Efficacité PCR en temps réel

[Fibus]

Bonjour,

j'ai réalisé des PCR en temps réel pour quantifier des bactéries lactiques dans un aliment. Les efficacités de mes PCR en temps réel vont de 84 à 92%. Je voudrais savoir si ces valeurs sont trop faible et si je risque de voir mon article refusé. De plus, si les efficacités sont trop faibles, je voudrais savoir sur quels paramètres jouer pour les augmenter.

Merci d'avance.
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[Loupsio]

je ne peux pas t'aider pour avoir des amorces de meilleurs efficacité, mais pourquoi n'utilises tu pas simplement un dénombrement bactérien pour compter tes bactéries dans des aliments? tu te prendras moins la tête sur "est ce que ca va passer" et c'est bien plus simple, que designer de nouveaux primers en espérent avoir une meilleur efficaicité

[Fibus]

Des dénombrements ont également été réalisés sur cet aliment pour connaitre la concentration en bactéries lactiques, mais là ce que je veux connaitre c'est la concentration de certaines bactéries lactiques. Grâce à la littérature je sais quels sont les genres et espèces présent, mais je ne sais pas lesquels sont majoritaires. Pour cela, la PCR en temps réel est la méthode la plus adaptée.

Les amorces que j'ai utilisé viennent de la littérature, ainsi que le protocole de PCR en temps réel. Je devrais donc trouver des efficacités plus élevées et similaires à la littérature.

[Loupsio]

Ok, au temps pour moi,
pour la 92% je ne sais pas (ca me parait bien bas quand même), mais 84 c'est sur que ca passe pas

cela dit si tu prend compte de l'efficacité réelle dans ton au lieu de prendre "2"
(donc , avec E = 1+ ton efficacité soit 1.92 ) tu retombes sur tes pieds normalement, mais après pour la publi est ce que ca passera, je sais pas ...
Attend de voir si quelqu'un d'autre passe par là

[A voir en vidéo sur Futura]