Motif/Domaine des protéines

[invite563835f6]

Bonjour à tous,

J'ai une question qui concerne la structure des protéines.

D'après ce que j'ai compris, une motif est un enchainement de plusieurs structures secondaires appartenant à la même chaine polypeptidique: hélice-tour-hélice, béta-alpha-béta, etc.

J'ai plusieurs définitions pour un domaine:
- le rassemblement de plusieurs motifs
- la partie d’une chaîne polypeptidique qui se replie de façon indépendante pour former une structure tertiaire stable

Bref, le vocabulaire reste très flou, surtout quand on considère des exemples concrets:
- domaine en doigt de zinc: pour moi on devrait plutôt dire "motif" en doigt de zinc car c'est l'enchainement de plusieurs structures secondaires (béta-alpha)
- motif leucine zipper: pour moi on devrait plutôt dire "domaine" car j'ai cru comprendre que les deux hélices alpha qui forment le zipper n'appartiennent pas à la même chaine polypeptidique.

Voilà, doit on juste accepter que les définitions sont parfois flou et imprécises, ou existe t il finalement un vraie logique derrière tout ceci ?

Autre question qui est restée irrésolue sur le forum, une question de nomenclature:
- les gènes sont notés ompC, lacZ etc.
- les protéines sont notées OmpC, LacZ etc.
Mais:
1/ Pour les ARN ?

2/ Pourquoi certaines protéines sont écrites en majuscule entièrement (ex: APC, MPF - mitosis promoting factor -, etc.). J'ai une petite idée sur la question: est ce parce qu'il s'agit de complexe protéique ? Est ce parce que le nom de la protéine correspond aux initiales de quelque chose ?

3/ Quand on parle d'un mutant dont une protéine est defectueuse (parce qu'un gène est muté) on dira plutôt le mutant ompC ou le mutant OmpC ? Dans quel cas ajoute on un - (ou un +) en exposant ?

Merci beaucoup
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[nowell]

Bonjour

Il y a là enormément de questions de nomenclature.

Les ARNm uniquement portent le nom du gène qui code pour lui. Il est indifféremment écrit avec ou sans majuscule.

En général les noms de protéines sont en majuscules, pour justement signifier l'anagramme. Parfois vous pouvez trouver des minuscules dans les noms, ce sont alors en général les secondes ou troisièmes lettres de mots dont les majuscules sont les initiales.
(le premier exemple qui me vient est la GnRH : Gonadotrophin Releasing Hormon.

Après il peut s'agir de protéines ou de complexes protéiques en effet.

Et pour finir avec les mutants: Par convention un mutant est noté m-: c'est à dire qu'il est délété du truc en question pour lequel il mute.
Mais il n'y a pas vraiment de nomenclature pour les mutants, en général on releve quand même le gène mutant.
Quant au (+), c'est normalement la souche dite sauvage.