Biochimie Exons

[miniallache]

Bonjour ! J'ai une séquence d'un gène (ML16) et j'aimerai savoir comment on peut connaitre le nombre d'exons dans cette séquence. En gros comment le calculer. Merci
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[Tibosax]

On ne peut pas connaitre le nombre d'exons dans un gène à partir de sa seule séquence non annotée. Il existe des algorithmes de prédictions d'exons/introns, mais j'imagine que ce n'est pas cela que tu cherches.

Le plus simple reste encore de chercher ton gène sur Gennome Browser, mais ça n'est possible que si tu travailles chez une espèce dont le génome est séquencé et annoté.

PS: Tu travailles chez quel espèce ? Je n'ai pas réussi à trouver de gène ML16 pour les quelques organismes eucaryotes couramment utilisés. Tu es sûr de son nom ?

[Flyingbike]

j'allais écrire exactement la même chose que Tibosax : si le gène est "connu" tu peux avoir le détail de son épissage dans les bases de données et je pense que seule la corrélation transcrit/gène permet de déterminer la structure exon/intron du gène (donc expérimentalement)

J'ai aussi cherché ML16 et je n'ai rien trouvé...

[miniallache]

C'est un exercice je ne pense pas que ce gène existe vraiment, en plus d'avoir cette séquence j'ai aussi la séquence du brin ARNc du coup j'ai pu trouver le nombre d'Exons en fonction de ce qui était codé et ce qui ne l'était pas. Maintenant on me demande de trouver le nombre de nucléotide de la région non codante 3' UTR mais j'ai aucune idée de comment y parvenir. Une aide ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Flyingbike]

3'UTR est la région du messager, en 3', qui n'est pas traduite. Elle s'étend donc du stop à l'extrêmité.

[miniallache]

Je peut la retrouver à partir de la séquence d'ADNc ou ADNg ?

[Flyingbike]

sur l'ADNc, puisque les UTR concernent les messagers...