Bonjour,
J'ai noté dans mon cours qu'un pseudogène se trouve, près du gène fonctionnel.
Et que le rétrogène, se trouve aussi près du gène fonctionnel.
Or je pense que le rétrogène est localisé ailleurs dans le génome, pouvez vous me le confirmez ?
Bonjour,
Un pseudogène est un gène qui n'est pas fonctionnel. On peut imaginer la duplication d'une séquence d'ADN qui comporte le gène en entier mais par exemple seulement une partie du promoteur. Cette copie ne peut donc pas s'exprimer. Les pseudogènes peuvent se trouver n'importe où dans le génome !
Pareil pour les rétrogènes (gènes réinsérés dans le génome par l'intermédiaire d'un ARN rétrotranscrit), il n'y a pas de raison qu'ils se trouvent au voisinage du gène d'origine.
Dalmia
Salut,
Dalmia, comme tu le dis, les pseudogènes sont souvent issus d'événements de duplication. Du coup, est-ce qu'on ne les retrouve pas plus souvent près du gène dupliqué. Je ne sais pas, est-ce que ça a été étudié ? Est-ce que les pseudogènes sont souvent en cluster avec les gènes homologues fonctionnels ?
Hello hello,
C'est vrai que ma réponse est plutôt une affirmation personnelle. Alors me revoilà après quelques petites recherches Pubmedesques
L'auteur de cette revue (http://protein.bio.msu.ru/biokhimiya...f/bcm_0559.pdf) avance le fait que la duplication génique peut se produire au voisinage du gène d'origine tout comme sur d'autres chromosomes. De façon intéressante, il dit que si la duplication est en tandem, cela a tendance à éteindre le gène alors qu'une duplication lointaine (il parle de sites ectopiques) aurait tendance à conserver l'activité du gène (" the greater part of newly born tandem duplicates perish if they stay at the same place whereas translocation to ectopic sites, often a different chromosome, favors their survival"), mais logiquement celui-ci aurait un nouveau pattern d'expression. Il y aurait donc effectivement une tendance à trouver un pseudogène pas très loin du gène d'origine, même si un pseudogène éloigné est possible !
Comme dans cet article qui n'est effectivement pas tout neuf mais bon, c'est pas pour ça qu'ils ont tort : "A NHE3-related pseudogene is on human chromosome 10; the functional gene maps to 5p15.3." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/...?dopt=Abstract
Une autre référence à laquelle je n'ai accès qu'au résumé dit "In all the cases studied, these pseudogenes have been found to be on a different chromosome from their functional counterpart." (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3909943). J'ignore combien de cas ils ont traité.
En conclusion, je dirais que les deux cas sont rencontrés ! Des pseudogènes sont trouvés localement, près de leur homologue fonctionnel, et d'autres très loin et même sur d'autres chromosomes.
Dalmia
Whaou ! Merci Dalmia pour cette recherche complète. Donc, si on résume, les pseudogènes peuvent être près du gène homologue fonctionnel, mais ce n'est pas obligatoirement le cas. Pour les retrogènes, comme ils viennent d'une étape de retrotranscription, ils peuvent être n'importe où.
il faut noter que la duplication de gènes ne produit pas nécessairement des pseudogènes. Il y a un mécanisme bien connu de résistance à un insecticide (étudiée chez Culex pipiens) dans lequel un gène est multiplié jusqu'à plusieurs centaines de copies et toutes ces copies sont fonctionnelles.
