Technique de laboratoire en biologie moléculaire

[inviteb8002139]

Alors voila... Il existe plusieurs techniques en biologie moléculaire dont certaines ont permis des progrès fulgurant tant qu'a la compréhension de certain phénomènes... Je pense notamment au PCR ou bien l'immunoprécipitation (ChIP) , le facscan ou le SPR (surface plasmon resonance)... Je propose de lister ici un éventail de technique nouvelle, peu connu et voir même excentrique.

Je dois faire un travail d'intégration et j'aimerais pouvoir faire preuve d'imagination dans les techniques que je vais utiliser.

Alors qui proposera la technique la plus weird ou la plus cool ?
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[invite919d2356]

Peut-être des idées en lisant la revue Biofutur ou d'autres revues un peu plus "poussées" ?...

[Vinc]

Salut!
Heu, des technique il en existe des tas mais tout dépend ce que tu veux montrer!
C'est évident qu'en bio mol, la PCR est indispensable mais d'autres techniques sont importantes. La PCR permet en général de démarrer en disposant d'une forte quantité de matériel biologique, mais tu as des variantes comme la RTqPCR qui peuvent te permettre d'étudier quantitativement (c'est le cas de le dire) l'expression des gènes.....
Précises un peu ce que tu veux!
A+
Vinc

[ananda]

Vinc, Heuu...juste une remarque en passant, la PCR permet plutôt de démarrer à partir d'une FAIBLE quantité de matériel...(désolé si je complique le truc inutilement)

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteb8002139]

Salut Vinc !

Je connais bien le Q-PCR pour en avoir fait tout l'été et j'avoue que pour quantifier cette technique est reproductive et très efficace. En fait pour préciser, je cherche n'importe quelles techniques originales autant pour amplifier, intégrer, exprimé et détecter ADN et ARN. Par contre les techniques permettant l'étude in vivo des intéractions moléculaires sont les techniques susceptibles de m'intéresser davantages. Par exemple, j'ai travaillé avec deux techniques soient l'immunoprécipitation (ChIP) et le FRET. Par contre mon chercheur connait très bien ces deux techniques alors j'en cherche d'autres question de pousser plus loin les possibilités. La technique peut meme etre extrement couteuse puisque le travail n'est que théorique. Exemple si quelqu'un a lu quelque part qu'une équipe scientifique a utilisé un accélarateur de particule pour étudier l'intéraction entre bla bla bla... Une technique à la fine pointe de la technologie...

Mes précisions vous guide ?

[piwi]

je ne sais pas si c'est ce genre de chose que tu cherches mais y a les vecteurs d'expression flex. je trouve le procédé ingénieux (même si dans la pratique c'est pas si rose que ca n'y parait)

http://www.nature.com/nbt/journal/v2...ll/nbt811.html

[inviteb8002139]

Bonsoir PIWI,

Ton intervention est dans l'optique où je veux guider la discussion... L'idée ici est de répertorier toute sorte de technique ou de stratagème qui pourront éventuellement aider à la recherche. Même si je ne pense pas utiliser le vecteur dans mon travail j'ai tout de même lis l'abstract et je dois avouer que le système est ingénieux. Et on sait jamais... maintenant que je connais son existence peut-être qu'un jour je l'utiliserai... Si la question que l'on se pose en science est très importante, il faut avoir en main des techniques pour y répondre...

[Vinc]

Salut!

Vinc, Heuu...juste une remarque en passant, la PCR permet plutôt de démarrer à partir d'une FAIBLE quantité de matériel...(désolé si je complique le truc inutilement)

Heu...........oui mais je n'ai jamais dit le contraire! Relis bien mon post ....j'ai simplement dit que la PCR permet d'obtenir une forte quantité de matos et que c'est ce qui permet (en général) de démarrer une série de manip (par exemple une transgenèse ou autre chose)! C'est vrai que je n'ai pas précisé de quoi on part pour amplifier et il est bien évident que si on veut amplifier une séquence, c'est que l'on n'en dispose pas suffisament au départ!
A+
Vinc

[inviteb8002139]

Ouin ouin... 320 vistiteurs et peu de proposition... Finalement on peut conclure que le probleme en science c'est l'imagination ! Ou bien ceux qui ont l'imagination n'on pas de temps pour les forums de discussion

[inviteb8002139]

J'ai lu un article qui s'intitule Self-assembling protein microarray puplié dans Science... Technique intéressante bien que des lacunes soient encore au rendez-vous.

Protein microarrays provide a powerful tool for the study of protein function. However, they are not widely used, in part because of the challenges in producing proteins to spot on the arrays. We generated protein microarrays by printing complementary DNAs onto glass slides and then translating target proteins with mammalian reticulocyte lysate. Epitope tags fused to the proteins allowed them to be immobilized in situ. This obviated the need to purify proteins, avoided protein stability problems during storage, and captured sufficient protein for functional studies. We used the technology to map pairwise interactions among 29 human DNA replication initiation proteins, recapitulate the regulation of Cdt1 binding to select replication proteins, and map its geminin-binding domain.

Cool

[gorben]

Salut,

si tu veux une technique in vivo, je dirais qu'il y a la LM-PCR, je trouve que c'est une trés jolie technique pour faire du footprint in vivo...

A+

[invite6fa23fef]

bonjour, aujourd'hui en cours on a abordé la DHPLC (Chromatographie liquide à haute performance en condition dénaturante).
Son principe repose sur la séparation en conditions dénaturantes des produits PCR obtenus.
En pratique, l'analyse commence par une PCR classique afin d'amplifier le fragment étudié. Si la région amplifiée présente un polymorphisme hémizygote, deux types de fragments, correspondant à l'allèle sauvage et à l'allèle polymorphe, seront présents dans le produit de PCR. Cette première étape est suivie d'une étape de dénaturation - renaturation afin de créer des hétéro- et homoduplexes à partir des deux populations présentes dans la PCR Pour rechercher un polymorphisme homozygote, il faut procéder de la même manière en mélangeant au préalable une population d'ADN sauvage à une population d'ADN polymorphe pour obtenir des hétéroduplexes après l'étape de dénaturation - renaturation.Les hétéroduplexes sont en fait des doubles brins d'ADN formés d'un brin venant de l'allèle sauvage et d'un brin issu de l'allèle polymorphe. La formation de tels fragments d'ADN entraîne alors l'apparition d'un « mismatch » ou mauvais appariement à l'endroit où est localisé le polymorphisme.Ces « mismatches » présents au niveau des hétéroduplexes sont à la base de la détection de polymorphismes par la DHPLC
les hétéroduplexes, thermiquement moins stables que leurs homoduplexes correspondants, seront résolus grâce à la chromatographie lorsqu'ils seront soumis à une température suffisamment élevée. La conséquence de cette instabilité sera un désappariement des deux brins d'ADN dans la région du polymorphisme lorsque l'ADN sera chauffé à température adéquate. Ce désappariement entraînera dès lors une diminution de l'interaction avec la colonne et donc un temps de rétention réduit par rapport aux homoduplexes lors de la séparation chromatographique.
la question que je me pose est la suivante: quelle est la température idéale pour détecter une mutation par cette méthode puisque celle-ci fait appelle à la chaleur ? si quelqu'un peut éclairer ma lanterne je lui en serai reconnaissante.
merci de votre attention.

[Aqualung]

Sinon il existe les techniques classiques et efficace de double hybride en levure (ainsi que les flag/tag sur colonne échangeuse) et phage display...

ça aide à caractériser des interactions. La technique du Fret que vous avez cité est pas mal non plus. Le microarray est assez long à mettre en œuvre je trouve.

Pour l'étude des protéomes les techniques de 2D-dige sont pas mal, si elles sont couplées à l'utilisation de standard interne et de marqueurs différents.

[invite43dd87ea]

De plus en plus de manipulation en système microfluidique ce font et c'est d'ailleurs assez impressionnant.

C'est utilisé pour l'évolution dirigée de biomolecules ou encore pour obtenir des cristaux de biomolécule.

Un laboratoire sur strasbourg est spécialisé la dedans si ca en intéresse quelques uns :http://www-isis.u-strasbg.fr/lbc/

[inviteb94d8e21]

Dans le genre "techniques de BM de l'espace", je vous propose la 3C-qPCR. Ca permet de dire si des régions chromosomiques se font la bise entre-elles plus souvent que d'autres.

[invite44c2d7cd]

bonjour, aujourd'hui en cours on a abordé la DHPLC (Chromatographie liquide à haute performance en condition dénaturante).
Son principe repose sur la séparation en conditions dénaturantes des produits PCR obtenus.
En pratique, l'analyse commence par une PCR classique afin d'amplifier le fragment étudié. Si la région amplifiée présente un polymorphisme hémizygote, deux types de fragments, correspondant à l'allèle sauvage et à l'allèle polymorphe, seront présents dans le produit de PCR. Cette première étape est suivie d'une étape de dénaturation - renaturation afin de créer des hétéro- et homoduplexes à partir des deux populations présentes dans la PCR Pour rechercher un polymorphisme homozygote, il faut procéder de la même manière en mélangeant au préalable une population d'ADN sauvage à une population d'ADN polymorphe pour obtenir des hétéroduplexes après l'étape de dénaturation - renaturation.Les hétéroduplexes sont en fait des doubles brins d'ADN formés d'un brin venant de l'allèle sauvage et d'un brin issu de l'allèle polymorphe. La formation de tels fragments d'ADN entraîne alors l'apparition d'un « mismatch » ou mauvais appariement à l'endroit où est localisé le polymorphisme.Ces « mismatches » présents au niveau des hétéroduplexes sont à la base de la détection de polymorphismes par la DHPLC
les hétéroduplexes, thermiquement moins stables que leurs homoduplexes correspondants, seront résolus grâce à la chromatographie lorsqu'ils seront soumis à une température suffisamment élevée. La conséquence de cette instabilité sera un désappariement des deux brins d'ADN dans la région du polymorphisme lorsque l'ADN sera chauffé à température adéquate. Ce désappariement entraînera dès lors une diminution de l'interaction avec la colonne et donc un temps de rétention réduit par rapport aux homoduplexes lors de la séparation chromatographique.
la question que je me pose est la suivante: quelle est la température idéale pour détecter une mutation par cette méthode puisque celle-ci fait appelle à la chaleur ? si quelqu'un peut éclairer ma lanterne je lui en serai reconnaissante.
merci de votre attention.

Il peut y avoir plusieurs températures, selon l'exon que tu étudies un logiciel te permet de choisir tes températures.
Les températures sont choisi selon un graphique qui montre l'ADN double brin et sa dénaturation en simple brin, il faute prendre les températures qui se trouvent juste avant la dénaturation.