Comment savoir si un marqueur coségrège avec une maladie? j'ai un exemple.

[invite131e7d3a]

http://coursp1bichat-lariboisiere.we..._4_gntique.pdf

Sur ce lien, dans la page 5, on étudie quel marqueur entre rs56 et rs12 coségrège avec une maladie. Chaque fois qu'on a la maladie chez les descendants, on a l'allèle 1 pour rs12 et l'allèle 2 pour rs56, a l'exception du premier descendant, qui a les deux allèles "2" pour les les deux marqueurs. Mais, chez le parent atteint, les deux marqueurs ont les allèles 1 pour la maladie. Comment expliquer ca? chez quel individu on a eu une recombinaison? je suis totalement perdue. si on veux etudier la cosegregation d'un marqueur avec une maladie comme dans ce cas, quelle est la
stratégie qu'il faut adapter? merci d'avance.
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[Guillaume69]

Salut,

Tu as un père triple hétérozygote, une mère triple homozygote. Ceci te permet de révéler la composition des gamètes du père de chacun des enfants. Comme si tu faisais un test cross.

Dans cette famille, tu vois que systématiquement, les enfants qui portent m portent rs56 2, et que les enfants qui portent + portent rs56 1. Il n'y a pas de rs56 2 m ou de rs56 1 +
Ce n'est pas le cas pour rs12, où tu observent toutes les possibilites : m 1, m 2, + 1, + 2.

Ceci suggère que rs56 coségrège /est lié avec le gène de la maladie, et que rs12 non.
Ca le suggère simplement, mais ne le démontre pas, parce que ça pourrait être le fruit du hasard. C'est pour ça qu'avant de valider un marqueur il faut regarder plusieurs familles (si possible avec de nombreux enfants), afin que ce soit statistiquement significatif.

Mais déjà sur une famille, tu peux te donner une idée de la vraissemblance de ton hypothèse de liaison avec le LODSCORE.

(j'aurais du mal à t'en dire plus, ça remonte à loin tout ça pour moi).

[Flyingbike]

je ne comprends pas pourquoi dans l'exemple, si rs56 est lié à la maladie la mère n'est pas malade également (sachant que ce n'est pas une maladie liée aux gonosomes et qu'elle est dominante à pénétrance complète...)

[invite131e7d3a]

sALUT flyingbike,

en fait ce que je ne comprends c'est le suivant: si on parle de 2 gènes qui sont liés, donc a chaque fois qu'on a un, on doit avoir l'autre à l'exception du cas de crossing over.
donc on doit avoir pr une personne atteinte de la maladie, sur un chromosome, forcément:
m
rs12 1 ou 2
rs56 2

ceci n'est pas le cas pour la mère, qui est atteinte et a l'allèle 1 pr rs56. Comment expliquer?

2) SVP, cest ca qui je necomprends pas surtout: si un marqueur coségrègue avec la maladie, cest que a chaque fois qu'on a l'allèle de la maladie, on a forcément un allèle spécifique du marqueur et que cet allèle spécifique ne peut pas etre trouver sur le meme chromosome que celui qui porte l'allèle normale de la maladie? ou pas necessairement?
3) Chez quels individus de cet arbre, on a eu un crossing over chez un de ses parents?
4) Chez les parents, on a + et allèle2 pr rs56 (père) et m et allèle1 pr rs12
merci d'avance.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Guillaume69]

@Flyingbike,

Parce que la mère est +/+ .

rs56 est lié génétiquement au gène de la maladie...
Ca ne veut pas dire que de manière systématique, un allèle du gène de la maladie est associé à un allèle de rs56. Les gènes se trouvent juste dans des régions suffisamment proches pour que, la plupart du temps (à quelle fréquence, ça s'estime) ils soient transmis ensembles.
Et selon la force de la liaison génétique, le marqueur génétique sera plus ou moins prédictif/utile au diagnostique.

[Flyingbike]

j'ai bien compris le principe mais on dit dans le papier qu'il n'y a eu aucune recombinaison !

[Guillaume69]

Effectivement, dans cette famille, il n'y a eu aucun gamète recombiné RS56 1 / m. Et c'est justement ça qui suggère la liaison génétique.
Les deux loci sont très proches, ce qui fait que la probabiblité de recombinaison est faible. Donc, soit la mère transmet 2/m (chromatide "atteinte") soit elle transmet 1/+ (chromatide "saine").

En fait flyingbike, ce qui te perturbe peut-être c'est que tu t'imagines que la mère est m 1 1 / + 2 2 donc tu te demandes comment on peut avoir des enfants m 2 2 et m 1 2 sans aucune recombinaison ?
Le truc, c'est que ce n'est pas écrit sous forme d'haplotype. Donc rien ne dit, dans cette manière d'écrire que chez le père rs562 est sur le même chromosome que m. C'est à nous de le déduire en voyant qu'aucun enfant n'est 1, m

@Bahaa
Il n'y a donc pas eu de recombinaison dans la famille jusqu'à présent. Mais il pourrait très bien y en avoir une pour l'enfant suivant.
C'est l'exemple qui suit dans le TD. On ne sait pas si l'enfant suivant est m ou +, mais on sait qu'il est 1... Donc s'il n'y a pas eu de crossing over (comme pour ces frères et soeurs), il héritera de +. Par contre, s'il y en a un, il héritera de m.
La probabilité qu'il y en ait un, par définition, dépend de la distance génétique entre le locuse rs56 et le locus de la maladie.

Pour ta question 2), je crois qu'il nous faut quelqu'un plus au fait des définitions de génétique humaine.

Mais vu l'exemple qui suit j'ai envie de te dire que : non, pas nécessairement. L'enfant suivant dans la famille est 1/2 pour rs56, mais on ne sait pas s'il est m/+ ou +/+, parce qu'on ne sait pas si un crossing over s'est produit.
Comme il a hérité de 1, alors s'il n'y a pas eu de crossing over, il a hérité de + (ce qui est le cas le plus probable, puisque le locus de la maladie

Question 3) : Tu ne peux pas savoir. Si on savait que tout ce qui est noté à gauche est sur un chromosome, et ce qui est à droite sur un autre, tu pourrais le dire. Mais pas là. Tu ne sais pas si la mère est m 2 1 / + 2 2 ou m 2 2 / + 2 1