siRNA résistant

[invitef0543e9e]

Bonjour,
je dois designer un siRNA resistant. Combien de bases faut il muter?? quels est l'endroit préférentielle ou se fixe mon siRNA faut il muter? Quel acide aminé muter??
merci de vos réponses
-----

[invite30157012]

Bonjour,
En théorie une seule mutation suffit, en pratique tu peux en faire plusieurs pour être sûr. Il me semble que la meilleure zone où faire les mutations est la partie correspondant à la 1ère moitié 5' du siRNA antisens, des nucléotides 2 à 10 car c'est là que l'appariement est important pour qu'il y ait clivage, donc sur ton ARNm c'est la partie 3' dans la zone ciblée par ton siRNA. Ensuite il faut, en repérant bien la cadre de lecture, si possible faire des mutations silencieuses (même acide aminé) ou sinon conservatives (acide aminé de la même famille). BOn courage.

[LXR]

Bonjour,

Le siRNA ne code pour rien donc pourquoi chercher à muter le siRNA de manière à ce que la mutation soit silencieuse, ça ne rime à rien pour moi...

Le but est surtout que le siRNA ne puisse plus induire la dégradation de son ARNm cible par l'absence de reconnaissance par RISC. Donc il y a juste à faire en sorte que la mutation du siRNA soit suffisante. Par contre, une fois la mutation choisie, je te conseille de blaster la séquence de ton siRNA mutant de façon à ne pas avoir des effets non spécifiques dûs à un ciblage d'un autre ARNm.

[Flyingbike]

Bonjour,

Le siRNA ne code pour rien donc pourquoi chercher à muter le siRNA de manière à ce que la mutation soit silencieuse, ça ne rime à rien pour moi...

Le but est surtout que le siRNA ne puisse plus induire la dégradation de son ARNm cible par l'absence de reconnaissance par RISC. Donc il y a juste à faire en sorte que la mutation du siRNA soit suffisante. Par contre, une fois la mutation choisie, je te conseille de blaster la séquence de ton siRNA mutant de façon à ne pas avoir des effets non spécifiques dûs à un ciblage d'un autre ARNm.

je pensais tout pareil, mais en cherchant, j'ai trouvé des allusions a une autre approche : il s'agit de muter la cible du siRNA et de montrer que le meme siRNA n'a plus d'effet.

[A voir en vidéo sur Futura]

[LXR]

OK, merci pour cette précision.

[invite30157012]

Oui, moi j'avais compris la question comme ça, du coup ma réponse correspond à la mutation de la cible du siRNA, donc de l'ARNm ciblé, il faut trouver des mutations silencieuses qui font qu'il n'est plus sensible au siRNA mais conserve sa fonction une fois traduit. C'est un contrôle qui permet de montrer que l'effet obtenu est bien spécifique de la protéine ciblée et non pas un effet "off-target" du siRNA. J'espère avoir répondu à la question posée, c'est vrai qu'elle n'était pas super claire.

[invitef0543e9e]

Merci pour vos réponses! désolé ce n'était pas très clair mais delphinette avait bien compris le probleme!