle me semble bonne: la place cruciale de cette enzyme est souvent synonyme d'un faible taux de mutations au cours du temps.

Si tu prends une protéine qui est complétèment différente d'un individu à l'autre, alors tu risques d'avoir des résultats peu concluants. Si par contre tu compares des protéines avec peu de différences, et bien conservées, alors là, tu auras tout bon!

[MaliciaR]

J'ai une question, lazyboy : comment définis-tu ici ces fameuses protéines super bien conservées? Je veux dire, pour savoir si à une position dans 5 molécules provenant d'organismes différents tu as le même résidu, c'est que tu les as déjà comparées... Non? Attention aux manquements de logique...

Sinon, quel est le problème posé en début d'épreuve?
Tu es bien d'accord, MatthDbz, que certaines des protéines que tu as dans l'énoncé, seront beaucoup plus sujettes à modification que d'autres. Lesquelles? Est-ce pertinent d'établir une parenté sur des séquences dont les compositions bougent beaucoup ou non et pourquoi?

++

[invite12c8fa31]

bonjour et merci de vos réponses,

en fait plus il y'a de mutations, plus il y'a de différences dans les séquences nucléotidiques, donc plus la molécule ancestrale commune est éloignée dans le temps.

Il me faudra donc choisir si je veux pouvoir établir un lien de parenté les séquences qui présentent le moins de différences possibles?

[A voir en vidéo sur Futura]

[MaliciaR]

Il me faudra donc choisir si je veux pouvoir établir un lien de parenté les séquences qui présentent le moins de différences possibles?

Oui. Donc, ici ce sont lesquelles?

[invite12c8fa31]

je dirais la portion du gène d'histocompatabilité (le mot compatible me laisse penser)
et pour les séquences peptidiques, je dirais les globines...

Par contre, pourriez vous me dire comment je dois justifier ce choix?

Si je me base seulement sur le nom, c'est pas très rigoureux si?

[invite563835f6]

J'ai une question, lazyboy : comment définis-tu ici ces fameuses protéines super bien conservées? Je veux dire, pour savoir si à une position dans 5 molécules provenant d'organismes différents tu as le même résidu, c'est que tu les as déjà comparées... Non? Attention aux manquements de logique...

Oui en fait, certaines protéines sont plutôt bien conservées et on peut les identifier uniquement par leur place clef dans le fonctionnement cellulaire, non?
Par exemple, moi j'aurais choisi l'enzyme fonctionnelle qui permet la synthèse du NAD qui doit être bien conservée... En fait comment peut on faire pour choisir dans cette liste sans avoir la liste des individus comparés?