Comparaison de genomes dans BLAST

[invitef781f50e]

Salut les gens dite moi s'il vous plait comment je peut demander a BLAST de comparer le génome du VIH a celui de homo sapiens sapiens ?
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[Edelweiss68]

Nouvelle discussion ouverte car nouvelle question posee.

Edelweiss68 pour la moderation.

[toothpick-charlie]

Salut les gens dite moi s'il vous plait comment je peut demander a BLAST de comparer le génome du VIH a celui de homo sapiens sapiens ?

c'est mal barré, vu que le génome du VIH est constitué d'ARN et celui de l'Homme d'ADN. De toutes façons comparer les génomes d'organismes aussi éloignés n'a pas beaucoup d'intérêt.

[toothpick-charlie]

euh, j'ai répondu trop vite. Je suppose que tu veux chercher dans le génome humain des rétroéléments provenant de virus proches de HIV?

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitef781f50e]

Exactement ^^
Et oui c est de l ARN mais après passage dans la transcriptase inverse ça deviens de l ADN
j ai trouve la séquence complète mais c est tellement énorme que ça a fait "beugé" mon ordinateur donc pour faire un copié collé c est juste pas conservable avec mon PC
Donc si vous pouvais m aider ça serrais vraiment très sympathique de votre part

[Alhec]

Ben enregistre ta séquence dans un fichier texte et utilise la fonction "upload file" de BLAST.

[toothpick-charlie]

de toutes façons il faut chercher des séquences courtes, pas tout le génome de HIV en bloc.

[invitef781f50e]

J ai beau essayer ça marche pas ...
je vais voir ça avec mon prof demains
mais merci pour votre aide

[Alhec]

Si tu veux comparer des génomes entiers, va te falloir des outils autrement plus puissants que BLAST

Mais vu que comparer le génome complet du vih avec celui de l'homme ne me paraît pas pertinent, tu aurais plutôt intérêt à sélectionner certains gènes... Si tu nous disais ce que tu cherches à faire exactement, autrement dit quelle est ta question scientifique, ça nous aiderait.

[invitef781f50e]

Bah au fait je me demander comment le virus du sida est reparue cher les primates
alors je me suis dit qu une cellule mutante aurais put réactive une séquence dans " l ADN poubelle " qui a fait qu elle s est mise a produire des virion
voila voila ..

[toothpick-charlie]

Bah au fait je me demander comment le virus du sida est reparue cher les primates

pourquoi reparu?

[invitef781f50e]

C est Mathématique ... le "ViH" comme tout les virus se multiplie plus vite que les cellule hôte elle même alors les virus on dû élaboré une technique pour rester en sommeille dans les cellule jusqu'au jour ou par hasard une cellule mutante réactive le virus

[invitef781f50e]

rectification : je sais bien que le VIH a un processus lent mais je pence que cette technique doit s appliqué a beaucoup d autre virus et même le VIH dans sa forme archaïque qui aurais pus être plus virulente