Bonjour à tous,
on me demande pour un cas particulier (nécropsie) dont l'ADN est surement dégradé, de tester une extraction d'ADN sur un tissus fixé au formol 10% et non inclus en paraffine.
l'extraction sur le tissus inclus en paraffine ayant déjà été réalisé.
Est ce que quelqu'un peut m'orienter vers un protocole ?
Je pense qu'il faut effectuer un type de lavage particulier en amont ?
où un type de kit d'extraction particulier ? comme pour les tissus FFPE
Merci et bonne journée
J'ai jamais fait ça en particulier, mais j'ai fait des manips qui s'en rapprochent.
Pour les manips de ChIP, on extrait de l'ADN de cellules crosslinkées au formaldéhyde (formol si tu veux) donc ce genre de protocole pourrait coller. Si jamais tu t'orientes vers ce genre de protocole, attention à bien digérer à la protéinase K avant extraction de l'ADN.
Dans les grandes lignes, ce que je ferais:
Quenching du formaldéhyde au Tris ou à la glycine
Lavage au extensif au PBS
Lyse des cellules (là ça va dépendre de ce que tu veux faire de l'ADN par la suite. Si il s'agit de PCR sur des petits fragments, tu peux soniquer, sinon il va falloir privilégier un tampon de lyse assez agressif et une lyse manuelle)
Digestion à la protéinase (tu peux même l'ajouter pendant la lyse, ça améliorera l'efficacité de celle ci)
Extraction de Phénol/Chlo de l'ADNg
Merci Tibosax pour ta réponse,
je vais faire un peu de biblio afin de trouver des concentrations et temps adequats et je teste.
