Petite question sur la CGH

[invite23b5ba7c]

Bonjour,en cours on vient de voir ce matin le principe de la CGH ( méthode permettant d'analyser les variations du nombre de copies dans l'ADN ).
Et plus exactement la CGH utilisant des "puces ADN" ( apparemment une lame verre contenant une multitude de petits puits ).

Apparemment on met dans les puits des oligonucléotides.

C'est là que je me pose une question : ces oligonucléotides, schématiquement, c'est bien de l'ADN fragmentée ?
D'après ce que j'ai compris, on utilise ces oligonucléotides par soucis de place, parce qu'un chromosome entier ne rentre pas dans un puit ...


Autre petite question : toujours dans la CGH, on utilise de l'ADN "contrôle" avec l'ADN à analyser. Apparemment les deux vont s'hybrider ( de façon compétitive d'après Wikipédia ... ) ensemble. Mais comment ? C'est un point que j'ai mal compris ^^.


Quelqu'un peut m'éclairer ?

Un grand merci d'avance
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[invite30157012]

Salut
Je te renvoie à cette discussion sur les puces à ADN en espérant que cela t'aidera:
http://forums.futura-sciences.com/bi...uce-a-adn.html

[Edelweiss68]

Et plus exactement la CGH utilisant des "puces ADN" ( apparemment une lame verre contenant une multitude de petits puits )

Oui, il s'agit de la CGH array = hybridation génomique comparative sur puce

C'est là que je me pose une question : ces oligonucléotides, schématiquement, c'est bien de l'ADN fragmentée ? :

Oui, ces oligonucléotides font à peu près 60pb et sont des fragments d'ADN fixés à la surface du puit = sondes

D'après ce que j'ai compris, on utilise ces oligonucléotides par soucis de place, parce qu'un chromosome entier ne rentre pas dans un puit

Oui, cela permet d'affiner aussi la détection des anomalies, meilleure résolution que la CGH.

Autre petite question : toujours dans la CGH, on utilise de l'ADN "contrôle" avec l'ADN à analyser. Apparemment les deux vont s'hybrider ( de façon compétitive d'après Wikipédia ... ) ensemble. Mais comment ?

En fait, l'ADN de ton patient est marqué en une couleur par exemple en vert (mais ce n'est pas toujours le cas) et l'ADN de ton témoin en une autre, mettons rouge!

Ce qu'il faut savoir c'est que dans chaque puit, il y a une multitude de sondes fixées. L'ADN témoin et du patient peuvent donc être en compétition.
Si l'ADN du témoin et du patient s'hybrident à part égale, on obtient un puit orange (vert+rouge) et dans ce cas l'ADN du patient n'a ni délétion ni duplication visibles.
Si il y a une délétion sur l'ADN du patient pour l'oligonucléotide sonde en question ou une partie de celui-ci, le puit sera plutôt rouge (car moins de vert).
Et à l'inverse (comme dans ton cas), si le patient possède des duplications, le puit sera plutôt vert.

Après les pertes et gains éventuels sont visualisés avec un logiciel adapté sur un graph...

[invite23b5ba7c]

Merci beaucoup, ça m'est vraiment utile ^^.

Une dernière chose, sans doute assez fondamentale mais qui m'échappe encore.

Deux oligonucléotides, ça tend toujours à s'hybrider ensemble ?
En fait c'est ça que je ne comprends pas trop, l'hybridation des oligonucléotides du témoin et des oligonucléotides du patient.
Ces deux brins se lient ensemble par complémentarité ?
Ou bien simplement par des liaisons hydrogène sans respecter d'ordre précis ...

Voilà ce sera tout ^^.
Encore merci.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Edelweiss68]

Non, l'hybridation ne se fait pas entre l'ADN du témoin et du patient mais avec les sondes fixées au fond de chaque puit qui sont synthétisées de façon à être complémentaires au fragment d'ADN en question (du témoin et du patient mais plus ou moins bien selon qu'il y a des duplications ou des délétions).

Cette hybridation se fait toujours par complémentarité des bases AT et GC. D'ailleurs la complémentarité des bases d'ADN est un des principes fondamentaux dans l'utilisation de la cgh!