western blot et spéctrométrie de masse

[lila2013]

bonjours ,

est-il normale qu'une protéine identifiée par western-blot ne soit pas identifier par spectrométrie de masse ?????
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[berzelius]

bonjour,

oui c'est possible:
-perte de la proteine lors des phases de préparation pour la MS
-mauvaise interprétation du spectre
-si c'est fait en automatique: mauvais choix dans le logiciel d'analyse...
-signal/bruit trop faible pour le seuil défini
-seuil de selection pour passage en MS2 trop faible pour la machine...

[lila2013]

un grand merci pour votre réponse

[lila2013]

la protéine dont il s'agit est l'oxalate oxidase, elle a été identifiée chez le contrôle mais pas chez le stressé( stress abiotique), chose qui n'est pas normale , car ce sont des enzymes qui sont normalement impliquées dans le processus de défense ?? ça pourrai donc être en rapport avec les possibilités que vous avez citez ???

[A voir en vidéo sur Futura]

[berzelius]

La perte de la prot lors de la phase de préparation seulement. Mais c'est non spécifique dc ça doit toucher l'ensemble de la cohorte de prot avec un signal faible.

Je vois plutôt un souci lors de l'extraction et dc une charge protéique plus faible donc un signal plus aléatoire.

@+

[berzelius]

Le profil général est il sensiblement le même?( les spectres se ressemblent ils en gros ?)