aide pour un protocole (PCR, DGGE...)

[invite994bd481]

Bonjour à ts, je fais un stage ds un labo de recherche en Allemagne, ca a l air passionant ms j ai pas une grosse formation de chercheur.
Voilà le but de mon travail: trouver des bactéries qui exploitent une variété de carbone. Je sais qu il faudra utiliser PCR, DGGE ms j aimerais svp des infos solides sur un protocole à suivre avec l'objectif précis de chaque étape pr arriver à mes fins.
Par quoi je commence une fois que j'ai les bactéries en ma possession? Et après?
Merci d'avance en tout cas.
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[invite88fb5c76]

salut!
ben en faite on peu pas trop t'aider, tu nous dis pas grand chose sur tes travaux...
et puis, c'est aussi le stage qui t'apprend a reflechir seule et a mettre en application tes connaissances...

je crois que c'est a toi de faire tes protocoles selon tes beusion...ou meme.. de choisir tes techniques et protocoles à utiliser selon ta situation...

le mieu, c'est que tu nous dise ce que tu veu.
si tu veu juste des protocoles, vas dans un centre de doc, tu trouvera tous ce que tu désir: dans les publications il y'a toujour les protocoles utilisé je vois pas pourquoi ils fonctionneraient pas pour toi.

[mol-R]

tiens c'est rigolos moi aussi j'ai pas une formation de chercheur et moi aussi je travaille sur la PCR DGGE,
on va peut etre pouvoir s'entre aider

[invite88fb5c76]

Alors qu'elle sont les sujet?? comment peu t'on vous aider??

[A voir en vidéo sur Futura]

[ananda]

Bonjour à ts, je fais un stage ds un labo de recherche en Allemagne, ca a l air passionant ms j ai pas une grosse formation de chercheur.
Voilà le but de mon travail: trouver des bactéries qui exploitent une variété de carbone. Je sais qu il faudra utiliser PCR, DGGE ms j aimerais svp des infos solides sur un protocole à suivre avec l'objectif précis de chaque étape pr arriver à mes fins.
Par quoi je commence une fois que j'ai les bactéries en ma possession? Et après?
Merci d'avance en tout cas.

Salut !
C'est bizarre comme impression en lisant ton post : on dirait que tu as été parachuté dans un labo, sans maître de stage, sans conseils ni quoi que ce soit! Je veux bien t'aider (et les autres forumeurs aussi), mais essaie d'être plus précis dans tes attentes...ça facilite les réponses "solides" comme tu dis !

A+

[mol-R]

Salut !
C'est bizarre comme impression en lisant ton post : on dirait que tu as été parachuté dans un labo, sans maître de stage, sans conseils ni quoi que ce soit!

laisse moi devinner :
tu as un maitre de stage et plein de personne souriante et prete a t'aider mais : tu ne parle pas allemand

j'ai bon ?

[ananda]

laisse moi devinner :
tu as un maitre de stage et plein de personne souriante et prete a t'aider mais : tu ne parle pas allemand

j'ai bon ?

Non ! j'ai vu de la lumière en allemagne, et j'y suis allé sans réfléchir.

[invite88fb5c76]

c'est bien les stages à l'etranger pour le CV meme si on le réussi pas mais c'est pas toujour un bon moment à passer lol c'est souvent très difficile dans un premier temps lol

[ananda]

c'est bien les stages à l'etranger pour le CV meme si on le réussi pas mais c'est pas toujour un bon moment à passer lol c'est souvent très difficile dans un premier temps lol

En tout cas, Henson est muet

[invite88fb5c76]

En tout cas, Henson est muet

c'est bon pour lui ..je pense qu'il a deja appris la langue et ne parle plus le francais lol il comprend plus ce qu'on lui dit

[invite994bd481]

Bonjour à tous, je suis de retour en Allemagne juste aujourd hui, en fait je fais des etudes d ingenieurs ms pr ce stage je voulais voir autre chose qu une entreprise dc je me suis lancé la-dedans. Je parle correctement allemand sinon c juste que la biologie moleculaire c pas trop ma specialité.
Pr des precisions: fo juste que je trouve des bacteries qui exploitent le black carbone et je ferai de l extraction d adn, pcr amplification, DGGE...
Je commencerai d abord par l extraction d adn de terre puis les bacteries et j aimerais savoir ce que chaque etape apportera ds ma recherche et ce qui me permettra a la fin de dire "tiens cette bacterie a exploité le black carbon".
Je pars de loin ca c sur, je sais juste les principes des techniques ms appliqués à un cas concret je vois pas le enseignements à tirer de chaque étape.
Je quitte plus le forum à partir de maintenant!!!!!
Tt le monde est pret a m aider ici sinon ms j aimerais avoir une vue globale de ce que je vais faire des le depart.

[Vinc]

Salut!
Bon je vois à peu près ce que tu veux faire mais très franchement ca me paraît assez lourd si tu es tout seul et surtout si tu n'es pas biologiste...
On va commencer par le début : sais tu ce qu'est une DGGE?
Tu fais ce qu'on apelle de la métagénomique c'est à dire que tu étudies les bactéries d'un environnement particulier (ici c'est de la terre). Le but est d'extraire l'ADN total de ce biotope pour rechercher des nouveaux gènes qui permettraient à la bactérie "dexploiter le black carbon"... Le très grand avantage de la métagénomique est que ca permet d'étudier des bactéries qui ne sont pas cultivables en laboratoire (car seulement 1% des bactéries sont cultivables en labo).
Bon ca c'est le principe global mais peut-être que ce n'est pas exactement ce que tu veux faire en fait.... Je n'ai pas vu ton sujet et je ne sais pas exactement ce que fait ton labo (ils ont un site peut-être? pour en savoir plus).
La DGGE va te permettre, en gros, de séparer tes différents ADN selon l'espèce bactérienne (en ayant avant amplifié avec des primers pour l'ARNr 16S classiquement). En faisant ta DGGE tu vas savoir combien d'espèces différentes tu as dans ta terre...
Est ce que jusque là c'est bon?

A+
Vinc

[invite994bd481]

Oki Oki je suis, mon stage a lieu au centre de recherche de Jülich (Jülich Forschungszentrum) au departement Agrosphäre), ils savent que je suis pas un dieu ds le domaine et ont l air d avoir bien de la patience en tt cas ms bon fo pas que j abuse non plus.

Mon sujet c trouver les bacteries susceptibles d exploiter le black carbon (comme l université de Bonn a montré que c etait possible), tt ca en 4 mois. Pr PCR je sais juste a quoi ca sert ms tt est assez flou en fait.

Voila j ai mes echantillons de terre, j extrais l adn de la terre et là je fais quoi??? Je connais les bases dc et je fais la pcr sur quoi? Cmt je fais pr voir qu une bacterie "peut exploiter" (je connais l ARNr 16S ms pourquoi l amplifier comme on connait deja les bacteries etudiées) ??? On me donne les bacteries et je les introduits ds la terre pr voir si ca a changé de structure ou j etudie a part la terre et les bacteries et voit a partir de la les synergies possibles. Et la DGGE la dedans a quelle moment elle intervient.???

Merci en tt cas, je v poser pas mal de questions primaires dsl !!!!

[Bertrand]

Si j'ai bien compris, l'institut de Recherche de Juliers (le nom français de Jülich ) a identifier des bactéries capables d'utiliser le carbone-suie comme source de carbone alors que ce type de carbone, contrairement au carbone organique, est considéré comme inerte. Tu as ensemencé des échantillons de terre avec ces bactéries, je suppose que tes échantillons sont stériles au départ. Après un certain temps les bactéries ont utilisé les sources de carbone à leur disposition dont les suies qu'elles sont capable de métaboliser. Le milieu a donc été modifié chimiquement et tu analyse ces modifications. Quand aux bactéries il est important de démontrer qu'elles sont impliquées dans les modifications chimiques que l'on a observé. Comme ces bactéries ont été caractérisées, on connaît leur profil electrophorétique sur gel dénaturant. On extrait donc l'ADN total du sol, on amplifie la région de l'ARN 16S avec des amorces universelles. Puis le produit PCR est analysé par électrophorèse. Pour identifier les bactéries on utilise l'ARN 16S parce que cette région est très conservée en raison de son rôle dans la synthèse des protéines. On peut donc utiliser des amorces universelles qui reconnaissent des séquences conservées d'une espèces à l'autre. Bien entendu, il existe des variations entre les différentes espèces. Ces variations concernent la tailles de l'ARN 16S, la séquence et le nombre d'opéron. En effet, il s'agit d'operon souvent répété plusieurs fois et pouvant être légèrement différent au sein d'un même génome. Ceci dit, il n'y a pas de grande variabilité au niveau du nombre de paires de bases, ça tourne autour de 1500 à 1600 pb. On a donc pas de profil électrophorétique bien marqué. La solution est double. Soit on séquence les régions 16S obtenues (ce qui est coûteux), soit on trouve une autre solution et cette solution c'est la DGGE.